礦坑戰場已成焦土。
紅銀黑的巨人——艾克斯奧特曼，胸前的X形彩色計時器尚閃爍著平穩的藍光，但面對眼前兩個散發著暴戾氣息的龐然巨物，那光芒彷彿也凝重了幾分。左側，是被未知黑暗程式侵蝕、眼中躍動著混亂紅光的虛擬哥莫拉，它發出非理性的咆哮，沉重的資料化身軀每一次踏地都引得碎石崩濺；右側，則是真正的毀滅化身——暗劍迪瑪迦，它背後新生的雙角凝聚著不祥的暗紅能量，雙臂那與其等長的巨大熔鐵劍刃，正渴望著斬裂光芒。
腹背受敵，且其中一個本是應並肩的戰友。艾克斯（大地）深吸一口氣，並非恐懼，而是將紛雜的憂慮壓下，讓意識與艾克斯完全同步。
（艾克斯，先解決哥莫拉，它是被控制的！）
（明白，大地！切換戰術！）
艾克斯率先行動，目標是虛擬哥莫拉。他沒有冒進，而是以精湛的“艾克斯拳”與“艾克斯飛踢”進行中距離遊鬥，試探著對方被控制後的反應模式。虛擬哥莫拉雖力量狂暴，但動作因程式衝突而略顯遲滯，它揮舞著巨大的爪型武器猛擊，卻被艾克斯以“艾克斯交叉手刀”精準格開，濺起刺目的資料火花。
“就是現在，艾克斯切割！”大地抓住破綻。
數枚銳利的箭形光彈從艾克斯右臂連續發射，精準命中虛擬哥莫拉肩部關節與能量傳輸節點。虛擬哥莫拉一個踉蹌，但眼中的紅光更盛，肩部巨角開始充能——是電子超震動波的前兆！
“不能讓它釋放！切換裝甲！”大地果斷下令。
“虛擬艾雷王，載入！”
黃色資料流光奔湧，迅捷的艾雷王裝甲瞬間披掛！艾克斯右臂的槍型裝甲亮起刺目電光。
“艾雷王電擊波——發射！”
高壓電流如同雷龍出洞，後發先至，狠狠劈在虛擬哥莫拉正在蓄能的巨角上！強電流不僅打斷了它的振動波，更順著其資料化的軀體流竄，引發內部系統紊亂。虛擬哥莫拉發出痛苦的電子嘶鳴，動作僵直。
“切換！虛擬哥莫拉裝甲，給它最後一擊！”大地意志如鐵。必須讓失控的戰友“安息”。
土黃色光芒籠罩，厚重的哥莫拉裝甲賦予艾克斯無匹的力量。他大步上前，用裝甲雙臂的巨爪死死扣住虛擬哥莫拉，將其固定。
“對不起了，哥莫拉……哥莫拉振動波，全功率！”
艾克斯肩部巨大的哥莫拉雙角抵住虛擬哥莫拉的核心，最強振動波零距離爆發！高頻振動的能量並非為了毀滅，而是如同最精準的格式化程式，強行沖刷、分解其體內狂暴的黑暗資料流。
虛擬哥莫拉眼中的紅光急速閃爍，最終熄滅，恢復了原本的藍色微光。它龐大的身軀停止了掙扎，在艾克斯懷中緩緩化作無數湛藍的資料光粒，如同星塵般升騰、消散，回歸了虛無。
然而，擊敗虛擬哥莫拉消耗了寶貴的時間和能量。真正的噩夢，此刻才完全甦醒。
“吼——！！！”
暗劍迪瑪迦發出震天怒吼，似乎對“前菜”的消失感到不滿。它雙臂的熔鐵巨劍猛地插入地面，磅礴的暗黑雷暴能量灌入大地，整個礦坑區域劇烈震顫，無數熔岩火柱從艾克斯腳下衝天而起！
艾克斯緊急切換回基礎形態，以“攻擊者X”的姿態騰空躍起，化作燃燒的X形火焰流星撞向暗劍迪瑪迦，卻被其以巨劍輕鬆格擋，反手一劍斬飛！艾克斯重重砸落，胸前計時器首次開始閃爍起警示的紅光。
暗劍迪瑪迦乘勝追擊，背部雙角與口中同時匯聚起遠超以往的暗紅光芒，那是足以熔穿山脈的強化熔鐵射線。艾克斯剛掙扎起身，死亡的吐息已撲面而來！
千鈞一髮之際——
“艾克斯！堅持住！”
引擎的咆哮撕裂蒼穹！天空瑪斯凱迪如同銀色神鷹，拖著尾焰以近乎自殺式的俯衝切入兩者之間！梵頓光子炮與所有剩餘導彈如同暴雨般傾瀉在暗劍迪瑪迦的頭部和背部！
“砰！砰！轟——！”
劇烈的爆炸暫時遮蔽了怪獸的視線，熔鐵射線被打偏，擦著艾克斯身側掠過，將後方山體熔出一個巨大的空洞。
“渡！隼人！”大地在意識中驚呼。
“可別小看XIO的空中王牌啊！”通訊器裡傳來風間渡標誌性的大笑，儘管帶著喘息。
艾克斯抓住這用戰友勇氣換來的瞬間，再次站起，與天空瑪斯凱迪形成短暫的空中地面協同。艾克斯以“艾克斯雙重切割”連續射擊干擾，戰機則靈巧盤旋，尋找破綻。
