新明港的空氣中瀰漫著一種比西班牙人的炮火更令人窒息的恐懼。港口區的臨時隔離棚內，痛苦的呻吟與絕望的哭泣交織，昔日繁忙的碼頭如今人影稀疏，只有揹著藥箱、用油布裹緊口鼻的防疫隊成員匆匆穿梭。高燒、淋巴結腫痛、咯血，以及面板上迅速蔓延的紫黑色瘀斑，正以前所未有的速度吞噬著生命。
“首領！港口區死亡人數已過百！重症患者已佔隔離區半數！今日又新增三十例高熱患者！”沉茂才的聲音帶著絕望的顫抖，將最新的疫情報告呈給吳銘，“民眾恐慌至極，有人開始衝擊隔離區，想要逃出去…”
吳銘站在總督府二樓的露臺上，俯瞰著這座瞬間被瘟神陰影籠罩的城池，臉色鐵青。(內心OS：黑死病（鼠疫）爆發！專案遭遇最大公共衛生危機，死亡率超高，恐慌指數爆表，常規管理手段面臨失效！)
“蔣瓛！”吳銘的聲音冷得像冰，“帶你的人，封鎖港口區所有出入口！嚴格執行只進不出！衝擊隔離區者，以危害公共安全罪論處，可就地羈押！非常時期，用非常手段！”
“是！”蔣瓛毫不猶豫地領命而去。他知道，此刻任何的軟弱都可能造成整個新明的崩潰。
“張衡！”吳銘的目光轉向格物院院長，“我讓你查閱所有帶來的醫書，尤其是那本《瘟疫論》，結果如何？”
張衡連忙上前，手中捧著一本泛黃的線裝書，眼神卻帶著一絲興奮：“首領！找到了！明末醫家吳又可的《瘟疫論》！書中言明，此等‘疙瘩瘟’（鼠疫）乃‘戾氣’自口鼻而入，伏於‘膜原’，並非傳統傷寒！其治療首重‘疏利透達’，方用‘達原飲’！”
(內心OS：技術整合點！明代溫病學先進理念與現代傳染病防控原理存在契合！)
“達原飲？”吳銘迅速檢索記憶，“成分？”
“檳榔、厚朴、草果、知母、芍藥、黃芩、甘草！”張衡流暢地報出，“此方旨在開達膜原，闢穢化濁，正是針對此疫氣！”
“好！”吳銘當機立斷，“立刻組織所有懂藥性的人，集中全港藥材，按方熬製大鍋湯藥！優先供給防疫隊、軍士及輕症患者！重症患者嘗試加重劑量！”
但他知道，僅靠一方一藥遠遠不夠。(內心OS：必須啟動系統性的傳染病應急響應預案！隔離傳染源，切斷傳播途徑，保護易感人群！)
“傳令！”吳銘的聲音傳遍總督府，“一、全面隔離： 將疫區嚴格劃分為‘重疫區’、‘輕症區’、‘觀察區’和‘潔淨區’。所有人員，無令不得跨區流動！二、強制消毒： 組織專人，用沸水、石灰水潑灑所有公共區域，尤其是病患住所和屍體停放處！三、屍體處理： 所有死者遺體，立即深坑焚燒後掩埋，撒大量生石灰！嚴禁土葬！四、個人防護： 所有防疫及必要外出人員，必須以油布、棉布製作簡易面罩遮住口鼻，勤用皂角熱水洗手！五、通風透氣： 所有棚屋務必開窗通風，保持空氣流通！”
這些融合了現代公共衛生理唸的命令，在這個時代顯得如此離經叛道，卻又如此清晰有效。在新明港已有的高效組織體系下，被迅速執行下去。
吳銘更是身先士卒，用煮沸的棉布自制了簡陋的“口罩”，親自進入隔離區視察。他看到格物院的學生們正按照《瘟疫論》的指導，為病人診脈、喂藥；也看到防疫隊冒著風險，用石灰水消殺環境，搬運處理屍體。恐懼依然存在，但秩序正在重建。
“首…首領…您不該來這裡…”一位正在給病人喂藥的老醫匠看到吳銘，驚慌道。
