第二所為醫學院。
讓目前擔任南京太醫院院使的方正擔任醫學院的院長，以研製新藥和培養郎中為主要任務。
凡良家子，對藥理感興趣者就可入醫學生為學員。
第一批招收學員一百人，而其中女學員二十名，她們主學產科，以傅山的《傅青主女科》為教材。
第三所為科技學院。
朱由哲本來想選定宋應星或者方以智擔任這個新學院的院長，但他們一個在山東打造火炮，一個被困京師，一時也來不了。
想來想去，朱由哲最後選定了和徐光啟齊名，有南徐北王之稱的北王王徵。
和宋應星所學的雜，和方以智主修的物理常識都不同，王徵追求的是實用。他編寫了這個世界上第一部將力學原理和機械技術合二為一的巨著《奇器圖說》。
在書中，王徵把數學、力學做了詳細的理論敘述，詳細介紹了天平、槓桿、滑輪、輪盤、螺旋等的工作原理。他所創造的重心、斜面等名詞到現在依舊是物理學裡面的專有名詞。
而王徵還根據西方人的描述，建造出了舉重車、螺旋式水車的模型。
可惜的是，清軍入關，華夏迎來了一個更封閉的王朝，而他這本巨著也成為只供個別人閒時消遣的工具。
唯一的問題是，王徵目前是正三品的按察使，官高權重，就是不知道他願不願意去當那個有名無實的院長。
所以，朱由哲令人叫來了王徵，親自詢問他的意見。
沒想到的是，王徵沒有絲毫猶豫便直接同意了。而且給朱由哲留下一句話，“官做的再好，也只能維護一地百姓，一時朝廷。而科技，卻能實實在在的改變華夏之將來。”
朱由哲不得不承認，這個時代，還是有一些人，有著不同於一般人的追求。
正當這一切都如火如荼進行時，前線傳來的軍報直接打斷了朱由哲正在編織的美好未來。
四日前，清軍突然南下。
在西路，博洛率步騎一萬五千從睢陽出發，南下攻明。
拓城、鹿邑半日即克，城中百姓被清軍屠戮殆盡。武平衛指揮使張輝率部投虜，亳州陷落。
清軍分出一部，會同張輝南下攻打渦陽。
其主力西向，太康、扶溝、鄢陵、尉氏等城不戰而降。唯有長葛縣令吳涵固守城池，兩日後城破殉國。
許州知州段興元棄城而逃，許州陷落。
目前清軍已經進抵郾城，汝寧知府越其傑請求朝廷增援。
在東路，清軍以勒克德渾、耿忠明為將，從徐州出發，南下攻打邳州。邳州堅守兩日後城破，大部明軍逃亡睢寧，繼續固守。
總兵黃得功主動出擊，擊破清軍前部，斬首五百，俘虜一百。清軍大軍殺到，兩軍在宿遷附近多次交戰，各有勝負。
一日前，清軍攻破渦城，渦城守備馬興自殺殉國。
鳳陽留守詹兆恆下令放棄蒙城，固鎮，將所有兵力集中於中都鳳陽。但即使如此，城中兵力仍不滿五千，請朝廷立即派兵增援。
而與此同時，清軍加大了對山東東部的進攻。而其中，以孔有德表現最為賣力。但清軍主力未動，不知為何？
朱由哲看著這些戰報，心中稍安。
看來，因為李自成的原因，清軍並不打算出動主力。既然不出動主力，那說明多爾袞沒有一舉拿下江南的準備。
但一切都不能太過樂觀。
若明軍太過廢物，讓多爾袞看到可以不費吹灰之力奪取江南的機會，作為一代梟雄的他肯定不會放過。
失陷幾個城池，乃至損兵折將都沒甚麼打緊，關鍵是讓多爾袞看到明軍抵抗的決心和意志。
一旦其損兵過多，多爾袞自然會終止進攻。
拖下去，一直拖下去，時間站在大明這邊。
而中原的那些城池無險可守，達不到消耗清軍的目的，只有靠堅城險關才能給敵軍以最大殺傷。
想到這裡，朱由哲下旨道：“傳令越其傑，汝寧府能守就守，不能守就率部退往壽州，與八公山的劉孔昭部會合。同時，告訴劉孔昭，讓他準備足夠的船隻，準備隨時接應越其傑部過江。”
史可法輕輕點頭，“陛下，那鳳陽方向呢！”
朱由哲道：“鳳陽乃大明中都，蚌埠更是整條江淮防線的重中之重。告訴詹兆恆，鳳陽絕不能失，否則讓他提頭來見。下旨給左光先，讓他提兩萬精兵立即北上增援鳳陽。同時……”
朱由哲停頓了一下，“同時去信給左良玉和萬元吉，讓左良玉在確保武昌安全的前提下派兵增援李國英。告訴他，若六安有失，湖廣大軍將面臨闖賊和建虜的兩面夾擊，守六安就是守武昌。告訴萬元吉，讓他抽出八千江西兵卒前往合肥。不做增援之用，只確保合肥無虞。”
史可法對此並無異議，說道：“陛下，那黃得功和張名振那邊？”
朱由哲沒有回答，而是問道：“目前堵胤錫在何處？”
史可法道：“堵胤錫讓文安之去了黃得功那裡，而他自己則率部乘船前往了盱眙。按路程算，目前他應該已到地方了。”
朱由哲輕輕的點了點頭。盱眙位於洪澤湖畔，水陸交通都十分方便，正方便指揮各路明軍。“前線局勢變化太快，身處後方的我們很難做出最正確的決定。既然堵胤錫已去了盱眙，那一切就讓他做決定吧！只告訴堵胤錫，我軍的目的在於透過不斷抵抗消耗清軍的有生力量，不要在乎一城一地的得失。”
說到這裡，朱由哲頓了一下，轉向馮銓，“但糧草軍械供應一定要保障，否則你這個戶部尚書便到頭了。”
馮銓笑了笑，抱拳道：“陛下放心，二十萬石糧草，兩千杆火槍已於今日啟程，絕不會讓前線將士餓著肚子打仗。但陛下，江淮水路縱橫，運輸兵力，運送糧餉，一切都需要船隻，漕運總督那邊？”
朱由哲眉頭緊蹙，想了片刻道：“等朝議結束，馮愛卿隨朕一起去見見那個劉老大吧！十萬漕丁的事該解決一下了。”