就在“飛魚號”船員們奮力修復船隻、試圖確定方位時，一群熟悉當地水文的土著海盜駕著靈活的快艇，利用暗礁和濃霧作掩護，突然發動了襲擊。這些海盜悍不畏死，擅長跳幫近戰，雖然“飛魚號”官兵憑藉精良的火銃和嚴格的紀律最終擊退了進攻，但船體多處受損，帆纜嚴重毀壞，不得不冒險搶灘在一處看似無人的小海灣進行緊急修理。
禍不單行。主力艦隊方面，一艘滿載糧食和淡水的大型補給船“海豐號”在風浪中船體受損，大量海水湧入底艙，雖經水兵們拼死堵漏和抽水未能沉沒，但超過一半的糧食被海水浸泡黴變，寶貴的淡水也損失嚴重，艦隊後勤立刻面臨嚴峻挑戰。陳大疤無奈，只得下令艦隊改變航向，前往最近一個與黑石城有貿易往來、關係相對友好的港口——位於占城王國沿海的一個主要貿易點進行緊急休整和補給。
然而，真正的危機並非來自自然或偶然。就在艦隊停靠占城港口，官兵們忙於修理船隻、補充物資之時，隨軍的暗影小隊負責人秘密求見陳大疤，呈上了一份透過特殊渠道截獲的、令人極度不安的情報摘要。情報顯示：馬尼拉的西班牙當局正在加緊活動，其使者頻繁出入東南亞幾個主要的土著王國宮廷以及一些勢力較大的海盜集團巢穴，試圖以提供武器、貿易特權為誘餌，暗中串聯，組建一個針對黑石城勢力的區域性包圍網路，企圖孤立並扼殺這支新來的海上力量。更令人警惕的是，有跡象表明，活躍在東海、與黑石城素有舊怨的倭寇集團代表，也似乎與西班牙人有所接觸，雙方可能達成了某種針對共同敵人的默契或協議。
陳大疤聞報，心中警鈴大作。他立刻意識到，眼下的困境已不僅僅是補給問題，而是陷入了潛在的戰略包圍圈。他立即採取多項措施：加強港口駐泊艦隊的警戒等級，增派巡邏艇和水下障礙；以黑石城艦隊最高指揮官的名義，主動、高調地拜訪當地占城王國的實權人物，贈送厚禮，展示艦隊強大武備，重申黑石城和平通商、保護友邦的立場，竭力爭取當地勢力的支援與中立；同時，派出多路精幹小艇，偽裝成商船或漁船，擴大偵察範圍，嚴密監控周邊海域可疑船隻的活動。
當這一系列緊急軍情透過最快渠道疊加傳回黑石城時，凌風正站在那幅已經標註得密密麻麻的巨大東亞-東南亞海圖前。代表著西班牙、潛在土著盟國、海盜勢力以及倭寇的紅色標記，正從不同方向隱隱構成一個針對黑石城南海艦隊的弧形包圍圈。
“西班牙人這是要下決心清除我們這支‘攪局者’了。”凌風的聲音異常平靜，但眼中閃爍的光芒卻如寒冰般冷冽。他深知，真正的考驗已迫在眉睫。黑石城艦隊即將面臨的，可能不再是小規模的摩擦或對峙，而是一場需要同時應對西班牙正規海軍、受蠱惑的土著勢力騷擾、神出鬼沒的海盜襲擊、以及惡劣自然環境的、多線進行的複雜海上戰役。
沉思良久，凌風轉過身，下達了一連串清晰而果斷的命令：立即從本土待命的預備艦隊中，抽調兩支以快速巡航艦為核心的分艦隊，攜帶充足彈藥和補給，火速南下增援陳大疤；黑石城本港所有船臺加快建造速度，優先保障第二批主力戰艦的完工下水；透過官方和商業雙重渠道，向東南亞各地大量輸送價廉物美的日用商品（如鐵器、布匹、瓷器）和急需的藥品，以經濟手段爭取沿海民眾和弱小邦國的民心，瓦解西班牙的孤立策略；授予暗影組織最高許可權，不惜代價滲透馬尼拉西班牙高層及土著王國宮廷，蒐集其勾結的確鑿證據，並伺機進行反間、分化。
“是時候讓南海的波濤，真正見識一下來自東方的力量了。”凌風低聲自語，目光堅定地投向地圖上那片廣袤而動盪的深藍色海域。一個更加宏大且冒險的計劃，在他心中逐漸成型——他決定在合適的時機，親自南下，但不是去微操指揮，而是要坐鎮前沿，整合所有力量，尋找戰機，以期一舉打破困局，奠定黑石城在南海不容挑戰的戰略地位。
當陳大疤在遙遠的占城港口收到凌風這一系列充滿決心和支援的指令時，精神為之一振。他大步走上經過緊急維修後煥然一新的“震海號”艦橋，望著港口內正在緊張進行最後補給作業的艦隊，對著聚集過來的各級軍官和士官骨幹，用他那特有的沙啞嗓音吼道：“兄弟們！城主和黑石城的父老鄉親在看著咱們！真正的硬仗、大仗就在眼前！吃飽喝足，把傢伙都給老子檢查利索了！讓那些紅毛鬼、海匪都睜大眼睛看清楚，這南海，究竟誰說了算！”
他的吼聲在碼頭上空迴盪，感染了每一位水兵。官兵們以更加高昂計程車氣和效率投入戰前準備。南海的風雲，因這支不屈不撓的東方鐵艦艦隊的到來，即將迎來一場前所未有的鉅變。
另一邊，黑石城的溫泉谷，在春末夏初的午後，陽光透過茂密的竹林縫隙，灑下斑駁的光影。谷內異常靜謐，只有那眼終年不凍的山泉依舊“咕嘟咕嘟”地冒著細密如珍珠般的氣泡，氤氳的水汽帶著一種難以言喻的、混合著草木清香與礦物氣息的異香，瀰漫在溫潤的空氣裡。然而，此刻的凌風卻無心享受這份寧靜，他正站在谷內新近開闢出的一小塊用白石圍起的試驗田邊，眉頭緊鎖，目光凝重地審視著田裡幾株明顯發育不良的稻禾。
這些稻禾的葉片呈現出一種不健康的黃綠色，葉尖甚至有些焦枯捲曲，本該沉甸甸低垂的稻穗，此刻卻顯得乾癟細小，穀殼泛白，遠不如旁邊對照田裡那些只用普通泉水澆灌、長勢雖慢卻紮實的同類。這是格物局農科組嘗試用經過特殊濃縮提純的靈泉水進行第三輪催生的“玉晶稻”樣本，期望能獲得更高產、更優質的稻種。起初長勢迅猛，令人驚喜，但進入抽穗灌漿期後，情況急轉直下。