綱手離去的塵埃尚未完全落定，木葉村又迎來了另一位三忍的告別。
自來也的離去，不似綱手那般帶著濃得化不開的悲愴與決絕，反而透著一股他特有的、看似隨性卻又隱含宿命感的色彩。
他在火影巖上，與猿飛日斬進行了一場師徒間的談話。沒有激烈的爭執，也沒有沉重的託付，自來也依舊是那副大大咧咧的模樣，撓著他那頭狂放的白髮。
“老頭子，村子現在也安穩下來了，有你在，還有大蛇丸那傢伙在，暫時也用不上我這麼個閒人。”他嘿嘿笑著，“我啊，還是更適合在外面走走，為我的‘偉大’創作蒐集素材！順便……也看看這個剛剛結束戰爭的世界，到底變成了甚麼樣子。”
猿飛日斬看著自己這個看似玩世不恭，實則內心通透的弟子，心中瞭然。他知道，自來也的離去，一方面是因為他天性不喜束縛，另一方面，或許也是對村子現狀的一種無聲的疏離。他嘆了口氣，沒有強留，只是叮囑道：“在外面……一切小心。別忘了，木葉始終是你的家。”
“知道啦知道啦！”自來也擺擺手，扛起他簡單的行囊，轉身瀟灑地揮了揮手，“等我寫出了震驚忍界的傑作，一定會回來請你們喝酒的！”
他的離去，沒有驚動太多人，如同他往常外出取材一般自然。
然而，命運的絲線，卻在他踏出木葉的那一刻，悄然牽引。
或許是天意使然，或許是某種冥冥中的劇情慣性，自來也在遊歷至飽受戰爭摧殘的雨之國時，再一次——或者說，是“第一次”在源所知曉的命運軌跡中——遇到了那三個擁有著迥異瞳術的孩子：漩渦長門（輪迴眼）、彌彥、小南。
彼時的他們，尚且年幼，在戰爭的廢墟中掙扎求存，如同風雨中飄搖的幼苗。長門那雙被視為“預言之子”象徵的輪迴眼中，還充滿了迷茫與痛苦；彌彥懷抱著建立和平組織的天真而偉大的夢想；小南則用她紙遁的微薄力量，努力守護著這份脆弱的情誼。
自來也目睹了他們的處境，那顆看似粗獷不羈的心，被深深觸動了。他想起了大蛤蟆仙人的預言，想起了這個滿目瘡痍的世界對和平的渴望。一種強烈的、近乎使命感的衝動，促使他做出了決定。
他留了下來。
以一名流浪忍者的身份，他開始教導這三個孩子忍術，教導他們生存的技能，更教導他們關於和平、關於信任、關於守護的道理。他希望能引導他們走向一條光明的道路，希望這雙輪迴眼，真的能如預言般，為忍界帶來變革與和平。
他不知道的是，他此刻的教導，如同在命運的河流中投下了一顆石子，其泛起的漣漪，將在未來掀起何等滔天巨浪。
……
而在木葉村內，昔日的“三忍”，如今只剩下大蛇丸一人。
他並未像綱手和自來也那樣選擇離開。相反，他似乎更加深入地融入了村子的陰影之中。他依舊擔任著上忍的職務，偶爾執行一些高難度的任務，但更多的精力，則投入到了他那永無止境的禁術研究之中。
他與志村團藏的聯絡，變得愈發緊密和隱秘。
根部的基地，成為了他們最好的掩護。在團藏的支援和默許下，大蛇丸獲得了大量“實驗材料”——其中不乏那些在戰爭中“失蹤”的敵方忍者，乃至……一些身份敏感的木葉忍者。他們對初代火影千手柱間的細胞、對宇智波一族的寫輪眼、對各種各樣的血繼限界和禁術，展開了瘋狂而泯滅人性的研究。
實驗室中，冰冷的器械閃爍著寒光，浸泡在營養液中的組織樣本令人毛骨悚然，失敗的實驗體化作一灘灘膿血或扭曲的肉塊……大蛇丸沉浸其中，金色的蛇瞳中閃爍著對“世間真理”的狂熱與對生命的極致漠視。他追求的是永生，是掌握世間所有的術，為此，他可以付出任何代價，也可以踐踏一切倫理。
團藏則樂見其成。大蛇丸的研究成果，尤其是關於寫輪眼和木遁細胞的研究，極大地增強了他和他麾下“根”的力量。他需要大蛇丸的智慧和技術，來達成他掌控木葉、乃至稱霸忍界的野心。
兩人各取所需，在木葉的光明之下，編織著一張更加黑暗與危險的網。
至此，名震忍界的“三忍”徹底分流。
綱手帶著傷痛與迷茫遠走他鄉，試圖在流浪中遺忘或尋找；自來也揹負著模糊的預言與教導“預言之子”的責任，留在了雨之國的廢墟；而大蛇丸，則徹底投身於黑暗，與團藏一同，在木葉的根基處，埋下了足以顛覆一切的隱患。
時代的浪潮，推著每一個人，走向了各自未知卻又彷彿註定的方向。而超然於這一切之上的源，則如同一個冷靜的棋手，默默地注視著棋盤上棋子的移動，等待著屬於他落子的時機，或者……隨時準備著，掀翻這整張棋盤。