總統府樓頂的旗幟獵獵飄揚，山呼海嘯般的歡呼聲在廣場上持續了足足幾分鐘，才在軍官們的竭力維持下漸漸平息。但那股沸騰的熱血和宣洩的激情，依舊在每個士兵通紅的眼眶和顫抖的手臂上清晰可見。許多人還沉浸在巨大的喜悅和釋然中，相互拍打著肩膀，語無倫次地重複著“打下來了”、“我們贏了”之類的話。
林曉沒有沉浸在歡呼中太久。他用力拍了拍手，聲音透過簡易擴音器傳出，雖然沙啞卻極具穿透力：“各部隊指揮官，立刻收攏人員，清點傷亡，統計戰果！戰鬥還沒有完全結束！城裡還有零星的鬼子據點，還有潰兵！各營按預定區域，展開清剿！加強警戒，防止敵人反撲或破壞！通訊兵，立刻架設電臺，恢復與各方向的聯絡，特別是協調處和南線趙副旅長那邊！”
一連串的命令將官兵們從狂喜中拉回現實。是啊，旗子插上了，但南京城並沒有完全平靜。槍聲還在一些街區零星星地響起，硝煙仍在多處升騰。更重要的是，日軍在南京的最高指揮機構雖然被摧毀，但其殘餘部隊，尤其是那些分散在城中各堅固據點、倉庫、兵營的守軍，以及正在潰逃向江邊的部隊，仍然需要清理。
“旅座，抓到一個鬼子大官！在偽政府大樓地下室發現的，還沒死，但傷得很重，像是自殺沒成功。”張三帶著兩個士兵，押著一個渾身是血、軍裝殘破的日軍大佐軍官走了過來。那軍官腹部有一道可怕的刀傷，雖然簡單包紮過，但臉色慘白如紙，眼神渙散，嘴裡喃喃著甚麼。
“身份？”林曉問。
旁邊一個懂日語的參謀上前詢問了幾句，回頭報告：“他說他叫松井……是南京警備司令部的參謀長。他說……司令官閣下已經……已經盡忠了。”
“司令官？是南京日軍的城防司令？”林曉追問。
參謀又問了那傷重的大佐幾句，對方斷斷續續地回答，夾雜著痛苦的呻吟和混亂的囈語。參謀翻譯道：“他說，司令官……河邊正三中將（注：歷史上此時南京日軍最高指揮官為第六軍司令官十川次郎，但小說可藝術處理），在……在我們炮擊最猛烈的時候，在位於鼓樓附近的原日軍司令部地下室裡，切腹自盡了……一同自殺的還有幾名高階參謀……他奉命最後銷燬檔案，然後……然後自決，但他沒死成……”
河邊正三切腹自盡。這個訊息讓周圍的軍官們都沉默了一下。這意味著，南京日軍最高、也是最後的統一指揮中樞，在物理和精神上都已經崩潰。
“立刻派人，去他說的鼓樓附近原日軍司令部核實！小心詭雷和殘敵！”林曉命令道，同時看了一眼那個奄奄一息的日軍大佐，“把他送野戰醫院，儘量搶救，他還有用。”
松井大佐被抬走。林曉走向剛剛架設好的電臺。通訊兵已經恢復了與紫金山張三觀測點、南線趙剛、北線三營以及浦東雷諾的聯絡。
“利刃報告，觀測到城內多處日軍據點升起白旗或停止射擊。但下關碼頭方向仍有激烈交火和爆炸聲，疑似日軍在破壞設施或試圖登船逃跑。”張三的聲音傳來。
“南線報告，雨花臺、中華門方向殘餘日軍已基本肅清或投降，我正在向城核心心區域推進，與你會合。”趙剛的聲音帶著疲憊和興奮。
“北線報告，下關碼頭區域日軍抵抗混亂但頑固，部分船隻起火，我部正在進攻，但兵力不足，請求支援！”三營長的聲音很急。
“雷參謀長報告，營地及協調處運轉正常，已接收大批戰俘。第三戰區來電詢問戰況，並有友軍部隊正向南京方向靠攏。”雷諾的聲音平穩。
