張獻忠的行動模式變成了：避戰、遊擊、就食（搶劫）、觀望。他在等待時機，要麼是官軍與李自成兩敗俱傷，要麼是朝廷給出足夠誘人的招安條件，這種狡黠而務實的態度，使得他在這段時間如魚得水，雖然局面不輕鬆，但核心骨幹得以儲存，並在混亂中緩慢恢復和壯大力量。
至於其他農民軍勢力，情況則更為分散和複雜：
曹操（羅汝才）：這位以狡詐多謀著稱的首領，此時正活躍於河南西南部與湖廣北部交界處。他與張獻忠類似，採取流動戰術，忽東忽西，讓官軍難以捕捉其主力。他同樣對招安抱有複雜態度，既不完全相信，也不完全拒絕，與官軍和與其他義軍的關係都十分微妙，一切以利益和生存為首要目標。他是張獻忠潛在的合作物件，也是競爭對手
老回回馬守應：作為較早起義的首領之一，馬守應主要活動於河南、湖廣一帶。他麾下多騎兵，機動性強，時常與其他各部聯合行動，但也保持著自己的獨立性。此時他可能正與羅汝才或豫南的其他小股義軍相互呼應，襲擾官軍糧道或防守薄弱的州縣。
革裡眼賀一龍、左金王賀錦等：這些綽號響亮的首領，大多屬於第二梯隊，實力不及張、李、羅，但也各有數千乃至上萬的人馬（真正能打的也就幾百上千，不然明朝早亡了）。他們往往依附於大佬之間，或臨時聯合，或單獨行動，在河南、南直隸、湖廣的廣大區域內流竄就食。他們的動向更加難以預測，加劇了各地混亂。
除此之外還有無數幾十人至幾百人不等的杆子、土寇，他們或是被擊潰的大股義軍殘部，或是本地活不下去的農民自發結夥。他們如同蝗蟲一般，掃蕩鄉里，時聚時散，進一步破壞了地方秩序，使得官軍剿撫更加困難。
總結下來下來就是一個字——亂！官府這裡殺一批，那裡就冒出來三批，那裡招安五批，這裡就冒出來十批，剿都剿不完。這固然與明朝官員的腐敗有關，但最根本的原因還是——大旱。
流寇肆虐、大旱成災、匪患猖獗、軍餉匱乏，大明的所有弊病皆如雪花般的奏摺，紛紛飄向紫禁城崇禎的御案。
夜色已深，武英殿內卻依舊燈火通明。
崇禎正埋頭於堆積如山的奏疏之中，硃筆不時落下，發出沙沙的聲響。他拿起下一份奏疏，是楊嗣昌送來的，崇禎精神稍振，楊嗣昌是他穿越過來第一個推心置腹任用的人，也是原來崇禎力排眾議提拔的心腹，被寄予厚望，總攬剿賊全域性，他的奏報至關重要。
然而越看，崇禎的眉頭卻皺得越緊。
奏疏的前半部分，楊嗣昌詳細稟報了追剿張獻忠、羅汝才等人的情況，言辭間雖不乏賊勢漸蹙、屢有斬獲等語句，但崇禎也能看出，剿匪進展緩慢，賊寇流動性極大，難以捕捉決戰，但這早就在崇禎帝意料之中。
他皺的後半部分，楊嗣昌筆鋒一轉，開始痛陳剿賊不力的根源。他將矛頭直指一批前線將領，言辭激烈地彈劾他們畏敵如虎、縱賊貽患、虛報戰功、不聽節制，名單長長一串，其中不乏一些頗有戰功但非楊嗣昌嫡系的軍官，楊嗣昌強烈要求皇帝對這些將領嚴加懲處，以正軍法，以儆效尤。
看到這裡，崇禎的指尖微微發涼。他深知軍中確有積弊，但楊嗣昌此舉，排除異己的意味太過明顯。
而奏疏的最後部分，楊嗣昌又力薦了一批將領，認為他們忠勇可嘉、熟諳賊情、實心任事，請求崇禎予以擢升，委以重任，並附上了他希望調整的防區部署方案。
崇禎放下奏疏，揉了揉發脹的眉心，沉聲道：“王承恩。”
司禮監太監王承恩如同影子般悄無聲息地出現：“奴婢在。”
“去，將楊嗣昌所薦這批將領的履歷檔冊，即刻調來朕看。”
“奴婢遵旨。”王承恩躬身退下，很快，幾名太監抬著幾口箱子進來，裡面是兵部及相關衙門的檔案。
崇禎揮退旁人，就著燭光，一份一份地仔細翻閱那些被楊嗣昌誇得天花亂墜的將領履歷，越看他的臉色越是陰沉，心也一點點沉下去。
平平無奇！ 甚至可以說是乏善可陳！
多數人並無顯赫戰功，資歷普通，甚至有些人的過往記錄中還隱約可見怯戰、失誤的痕跡。他們唯一的共同點，似乎就是與楊嗣昌關係密切，或是其同鄉，或是其舊部，或是有明顯的投靠依附之跡，也可以說是楊嗣昌的——心腹。
“呵……”崇禎發出一聲極輕的冷笑，他放下最後一份履歷，靠在椅背上，閉上眼，只覺得一股難以言喻的倦意和厭煩湧上心頭。
結黨營私，排斥異己！國事艱難至此，然而就算如此，朝堂上的官員還想著爭權奪利。
好在崇禎在經過王承恩的事件後便有了一些心理預期，如今楊嗣昌如此做法，崇禎也並沒有太過寒心。
良久，崇禎睜開眼，他拿起硃筆在那份奏疏上批閱，卻並非批准，而是重重地寫下了“此事不急，暫緩議行，卿當以大局為重，督促諸將協力進剿，勿作他想。”
寫罷，他沉聲道：“傳楊嗣昌。即刻進宮見朕。”
夜半召見，絕非尋常，約莫一個時辰後，楊嗣匆匆趕至武英殿，他官袍略顯凌亂，臉上帶著奔波之色，但更多的是一種疑惑。
“臣楊嗣昌，叩見陛下。”他跪倒在地，偷偷覷了一眼御案後的皇帝，心中忐忑。
崇禎沒有讓他起身，也沒有看那份奏疏，只是沉默了片刻，而這沉默讓楊嗣昌感到巨大的壓力。
“文弱啊，”崇禎終於開口，用了楊嗣昌的表字，聲音平淡得聽不出喜怒，“你的奏疏，朕看過了。”
楊嗣昌心中稍定，連忙道：“臣愚鈍，所陳之事，皆是為剿賊大業計，若有不當之處，請陛下聖裁。”