奈克瑟斯宇宙，青葉新城的寧靜被徹底撕裂。
地面毫無徵兆地隆起、爆開，塵柱沖天而起！形如巨型甲蟲與植物根鬚混合體的異生獸——梅嘎福拉什，從地下兩千米深處再度鑽出。它並未立刻破壞，而是昂起猙獰的頭顱，背部水晶般的器官射出一道道扭曲的光線，迅速在城區上空交織，構築起一面覆蓋數公里、呈現出詭異彩虹色澤的相位屏障！屏障不僅隔絕了內外，更散發出干擾空間穩定的波動。
幾乎在屏障成型的剎那，藍色的光芒如逆流的流星般升起！奈克瑟斯奧特曼——藍色青年形態，巍然屹立於城市中央。然而，當憐試圖展開美塔領域時，卻發現自己與異生獸之間的空間被相位屏障嚴重干擾，領域之力無法正常構築！
（糟了……必須在人類面前戰鬥了！）憐心中一沉，這意味著巨大的破壞和無法掩飾的暴露。但他沒有選擇，藍色身影毅然衝向梅嘎福拉什。
戰鬥在眾目睽睽下展開。奈克瑟斯靈動的身姿與金色風暴之劍成為無數市民手機鏡頭中的焦點，也成為了TLT指揮中心大屏上刺眼的“異常事態”。
“夜襲隊，緊急出動！目標，青葉新城異常生命體與‘巨人’！”命令透過加密頻道傳來。
鉻金切斯特戰機群呼嘯升空，駕駛艙內，氣氛凝重。石堀光彥（扎基）還有莉子的“失蹤”早已留下陰影，此刻面對這突如其來的狀況，孤門和西條凪對視一眼，都看到了對方眼中的疑慮與決意。他們必須應對，但目的已然不同。
奈克瑟斯的戰鬥堪稱英勇。他利用藍色形態的速度，在相位屏障的干擾下艱難周旋，風暴之劍一次次斬斷梅嘎福拉什噴射出的硬化根鬚與能量彈。終於，他抓住機會拉開距離，左手虛拉，右手曲臂，光之弓與箭矢瞬間凝聚——弓箭光線·風暴！
湛藍的光之箭矢蓄滿能量，即將離弦，給予這頭異生獸終結一擊！
就在這決定性的瞬間——
相位屏障上方的天空，如同被一隻無形的利爪撕開！那熟悉的、邊緣流淌暗金紋路的“未知之手”黑洞驟然顯現，一道細微卻精準的黑暗光束後發先至，擊打在梅嘎福拉什身前的空地上！
並非攻擊異生獸，而是干擾了空間座標
奈克瑟斯的光之箭矢離弦飛出，卻因那細微的空間擾動，與梅嘎福拉什擦肩而過，射入後方無人的山體，引發劇烈爆炸。梅嘎福拉什趁機鑽入地下，相位屏障隨之崩潰。
而奈克瑟斯，胸前的V形核心急促閃爍。連續戰鬥、領域被幹擾、必殺落空的反噬，加上之前累積的舊傷，終於讓他到達極限。藍色光芒在他不甘的注視中迅速消散，化為無數光粒。光粒落處，千樹憐癱倒在廢墟角落，劇烈的咳嗽讓他蜷縮起身子，嘴角溢位一絲血跡。
一直隱藏在附近、心焦如焚的瑞生正要衝過去，數道強光手電筒的光柱和冰冷的呵斥聲已從四面八方將她與憐包圍。
“TLT！不許動！”
“目標‘普羅米修斯之子’千樹憐，確認收容！”
憐甚至沒來得及看清瑞生最後一眼，就被全副武裝計程車兵粗暴架起，押上了黑色的密封運輸車。瑞生被隔離在外，只能眼睜睜看著車隊呼嘯離去，她立刻掏出通訊器，手指顫抖地按下那個緊急頻率。
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自由之堡，TLT-J日本支部核心基地。最深層的隔離實驗室，冰冷刺骨。
憐被固定在冰冷的金屬臺上，周圍是閃爍的儀器和穿著密封防護服的研究人員。透明的觀察窗外，松永要一郎管理官面無表情地注視著一切。
“開始全面掃描，解析其生命體徵與能量殘留。重點捕捉‘光之巨人’轉化時的生物訊號與能量圖譜。”他的聲音透過揚聲器傳來，冷靜得殘酷，“就像我們曾經對待‘個案A’（姬矢準）那樣，這是理解‘光’，進而控制‘光’的必要步驟。”
