於穎是南直隸金壇人士，在南明時代擔任紹興知府。
在南京失陷之後，於穎扣押前來勸降的清軍使者，並聚兵反清。率五百步卒急奔固陵，在清軍大軍未到之前將所有船隻從錢塘江西岸移至東岸，並分兵固守潭頭、橋司、海門、七條沙等登陸點，直至魯王朱以海到達紹興。
可以說，要不是於穎，浙東早已被清軍所佔，而朱以海則完全失去立足之地。
而更難能可貴的，在弘光政權倒臺之後，隆武帝登基，魯王監國，兩派勢力爭鬥不止。而這時，於穎卻堅持固守本土，堅持不參與內鬥。
後來，魯王政權大敗，於穎沒有及時跟隨魯王朱以海逃至海上，返回京口，以道士身份終老。
一個文官，有敏銳的軍事嗅覺，而又能堅持自身職責，拒絕內鬥，這樣的品質在明末已屬上層，這也是朱由哲選擇他的原因。
除此之外，還任命左光先為兵部左侍郎，令其即刻率手下之兵前往揚州聽命。
任命堵胤錫為江北都督，文安之為其手下總贊畫，凡江北之兵，除山東兵之外都在其轄制之內，無論劉孔昭、李國英，還是黃得功、張名振、皆受其指揮。
張國維被任命為鹽運總督，總覽天下鹽政。同時兼任賑災巡撫，由其攜帶百萬兩白銀前往江淮，協助漕運總督路振飛賑濟北地逃民。
沈廷楊被任命為運糧官，在上海興建港口，專司從海上轉運糧草至山東和寧遠。
開闢上海、寧波、廣州三個對外海貿口岸。瞿式耜調任廣東巡撫，立即前往廣州，開海貿、興商業，為朝廷籌措錢糧。
張同敞由原有的曲阜縣令升至戶部郎中，雖依舊屬戶部管轄，但屬獨立一司，負責商稅的制定、監管，以及收取，顧炎武、黃宗羲皆在其下任職。
內閣，及六部大體沒動，只是給史可法加了一個總覽全國軍政之權，在朱由哲不在時代行監國之權。
四五天時間內，朱由哲快刀斬亂麻，宣佈了一系列政策，還著力提拔了一些有才能之人。
而同時，何剛則借用這段時間，將南京城的十八個衛所完全清理了一遍。
其中得到糧食接近百萬石，鎧甲六千餘副、長槍兩萬杆，長刀三萬把，弓箭四千副，羽箭二十三支，駿馬兩千三百匹，騾馬一千二百頭。同時還有大小火炮，火銃，火藥等不計其數。
雖然大部分老舊不能使用，但是精心修補後，仍可半數可用。
而最重要的，何剛從中清查出良田接近百萬畝。而當其宣佈了朝廷政策後，大部分衛所兵為了家人能多分田地選擇了繼續從軍。
十八個衛所，本應有兵額九萬七千兩百，但實際上只有兵員不到四萬。去除老弱，從報名青壯中選人，最終何剛上報的數額是一萬四千人。
同時，對京營和禁軍的清查也在史可法的主持下進行，禁軍數目維持在三千之數，剩下的，條件符合者全部編入新軍，得兵兩萬三千餘。
兩相加起來，也僅有三萬七千人，距離朱由哲要求的第一批新軍數量應維持在五萬之數還差一萬三千。
況且，無論是鎮江，還是當塗，都只有數千兵卒，遠遠達不到一萬的數額。
兵力嚴重不足。
何剛提議從北地逃民中選，他們願意南遷，就表明他們對大明懷有希望。況且，他們現在衣食無著，當兵雖然危險，但也算一條出路。只要能好好安置他們的家人，定然從者如雲。
同時，何剛還提議，從那些少田、甚至無田的江南良家子中選兵。他們生活艱辛，能吃苦，心思單純，從古至今都是從軍的好苗子。
朱由哲想了想，便答應了，讓大學士何騰蛟前往江淮，選民入軍。
而江南這邊的徵兵，朱由哲則交給了大學士高宏圖。他是北地人，和江南官員牽扯較少，可以儘可能做到公正。
何剛見朱由哲對他的建議基本上無有不允，便更進一步，提議將衛所中的老弱就地安置，建立一個個衛所村落，選出衛所中有名望者擔任長老，管理衛所裡的日常事務。
他們曾經都是衛所兵，雖目前為民，雖老弱，但依舊具有一定的戰力。將他們集中管理，利用農閒時加以訓練。若將來形勢危急，可直接將他們拉上戰場應急。反之，若將來局勢穩定，管理終止，他們便徹底為民。
考慮到他們擔負著遠超普通百姓的職責，朝廷應對之有所補償。
例如，在他們所在的村落興辦義學，讓他們的子孫可以有機會讀書識字，可以將來參加科舉，徹底擺脫世代為兵的命運。
這樣的提議，朱由哲當然同意，而何剛的提議也讓朱由哲想起了李建泰在山西的所作所為。
思考了一番後，朱由哲叫來了黃道周，並對他講了李建泰如何籌集民間資金興辦學校的事情。
不曾想，黃道周對此特別感興趣，並一再確定可以用自己姓名為學校命名時，還興奮了許久，一再請求朱由哲把這件事交給他去辦。
名利啊！
總是人們躲不過去的。
黃道周不貪利，但名，那就是另一回事了。
朱由哲同意，並表示，只要不拿朝廷的錢，他想怎麼辦就怎麼辦？
但同時，朱由哲又主動拿出二十萬兩白銀，要求在南直隸建立三所學院。
一所為農業學院，專司引種、育種，並培養高產作物。
而其第一任院長，就是寫出《群芳譜》，從山東趕來的王象晉。
為此，朱由哲還特意將大明皇家在南京的十萬畝皇田盡數交給了他，讓他進行紅薯和土豆兩樣高產作物在南地的試種。
雖然王象晉在山東種植這兩樣作物已經初見成效，但南地和山東氣候不同，按王象晉的說法，應該再行試種。
對此，朱由哲也採取了較為謹慎的做法。
畢竟，朱由哲知道歷史中的愛爾蘭大饑荒可是餓死了三百多萬人，而主要原因就是其主糧多為土豆。
一場病害就可能使之絕收。
在決定大規模試種之前，必須多次試種。