【前情回顧】
海底倉庫自毀程式啟動，000號克隆體與上百個培養艙被摧毀，秦深發現自己是植入陳立偉記憶的049號實驗體，小張（張明）暴露真實身份為刑警隊臥底，而潛逃的050-060號克隆體定位顯示東南亞某港口，影子組織啟動警魂計劃3.0......
第一章：港口迷影
2025年7月23日馬來西亞巴生港。
集裝箱吊車的轟鳴聲中，秦深穿著工裝服混在搬運工裡，目光鎖定編號MH37-05的冷藏箱——監控顯示，該集裝箱內有十二具左腕帶條形碼的屍體，與鏡湖生物克隆體特徵一致。當他用紫外線燈照射箱體時，角落浮現出血字：050號在省廳，警。
耳麥裡傳來陳立仁的聲音：國際刑警組織傳來訊息，影子組織在暗網拍賣警魂克隆體，起拍價是各國警方的機密檔案。秦深的手指劃過冷藏箱鎖釦，突然聽見身後傳來熟悉的腳步聲——那是陳立偉生前習慣的三步一頓節奏。
第二章：映象警號
省公安廳檔案科。
新入職的警員李浩然正在整理037案卷宗，左腕內側的創可貼下露出半截條形碼。他的電腦螢幕顯示著暗網交易頁面，競拍者ID灰隼2.0正在上傳省廳高層的體檢報告，其中標註王建國的繼任者、省廳副廳長劉振邦的心臟，安裝著與周明正同款的微型炸彈。
小李，幫我拿份三年前的爆炸案資料。秦深的聲音從身後傳來，視線落在李浩然的警號牌上——編正是海底倉庫失蹤的050號克隆體。他注意到對方轉身時，拇指與食指間的老繭呈槍托狀，那是長期使用格洛克17的特徵，而陳立偉生前慣用的，是64式手槍。
第三章：基因黑市
暗網交易中心虛擬會議室。
秦深戴著VR眼鏡進入加密空間，十二名蒙面競拍者的全息投影懸浮在空中，其中一人的袖口露出骷髏頭紋身——與徐陽的左膀右臂完全一致。當拍賣品警魂克隆體操控晶片登場時，背景音裡突然混入小張的笑聲：秦深，記得檢查劉副廳長的辦公室綠植。
現實中，陳立仁正帶著特警突入劉振邦辦公室，在盆栽土壤裡發現微型攝像頭，鏡頭對準的，是保險櫃裡的警魂計劃3.0檔案。翻開檔案的瞬間，所有人倒吸冷氣——裡面是基因編輯後的胚胎照片，每個胚胎的左腕都有條形碼，而供體基因一欄，除了陳立偉三兄弟，還有個未知編號000X。
第四章：雙重背叛
4月19日巴生港碼頭辦公室。
李浩然（050號克隆體）的槍口抵住秦深腰間，嘴角扯出機械的微笑：影子組織說你是失敗品，植入的記憶片段太多，導致情感模組過載。他調出秦深的基因報告，看到沒？你體內有15%的基因來自000號，所以才能啟用海底倉庫的自毀程式。
突然，窗外傳來集裝箱倒塌的巨響。秦深趁機撞向消防警鈴，海水從破裂的管道湧出，李浩然的條形碼在水中發出熒光。當他墜入海里時，秦深看見其背後的紋身——不是骷髏頭，而是扭曲的037三個數字，與000號胸口的紋章相同。
【本集結尾】
省廳技術組破解了暗網交易資料，發現灰隼2.0的真實IP地址，竟然指向青陽市安康養老院。秦深連夜驅車趕到，在地下實驗室的培養艙裡，看見一個戴呼吸機的女孩，左腕條形碼編號061，面容與他的妻子林小婉有七分相似。更驚人的是，培養艙的備註欄寫著：警魂計劃3.0唯一女性實驗體，基因供體：秦深、林小婉。
而此時，林小婉正在家中接到陌生電話，對方用陳立偉的聲音說：開啟床頭櫃第三個抽屜，裡面有你丈夫的真實身份檔案......