D-7區域，廢棄礦坑。
暗劍迪瑪迦被XIO阿託斯的持續騷擾徹底激怒。它停下追逐，背部那對彎曲的惡魔之角驟然亮起刺目的暗紅光芒，龐大的能量向它猙獰的口器中瘋狂匯聚，周圍的空氣都因高溫而扭曲！
“不好！是強化熔岩射線！迴避！”大空大地瞳孔驟縮，猛打方向盤。
然而，暗劍迪瑪迦蓄力完成的速度超乎想象！
“吼——！！！”
一道直徑遠超尋常、內部翻湧著毀滅效能量的暗紅熔岩光流，如同火山爆發般噴湧而出，並非精準射擊，而是朝著XIO阿託斯前方的大片區域進行無差別橫掃！
“轟隆隆隆——！！！”
地面被光流犁開一道焦黑的深溝，爆炸的衝擊波如同無形的巨錘，狠狠砸在戰車上！即便大地做出了極限規避，XIO阿託斯仍被狂暴的氣浪整個掀飛，在空中翻滾數圈，重重砸在幾十米外的碎石堆上，車體嚴重變形，警報聲淒厲作響。
“呃啊！”駕駛艙內，大地和山瀨明日奈被安全帶勒得幾乎窒息，巨大的震盪讓他們頭暈目眩。
“明日奈！你怎麼樣？”大地強忍著不適，急切地看向副駕。
明日奈甩了甩頭，嘴角滲出一絲血跡，但眼神依舊銳利：“還……還行！車不能用了，按B計劃！”
她忍著疼痛，迅速從腰間取出一個嶄新的、流線型的XIO終端，上面已經插好了一張閃爍著土黃色光芒的虛擬卡片。終端螢幕亮起，顯示著【虛擬哥莫拉戰鬥系統 - 待啟用】。
“虛擬哥莫拉——載入！”明日奈將終端高高舉起，聲音帶著決絕與期待。
嗡——！！！
龐大的資料流光自終端中奔湧而出，在前方空地上空迅速構築、凝實！光芒散去，一頭通體覆蓋著藍色強化裝甲、造型威猛、肩扛巨大鑽頭彎角的機械巨獸——虛擬哥莫拉——轟然降臨！它發出低沉的、混合著機械嗡鳴與生物咆哮的吼聲，沉重的身軀落地的瞬間，大地都為之一震。
XIO基地指揮中心內，看到這一幕的眾人爆發出短暫的歡呼！
“成功了！實體化穩定！能量讀數完美！”三日月守激動地喊道。
“太棒了博士！”高田琉依眼睛發亮。
格爾曼博士更是雙手叉腰，觸角得意地晃動：“看到了嗎？這就是本天才的傑作！XIO自己的巨獸戰力！以後我們也能和艾克斯並肩……嗯？”
他的笑容突然僵住。
礦坑戰場，明日奈正集中精神，試圖透過神經連線介面操控虛擬哥莫拉攻擊暗劍迪瑪迦。然而，就在她的指令即將發出的剎那——
虛擬哥莫拉那雙原本應閃爍著穩定藍光的機械複眼，驟然亮起一片不祥的、混亂的暗紅色光芒！
“吼——！！！”
它發出一聲與之前截然不同的、充滿了狂躁與毀滅慾望的咆哮，猛地轉過頭，竟然不是朝向暗劍迪瑪迦，而是對準了剛剛爬出損毀戰車的大地和明日奈！
肩部巨大的哥莫拉雙角瞬間充能，高頻振動波不分敵我地朝著兩人所在的位置悍然爆發！
“甚麼？！明日奈小心！”大地臉色劇變，一把撲倒身邊的明日奈，用後背擋住衝擊。
“嗚！”明日奈被撲倒在地，本已受傷的身體再次遭受震盪，眼前一黑，徹底失去了意識。
“明日奈！！”大地焦急地呼喊，抬頭看向那失控的藍色巨獸，眼中充滿了難以置信。
基地指揮中心，死一般的寂靜。歡呼聲如同被掐住脖子的鴨子般戛然而止。所有人都目瞪口呆地看著螢幕上虛擬哥莫拉攻擊自己人的畫面。
