【前情回顧】
秦深發現自己是049號實驗體，植入陳立偉記憶片段，海底倉庫的000號克隆體甦醒，連線所有克隆體。王建國啟動家屬樓炸彈，秦深父母定位消失，小張臨終提示用陳立偉警號摧毀000號，而000號已抓住秦深......
第一章：記憶碎片
2025年4月19日海底倉庫。
000號的手指掐進秦深肩膀，劇痛中他突然看見碎片化的記憶：12歲那年，穿白大褂的醫生說這是最後一次基因適配手術，手術檯上的監控顯示，隔壁病房躺著與自己長相相同的男孩——正是陳立偉的克隆體037號。
別掙扎了，000號的聲音帶著陳立偉的尾音，你我本就是一體，影子組織用三胞胎的基因創造我，又在你體內植入他們的記憶，就是為了讓你成為最完美的臥底。他指向漂浮的克隆體，看看他們，每個都有警察的記憶、毒販的身手，很快，整個警界都會被我們滲透。
第二章：共振時刻
省廳榮譽室。
陳立仁拖著傷腿撞開防彈玻璃，取下陳立偉的警。當他的血液滴在警號背面的USB介面時，金屬表面突然浮現出指紋鎖——那是隻有三胞胎才能開啟的裝置。插入海底倉庫的終端，螢幕跳出提示：啟動警號共振，需同時啟用037、038、048號實驗體。
他咬碎牙間的通訊器：秦深！用你的警號觸碰000號的胸口紋章，那是三兄弟警號的融合圖案！在海底倉庫，秦深感覺000號的力量突然減弱，他摸向腰間警號，發現編不知何時變成了——49正是他的實驗體編號。
第三章：基因炸彈
鏡湖生物總部頂層。
王建國看著監控裡上浮的克隆體，突然發現每個克隆體的行動都在同步——000號正在用基因共振控制他們。他掏出手機撥打神秘號碼：啟動B計劃，炸掉海底倉庫，包括所有實驗體！但聽筒裡只有忙音，小張的笑臉出現在監控畫面：對不起，王廳長，您的遙控器訊號早被我遮蔽了。
海底倉庫的自毀程式終於啟動，紅色警報燈映著000號震驚的臉：你以為摧毀我就能結束？影子組織的核心資料，早就植入每個克隆體的腦幹......他突然鬆開秦深，指向正在融化的培養艙，看，你的父母還活著，我只是偽造了定位訊號。
第四章：警魂永續
長江江面。
特警直升機的探照燈掃過浮出水面的克隆體，他們的條形碼在強光下逐漸消失。秦深抱著昏迷的小張浮出水面，對方胸前的工牌早已破損，露出底下的警徽紋身——原來他才是真正的038號警察，被影子組織植入克隆體記憶。
叮——
手機收到陳立仁的訊息：基因庫資料顯示，你父母當年簽署的不是志願者協議，而是影子組織的完美警魂計劃，他們用三胞胎基因培育你，就是為了製造沒有弱點的警察。秦深看著遠處燃燒的鏡湖生物大廈，突然在火光中看見三個重疊的身影：陳立偉、陳立仁、陳陽，他們同時舉起警號，光芒穿透濃煙。
【本集結尾】
三個月後，秦深站在新成立的037特別行動組辦公室，牆上掛著十二位受害者的照片，其中一張是小張，備註欄寫著烈士，實驗體038，真實身份：原青陽市刑警隊隊員張明。抽屜深處，那份未公開的基因報告顯示，除了已知的四個實驗體，還有編號050到060的克隆體仍在潛逃，定位訊號最後出現在東南亞某港口。
手機震動，匿名簡訊附來段影片：某地下實驗室裡，戴防毒面具的人正在培育新的培養艙，艙體上貼著警魂計劃3.0的標籤，而培養液中漂浮的胚胎，左腕內側隱約可見條形碼。秦深摸了摸胸前的警號，突然發現編號下方多了行小字：037不是終點，而是每個警察心中的火種。
窗外，暴雨再次降臨，卻比三年前的那場火雨溫柔許多。當第一聲警笛響起時，秦深知道，這場關於基因與信仰的戰爭，才剛剛拉開序幕......