但暗劍迪瑪迦的兇悍遠超預估。被接連激怒的它，背部雙角猛然迸發出環狀的“熔岩爆破”，暗紅的高熱能量環瞬間擴散，天空瑪斯凱迪根本無從躲避，機翼被嚴重損毀，冒著濃煙旋轉著向遠處山谷墜去！
“渡！隼人！”艾克斯想救援，卻自身難保。
暗劍迪瑪迦將全部怒火傾瀉向艾克斯。它沒有使用射線，而是將熔鐵能量極致壓縮，附著於右臂巨劍之上，整個劍身化為灼目的暗金之色，以開天闢地之勢，使出了絕殺——熔岩突襲！
劍未至，恐怖的高溫與風壓已將艾克斯周身的空間鎖定、扭曲。避無可避！
“傑頓裝甲！傑頓封閉屏！”大地嘶吼著做出最後指令。
金色資料流閃過，傑頓裝甲瞬間著裝，全方位能量屏障在艾克斯身前層層展開。
“鏗——哧啦——！！！”
暗金巨劍斬在屏障上，僅僅僵持了一秒，號稱絕對防禦的“傑頓封閉屏”便如同玻璃般佈滿裂紋，轟然破碎！剩餘的力量狠狠劈在艾克斯的胸甲上！
“呃啊——！”大地和艾克斯同時感到撕心裂肺的劇痛。
艾克斯像斷線的風箏般倒飛出去，胸前計時器的紅燈閃爍得如同風中殘燭，裝甲破碎，光粒子瘋狂逸散。這一擊，幾乎耗盡了所有能量，也重創了艾克斯的核心。
然而，黑暗的獠牙並未就此滿足。彷彿早已計算好這一刻，戰場上空的暗黑雷暴能量雲突然劇烈翻湧，一道純粹由“虛無”與“侵蝕”構成的紫黑色能量光束，如同毒蛇般精準射下，將倒地不起的艾克斯完全籠罩！
“呃！這、這是……！”艾克斯的聲音第一次在大地意識中出現了痛苦的波動，“大地！這能量……它在分解我的存在結構！侵蝕我的光！這不是普通的攻擊……！”
“甚麼？！”大地感覺自己的身體（意識）也彷彿被置於強酸之中，傳來陣陣虛幻卻真實的消融感。
（不行……這樣下去，我們兩個……都會從存在層面被抹去！）艾克斯的聲音變得斷斷續續，卻帶著不容置疑的決斷，（還有一個辦法……強制解除融合！將你的身體彈出！這樣，至少你能……）
“不行！！”大地在意識中狂吼，淚水不受控制地從眼眶湧出，，“那樣你會消失的！我絕不同意！我們一起戰鬥到現在，怎麼可能……”
（大地！）艾克斯的聲音突然變得無比溫柔，卻又無比急切，彷彿用盡了最後的力量將話語直接烙印在大地靈魂深處，（聽著……這不是告別。只要光之紐帶還在，只要你還記得我們共同的誓言，我就不會真正消失。但是，現在……你必須活下去！替我去找到這黑暗的源頭，替我去保護大家！這是……最後的命令！也是我……作為你搭檔的請求！）
“艾克斯！不要！！”大地的吶喊撕心裂肺。
沒有時間了。紫黑色的侵蝕光束愈發猛烈。艾克斯用盡最後的意志，強行逆轉了融合程式。包裹大地的光芒劇烈閃爍，然後猛地向內一縮，再向外迸發！
一道微弱的人類身影被艾克斯那x型計時器中堅定地“扔”了出來，落在遠處相對安全的碎石堆後。大空大地雙眼緊閉，已然昏迷，臉上還帶著未乾的淚痕與無盡的痛苦。
而場中，失去了人間體的支撐，又被暗黑能量持續侵蝕的艾克斯奧特曼，再也無法維持形態。他那紅銀黑相間的身軀變得透明，從邊緣開始，化為無數藍色的資料流，如同逆向的星河，升騰、飄散，最終徹底消失在礦坑冰冷的空氣與尚未散盡的暗黑能量之中。
暗劍迪瑪迦仰天發出勝利的咆哮，震動四野。
片刻後，勉強從迫降中脫身、帶著傷痕的風間渡和貴島隼人找到了昏迷的大地，以及更遠處同樣重傷不醒的明日奈。
“大地！明日奈！堅持住！”渡焦急地試了試他們的脈搏，立刻開啟通訊，“指揮中心！這裡是第二小隊！D-7區任務……失敗。暗劍迪瑪迦仍在活躍。大地隊員和明日奈隊員重傷昏迷，艾克斯奧特曼……疑似戰敗消失！請求緊急醫療支援！重複，請求緊急醫療支援！”
他的聲音透過電波，傳回死一般寂靜的XIO指揮中心。
主螢幕上，代表艾克斯生命與能量的訊號，已然歸零。
格爾曼博士癱坐在椅子上，看著自己那被篡改、導致虛擬哥莫拉失控的系統日誌，又看了看艾克斯消失的畫面，巨大的挫敗感和憤怒幾乎將他淹沒。“怎麼會……這樣……我的系統，艾克斯……”
而站在陰影處的當麻博士（斯蘭星人），推了推金絲眼鏡，掩飾不了其眼中陰謀得逞的快意和狡詐。