“不……不可能！”格爾曼博士第一個反應過來，細長的眼睛瞪得滾圓，幾乎是撲到了控制檯上，手指在鍵盤上敲出了殘影，“系統反饋正常！神經連線訊號穩定！為甚麼它會……三日月！琉依！立刻檢查所有底層指令集和敵我識別協議！快！”
“是、是！”三日月守和高田琉依也慌了神，連忙開始操作。
站在一旁的當麻博士（斯蘭星人）也湊到螢幕前，臉上露出“凝重”和“困惑”的表情，鏡片後的眼底卻閃過一絲得逞的、冰冷的紅光。（好戲……這才剛剛開始。）
礦坑中，暗劍迪瑪迦似乎也對這突如其來的內訌產生了興趣，暫時停下了攻擊，發出低沉的、彷彿嘲弄般的吼聲。而虛擬哥莫拉在無差別地發洩了一通振動波後，又將那暗紅的複眼鎖定了不遠處嘶吼的暗劍迪瑪迦，似乎將其也納入了“毀滅”目標，但它混亂的行動邏輯完全無法預測。
“大地隊員！快使用奧特光線槍EX！嘗試干擾或癱瘓虛擬哥莫拉的控制系統！”神木隊長急促的聲音從通訊器中傳來。
大地立刻抓起掉落在一旁的奧特光線槍EX二代，對準失控的虛擬哥莫拉，用力扣下扳機——
“滴！滴！滴！警告：使用者許可權未識別。武器系統鎖定。請向高階顧問或系統管理員申請臨時解鎖許可權。”
冰冷的電子提示音如同重錘敲在心頭。大地愣住了，神木隊長也愣住了。
“許可權鎖定？怎麼回事？！”神木隊長厲聲問向技術團隊。
格爾曼博士此刻已是滿頭大汗：“我、我不知道！武器系統的最終除錯和許可權管理……有一部分是由當麻博士協助完成的，為了整合新的安全協議……”
當麻博士立刻介面，語氣充滿了“自責”與“焦急”：“可能是新安全協議與舊有指揮鏈識別碼產生了衝突！我需要時間排查！大地隊員，請先確保自身安全！”
時間？哪裡還有時間！暗劍迪瑪迦已經重新將目光投向了大地和昏迷的明日奈，開始邁步逼近。失控的虛擬哥莫拉也蠢蠢欲動。
絕境。
大地看了一眼懷中昏迷的隊友，又看了一眼那兩尊步步緊逼的龐然巨物。他深吸一口氣，眼神中的慌亂迅速被一種破釜沉舟的決意取代。
他輕輕放下明日奈，站起身，從懷中取出了那從不離身的艾克斯終端，以及一直珍藏在貼身口袋裡的、艾克斯的火花人偶。
（看來，只能上了，艾克斯。）
（啊，大地。無論對手是誰，無論情況多麼糟糕，我們都要保護大家。這就是我們的使命。）
終端螢幕亮起璀璨的光芒，與火花人偶產生強烈共鳴。大地將人偶鄭重地插入終端插槽。
“正在與艾克斯奧特曼——融合！！”
激昂的電子音響起，無盡的光芒自終端奔湧而出，將大空大地完全包裹！
“艾克斯——！！！”
響徹戰場的吶喊聲中，紅、銀、黑三色交織的巍峨光之巨人——艾克斯奧特曼，在無盡的資料流光中再度屹立於大地之上！他胸前的X形彩色計時器湛藍生輝，第一時間擋在了昏迷的明日奈和兩尊巨獸之間。
艾克斯微微低頭，看了一眼地上失去意識的戰友，又抬頭望向眼前陷入混亂的虛擬哥莫拉和散發著滔天兇威的暗劍迪瑪迦。他緩緩擺出戰鬥起手式，銀亮的眼燈中燃燒著凜然戰意。
一對二的戰鬥，在背叛的造物與兇暴的強敵之間，轟然展開！