兩人道謝過後，轉身離開了寶可夢中心，按照指引朝著若葉鎮郊外走去。皮卡丘緊跟在兩人身側，時不時蹦跳著觀察四周，對這片陌生的土地充滿新鮮感。
走出若葉鎮的鎮區範圍，眼前的景象驟然變得開闊起來。大片平整的淺灘草地延伸向遠方，青草長勢茂盛，柔軟的草葉被風吹得輕輕起伏，如同綠色的波浪。草地邊緣連線著一片淺淺的水域，溪水清澈見底，水底的鵝卵石清晰可見，幾隻野生的烏波、燈籠魚在水中悠閒遊動，見到生人也只是慢悠悠地遊開。空氣中混合著青草、溪水與泥土的氣息，清新又怡人。
一路前行，沒過多久，一座氣派的白色獨棟建築便出現在視野當中。建築佔地面積很大，主體為純白色，搭配淺灰色的窗框與屋簷，四周圍著低矮的白色圍欄，圍欄內開闢出大片培育場地，劃分成不同的區域，顯然是用來飼養、培育各類寶可夢的場地。建築頂端立著一塊木質牌匾，上面寫著空木寶可夢研究所幾個大字，這裡便是此行的目的地。
還未走到研究所門口，兩人就察覺到氣氛有些不對勁。原本應該充滿歡聲笑語、寶可夢叫聲此起彼伏的研究所，此刻格外安靜，甚至隱隱能聽到屋內傳來焦急的交談聲。圍欄外站著幾位附近的居民，臉上都帶著擔憂的神情，交頭接耳地議論著甚麼。
“看來事情確實不簡單。” 林孝低聲說道，腳步加快，帶著小智推開圍欄的小門，徑直走向研究所的正門。
走到門口，還沒抬手敲門，大門便從裡面被拉開。一位身著白色研究大褂、頭髮花白卻精神飽滿的中年男子走了出來，他眉頭緊鎖，臉色凝重，眼神裡滿是焦急與不安，想必就是這座研究所的主人 —— 空木博士。在他身後，正是之前寶可夢中心那位負責登入業務的喬伊小姐，此刻她也面露愁容，身旁的吉利蛋侷促地搓著雙手。
空木博士看到門外的小智和林孝，先是微微一怔，隨即勉強壓下心頭的焦躁，開口問道：“兩位年輕人，請問你們來到研究所是有甚麼事嗎？現在我們這裡出了意外，恐怕暫時沒辦法接待訪客。”
“空木博士您好！” 小智主動上前打招呼，“我們本來是來辦理城都聯盟登入的，喬伊小姐說您這邊出了狀況，所以我們特意過來看看，要是有甚麼我們能幫忙的地方，請儘管吩咐！”
聽聞兩人是前來幫忙，空木博士眼中閃過一絲意外，隨即像是抓住了救命稻草一般，長長嘆了一口氣，語氣沉重地講述起事情的來龍去脈：“唉，真是屋漏偏逢連夜雨啊。事情是這樣的，我們研究所一直負責培育城都地區的三隻初始寶可夢：菊草葉、火球鼠和小鋸鱷。每天都會有本地的新人訓練家前來領取屬於自己的第一隻寶可夢，開啟冒險之旅。”
他頓了頓，抬手揉了揉發脹的太陽穴，繼續說道：“今天上午清點培育區的寶可夢時，我們發現，專門留給新人訓練家的一隻小鋸鱷不見了！整個研究所裡外都仔細搜查了一遍，培育室、飼養區、活動場地、儲物間，所有角落都找遍了，完全不見它的蹤影。監控錄影被人為破壞，圍欄也有一處被撬開的痕跡，很明顯，是有人故意潛入研究所，偷走了這隻小鋸鱷！”
“偷走了？” 小智瞪大了眼睛，滿臉驚愕，“居然有人偷寶可夢？太過分了吧！” 在他的認知裡，寶可夢是訓練家最珍貴的夥伴，用偷竊的方式奪走別人的寶可夢，是極其卑劣的行為。
“沒錯。” 一旁的喬伊小姐補充道，語氣也帶著憤慨，“空木博士培育的這隻小鋸鱷性格溫順，天賦也很不錯，原本是準備交給今天前來報到的新人訓練家的。現在寶可夢失竊，新人訓練家失望而歸，博士也急得團團轉，我接到訊息後就立刻趕過來幫忙了。”
“有沒有看到可疑的人？或者發現甚麼線索？” 林孝冷靜地詢問，條理清晰地梳理情況。他知道當務之急是找到竊賊，追回被偷走的小鋸鱷。
空木博士搖了搖頭，臉色愈發難看：“事發突然，清晨守衛換班的間隙，對方趁機潛入，動作十分利落，沒有留下明顯的外貌線索。只在被撬開的圍欄邊上，發現了幾片不屬於本地的黑色布料碎屑，還有一些奇怪的黑色煙霧殘留。而且對方行動速度極快，得手之後立刻撤離，我們發現失竊時，人早就跑遠了。”
“黑色布料、黑色煙霧……” 小智皺起眉頭，腦海裡瞬間閃過一些不好的猜測，“該不會又是那些專門搶奪、偷竊寶可夢的不法組織吧？我在關都地區旅行的時候，就遇到過不少這樣的壞人，總是想方設法搶奪別人的寶可夢。”
“很有這個可能。” 空木博士沉聲道，“城都地區近期也陸續出現過幾起小型寶可夢失竊案件，作案手法十分相似，看來是同一夥人所為。這隻小鋸鱷還年幼，獨自在外十分危險，若是落到不法分子手中，後果不堪設想。我已經安排研究所的工作人員分方向外出搜尋，可到現在為止，依舊沒有任何訊息。”
看著空木博士焦急的模樣，還有喬伊小姐擔憂的神情，小智立刻握緊拳頭，一臉認真地說道：“博士，請放心！我們也加入搜尋隊伍！我和皮卡丘一定會盡全力把小鋸鱷找回來，抓住那些偷寶可夢的壞人！”
皮卡丘立刻配合地挺起胸膛，發出一聲堅定的 “皮卡！”，小小的身體裡充滿了幹勁。
林孝也附和道：“我們對周邊地形還算適應，多兩個人搜尋，範圍也能擴大一些。請告訴我們大致的撤離方向，我們立刻出發。”