憐的意識模糊，只感到冰冷的探針貼在面板上，能量抽離的虛弱感陣陣襲來。他彷彿聽到了儀器滴答聲中，混雜著另一個男人（姬矢準）曾經在這裡發出的、壓抑的痛苦悶哼。
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夜襲隊作戰室，氣氛降至冰點。
孤門在接到瑞生的緊急通訊後，經歷了幾番痛苦的內心掙扎。他看向面色蒼白的西條凪，看向眉頭緊鎖的和倉隊長，又看向滿臉擔憂的平木詩織。
“隊長，副隊長……有件事，我必須告訴你們。”孤門的聲音乾澀，他將憐的身份、適能者的真相、以及剛剛被TLT強行帶走的情況和盤托出。
死一般的寂靜。
“他們……又要做和對待姬矢準一樣的事嗎？”平木詩織的聲音帶著憤怒的顫抖。
和倉英輔隊眼中燃燒著被背叛的怒火。西條凪緩緩抬起頭，她的眼神不再有絲毫迷茫，只有一片冰冷的決絕。姬矢準的結局，溝呂木的蠱惑，TLT高層的冷酷……一切線索在此刻串聯，讓她看清了這個她曾深信不疑的“保護”體系，其核心是何等的扭曲與黑暗。
“我們，”西條凪的聲音清晰而堅定，打破了沉默，“拒絕執行這種命令。”
“沒錯！”平木詩織立刻響應。
“隊長！”孤門看向和倉。
和倉英輔深吸一口氣，目光掃過每一位隊員：“夜襲隊的職責是保護民眾，對抗異生獸，而不是成為某些人獲取力量的工具，更不是對自己戰友的迫害者！準備撤離，我們去把憐救出來！”
就在他們制定粗略計劃時，主螢幕忽然自動亮起，預知者吉良澤優蒼白的面容出現，背景是他那間佈滿螢幕的房間。
“通往第三機庫的通道將在90秒後清除安保鎖定。C-7通風管路的監控會有120秒空白。運輸用小型飛行器‘海鷗’的啟動密碼已傳送至你們的終端。”優的聲音平靜無波，彷彿在陳述天氣預報，但行動本身已說明了一切，“路線已規劃完畢。祝你們順利。”
沒有詢問，沒有解釋。這份來自“內部”的無聲支援，成為了壓倒駱駝的最後一根稻草，也堅定了所有人的決心。
行動迅疾如風。憑藉對基地的熟悉和優的暗中協助，夜襲隊突破了數道警戒線，衝進了那間充滿儀器嗡鳴的隔離實驗室。當他們擊倒守衛，看到金屬臺上那個氣息微弱、臉色灰敗的少年時，所有人的心都揪緊了。
“憐！”孤門衝上去解開束縛。
旁邊的生命監測儀發出刺耳的警報，螢幕上，代表憐生命體徵的曲線正在急劇下跌，各項指標都指向同一個殘酷的事實——生命能量瀕臨枯竭。
“和那個時候……姬矢準的情況一樣……”平木詩織捂住了嘴。
希望彷彿在手中流逝。西條凪緊緊抿著嘴唇，扶住虛弱的憐。
就在這絕望的時刻，實驗室的通訊器裡，傳來了吉良澤優的聲音，這一次，帶著一絲不易察覺的急促：“聽著，孤門，所有人。‘普羅米修斯’計劃內部，一直有針對適能者生命極限的逆向研究。特效藥劑‘拉斐爾’的原型已經完成，並在海外秘密測試中展現出穩定生命、修復基因損傷的效果。一支成品正由可靠的醫療小組攜帶，搭乘最快航班緊急送往日本。座標和接應方式我會發給你們。堅持住，這是……唯一的希望。”
“拉斐爾……”孤門喃喃重複，彷彿抓住了最後一根稻草。
“我們走！”和倉隊長當機立斷，“先去預定匯合點！一定要趕上！”
西條凪和孤門一左一右攙扶起幾乎無法行走的憐，夜襲隊成員護衛著他們，沿著預知者規劃的撤離路線，衝向暫時敞開的機庫大門。身後，是尖銳的基地警報和追兵的腳步聲。