“我不來，軍心民心如何穩定？”吳銘蹲下身，檢視一名重症患者的瞳孔和舌苔（他有限的現代醫學知識），對老醫匠說，“老先生，可否嘗試在‘達原飲’基礎上，對高熱不退者加生石膏、對咯血者加白茅根、對淋巴結潰爛者外敷三黃散（黃連、黃芩、黃柏）？”
老醫匠一愣，細細琢磨，眼中漸漸放出光來：“妙…妙啊！首領您竟也通醫理？如此加減，正合病情深淺！老夫這就去試！”
(內心OS：有限醫學知識+本地專家經驗，進行快速迭代最佳化！)
然而，危機並未輕易解除。 疫情仍在蔓延，藥材消耗極快，尤其是關鍵的主藥檳榔、黃芩存量告急！更糟糕的是，由於封鎖和恐懼，港口內的清潔用水和食物供應也開始緊張。
屋漏偏逢連夜雨。
瞭望塔再次傳來緊急警報：遠海的西班牙艦隊似乎察覺到了港內的異常，開始放下更多的小艇，蠢蠢欲動，似乎想趁此良機發動試探性進攻！
內憂外患，新明港到了生死存亡的邊緣！
“首領！怎麼辦？弟兄們很多也病倒了…防線…”蔣瓛急得嘴角起泡。
吳銘望向海面，眼中佈滿血絲，大腦飛速運轉。(內心OS：資源擠兌！多線作戰！必須優先順序排序！)
“西班牙人是在試探！他們不確定我們內部發生了甚麼！”吳銘判斷道，“蔣瓛，把你還能動的燧發槍手，全部調到面朝大海的最前沿工事！旗幟插滿！做出嚴陣以待的樣子！把庫存最後那點火藥和響炮拿出來，隔半個時辰就朝他們方向盲射一輪！嚇阻他們！ 絕不能讓他們看出我們的虛弱！”
“可是…火藥…”
“執行命令！優先保障軍事威懾！”吳銘斬釘截鐵，“內部疫情，我來想辦法！”
如何解決藥材和物資？吳銘猛地想起之前與特拉科潘的貿易線！
“立刻派人！乘快艇！冒險繞過西班牙人的監視，從西側海灣出去，火速前往特拉科潘！”吳銘對沉茂才吼道，“告訴他們！我們需要檳榔、黃芩、石灰、還有糧食！用我們庫存的最後那點玻璃鏡和精鋼匕首換！告訴他們，如果我們倒下，西班牙人下一個目標就是他們！”
這是一場賭博！但也是唯一的生路。
就在新明港軍民在吳銘的帶領下，與瘟疫進行殊死搏鬥之際，一匹快馬衝破夜色，駛入大明應天府。
騎手渾身是血，背上插著三支箭矢，拼著最後一口氣將一封染血的密信送到了魏國公府側門。
徐妙錦的心腹丫鬟冒險收下信，立刻呈送給正在佛堂為夫君和百姓祈福的小姐。
徐妙錦顫抖著開啟密信，是她安插在宮內的眼線冒死送出的訊息：
“…陛下御書房深夜密議…有御史聯名上奏，言新明港爆發特大瘟疫，十室九空，乃天譴逆臣…慫恿陛下趁其病弱，發水師與西班牙人南北夾擊，一舉剷除…陛下…意動…恐…恐不日即有旨意…”
徐妙錦的臉色瞬間煞白，幾乎暈厥。
她最害怕的事情終於發生了！朝廷不僅不救，還要落井下石，甚至與西洋夷狄勾結！
絕不能允許！
她深吸一口氣，強迫自己冷靜下來。她立刻來到書房，揮毫寫下兩封信。
第一封，給她父親徐達：“父親大人膝下：瘟魔肆虐新明，夫君率軍民死戰，然藥材糧秣殆盡，危在旦夕。朝廷不施援手反欲加害，甚至欲聯西夷，此自毀長城，寒天下忠良之心！女兒懇請父親，無論如何，設法拖延朝廷發兵，並暗中採購藥材（附清單），覓海路勇者，火速送往新明！此非救一人，乃救萬千大明流民，亦保我徐氏一門清譽！女兒妙錦泣血叩首。”