情況彙總到林曉這裡：日軍最高指揮官自殺，指揮系統徹底癱瘓；城內多處據點失去統一指揮，或投降，或陷入各自為戰的混亂；唯一尚有組織的較大規模抵抗集中在長江邊的下關碼頭，那裡是日軍逃生的唯一希望，也是破壞和戰鬥最激烈的地方。
“命令：東路和南路入城部隊，以連排為單位，分割槽劃片，迅速清剿城內殘餘據點，接受投降，鎮壓零星抵抗。重點保護重要設施、倉庫、文化古蹟，並留意可能化裝潛逃的日軍軍官。趙副旅長，你部負責城南及城西區域清剿，並向城中與我部會合。”林曉對著話筒快速部署，“利刃，繼續觀察，重點監控下關碼頭及可能從城中潰退至江邊的敵軍動向，隨時引導炮火或空中打擊。”
他頓了頓，加重語氣：“三營，堅持住！我立刻抽調裝甲分隊和預備隊增援你部！務必全力進攻，阻止日軍破壞碼頭設施和登船逃跑！必要時，可以呼叫紫金山觀測點引導遠端炮火覆蓋江面可疑船隻！”
命令下達，剛剛攻克總統府的“東方旅”部隊，來不及過多休整，立刻如同梳子般向南京城的各個角落撒開。他們分成一個個戰鬥小組，沿著街巷推進，逐樓逐屋搜尋。過程比預想的要順利。許多據點的日軍在得知指揮部被端、司令官自殺的訊息後，最後一點抵抗意志也瓦解了。白旗從視窗伸出，成群的日軍士兵放下武器，高舉雙手走出建築。偶爾遇到少數死硬分子依託堅固建築頑抗，也在坦克直瞄炮火或步兵的爆破下迅速被解決。
然而，混亂也帶來了危險。一些失去指揮的日軍小股部隊，如同無頭蒼蠅，在街巷間亂竄，時而頑抗，時而試圖逃跑，甚至有的換上便衣或搶奪平民衣物，試圖矇混過關。零星的冷槍和手榴彈襲擊不時發生，給清剿部隊造成了一些額外的傷亡。
最激烈的戰鬥依然在下關碼頭。正如三營長報告的，這裡聚集了從城中潰退下來的、建制相對最完整的日軍部隊，包括部分海軍陸戰隊和憲兵，他們得到了幾艘尚未被完全破壞的小型艦艇和大量民船的支援，試圖做最後一搏，或逃往江北，或進行破壞。戰鬥在碼頭倉庫、棧橋、以及江面的船隻間展開，異常慘烈。
林曉派出的裝甲分隊趕到後，局勢才開始向有利於“東方旅”的方向傾斜。坦克和裝甲車的火力壓制了日軍的灘頭陣地，步兵在火力掩護下逐步清理碼頭區域。張三從紫金山引導的遠端炮火，成功地擊沉了一艘試圖駛離碼頭的日軍武裝拖輪，並迫使其他船隻不敢輕易離岸。
當夕陽的餘暉將長江染成一片血色時，下關碼頭的主要抵抗據點終於被攻克。最後一艘試圖點燃自爆的日軍汽艇，在駛離碼頭不遠後，被查理的P-51用火箭彈擊中，化作一團巨大的火球，緩緩沉入江中。
槍炮聲，終於在南京城的絕大部分割槽域停歇下來。取而代之的，是“東方旅”士兵維持秩序的哨音、戰俘集中點的喧譁、救護車的鳴笛，以及越來越多走上街頭、望著那面高高飄揚的旗幟而掩面哭泣的南京市民壓抑的嗚咽聲。
日軍在南京有組織的抵抗，隨著城防司令官的切腹和指揮體系的崩潰，徹底終結了。剩餘的，只是零星的、絕望的騷擾和混亂的潰散。但收復一座城市，遠比攻克它要複雜得多。林曉站在總統府的臺階上，望著暮色中漸漸亮起零星燈火、卻依舊滿目瘡痍的南京城，心中並無太多勝利的輕鬆，反而感到一副更加沉重的擔子壓了下來。肅清、安撫、重建、以及應對即將到來的各方勢力……真正的考驗，或許才剛剛開始。而他的目光，已經越過了長江，投向了更遠的東方。東京灣，那個最終的舞臺，似乎又近了一步。