第二封，她動用了壓箱底的、馬皇后早年賜予她的私人信物，寫了一封極其簡短卻情真意切的信，直接送入坤寧宮：“罪婦徐氏妙錦，遙叩皇后娘娘鳳安。新明瘟疫，生靈塗炭。妾夫吳銘，日夜不休，率眾抗疫，活民無算。今聞朝中或有乘危之議，妾心俱裂。娘娘母儀天下，素以慈悲為念，懇請娘娘憐惜萬里之外，皆是大明子民，勸陛下暫息刀兵，予一線生機。若得聖恩，妾願削髮為尼，永世祈福。臨書涕零，不知所言。”
她這是在用自己的命運做賭注，賭馬皇后最後的仁慈，賭父親對女兒和外孫的維護，更賭朝廷中還有人對萬千生靈存有一絲憐憫。
新明港。 吳銘的強硬嚇阻策略起了作用。西班牙人見岸上防禦似乎依舊嚴密，炮聲不斷，一時摸不清虛實，不敢貿然大規模進攻，只是加大了騷擾力度。
派往特拉科潘的信使九死一生，竟然真的帶回了訊息：特拉科潘首領被吳銘的警告和誠意打動，同意交易！首批藥材和糧食已裝船，由特拉科潘戰士護送，正悄悄駛來！
希望之光，穿透了死亡的重重陰霾。
與此同時，嚴格執行的隔離消毒措施和“達原飲”加減方的廣泛使用，效果開始顯現！新增病例的增長速度明顯放緩，部分輕症患者病情得到控制，甚至開始康復！雖然每日仍有死亡，但疫情的蔓延勢頭，終於被初步遏制住了！
“首領！有效！您的法子有效啊！”沉茂才激動得老淚縱橫。
吳銘看著那些逐漸恢復生機的面孔，緊繃了無數個日夜的心絃，終於稍稍鬆弛。(內心OS：第一階段防控見效！但需警惕反彈，必須持續投入！)
就在這時，海面上再次出現一支打著大明旗號的船隊。這一次，不是戰艦，而是幾艘商船。他們不敢靠近，只是放下小艇，卸下一些物資，便匆匆離去。
物資中，除了些許藥材，還有徐妙錦那封報平安、報朝廷動向的密信，以及…徐達動用私人關係籌集、透過隱秘渠道送來的一批珍貴黃連和檳榔！
雪中送炭！
吳銘握著那包沉甸甸的藥材，看著徐妙錦信中風輕雲淡卻字字千鈞的報平安，眼眶瞬間溼潤。
他明白，在這場無形的戰爭中，他不是一個人在戰鬥。
此刻，大明紫禁城。
馬皇后看著徐妙錦的信，久久不語。她將信遞給了身旁劇烈咳嗽的朱標。
朱標看完，臉色變幻不定。徐達也同時遞上了請求延緩出兵、以觀後效的奏章。
“陛下，”馬皇后輕聲道，“瘟疫乃天災，非人力可逆。吳銘若真能在那海外蠻荒之地控制疫情，活民萬千，亦顯我大明仁德。此時若發兵，縱能成功，恐亦失天下人心，更予西夷口實。不若…靜觀其變。”
朱標望著窗外，沉默了許久。他內心的掙扎無人能知。最終，他揮了揮手，聲音疲憊：“傳旨…沿海各衛所…加強戒備，暫…暫緩一切越海行動…待…待疫情明朗後，再議…”
一場迫在眉睫的毀滅性攻擊，暫時被化解了。
新明港的瘟疫，在付出了慘重代價後，終於漸漸平息。 吳銘將《瘟疫論》與自身實踐的防控經驗結合，命人詳細記錄整理，形成了《新明防疫錄》。他站在碼頭上，看著開始逐漸恢復生機的港口，以及遠方依舊虎視眈眈的西班牙艦隊，目光深沉。
他知道，這場戰役贏了，但戰爭遠未結束。經此一疫，新明港的凝聚力空前強大，但也元氣大傷。
“李大匠，”吳銘喚來軍工負責人，“我們的‘雷火’計劃，必須加快了！我們要讓所有敢覬覦這裡的敵人知道，即便經歷瘟疫，新明也不是他們能輕易撼動的！”
一場更大的風暴，正在醞釀之中。