秋意漸濃的帝丹高中，最近被一股熱鬧的氛圍籠罩——一年一度的帝丹高中文化祭即將拉開帷幕。而在這熱鬧背後，柯南正對著灰原遞來的白色藥片，眉頭緊鎖。
“這是第三版解藥，藥效大概能維持24小時，但副作用可能比之前更明顯，變身結束後會有強烈的疲勞感。”灰原靠在阿笠博士家的沙發上，手裡翻著實驗記錄，語氣平淡卻藏著一絲擔憂，“你確定要冒險？萬一在小蘭面前變回來，所有努力就都白費了。”
柯南握緊藥片，眼神堅定：“必須去。最近小蘭看我的眼神越來越不對勁，上次她還拿著新一的照片問我‘柯南，你有沒有覺得你和新一很像’，再這樣下去，她肯定會發現的。帝丹祭是個好機會，我以新一的身份出現，就能打消她的懷疑了。”
就在這時，門鈴響了。阿笠博士開啟門，只見服部平次揹著書包，一臉興奮地走進來：“柯南！灰原！我聽說你們要搞大事啊！”他湊到柯南身邊，拍了拍他的肩膀，“放心，我已經跟和葉說好了，這次來東京是為了參加帝丹高中文化祭，順便幫你打掩護。我都計劃好了，到時候我假扮成新一，你就趁機……”
“不用了，平次。”柯南打斷他，晃了晃手裡的藥片，“灰原已經研製出解藥了，這次我能親自變回去。不過，或許你可以幫我另一個忙。”
平次眼睛一亮：“甚麼忙？儘管說！只要能幫你搞定小蘭，我義不容辭！”
柯南把帝丹高中文化祭的話劇表演計劃告訴了平次——小蘭要在話劇中扮演公主，原本由園子扮演的騎士因為前幾天不小心扭傷了腳，臨時換成了新出醫生。“我需要你假扮新出醫生，扮演騎士，這樣我就能以新一的身份，扮演黑衣騎士，在話劇裡和小蘭互動。”
平次一拍大腿：“沒問題！包在我身上！不過，你可別在話劇裡走神，要是露餡了，我可救不了你！”
接下來的幾天，柯南一邊偷偷服用解藥適應身體變化，一邊和平次排練話劇。灰原則負責監督柯南的身體狀況，時不時提醒他注意解藥的副作用。夜一則利用課餘時間，幫柯南收集帝丹高中文化祭的相關資訊，包括參與人員、活動流程，甚至還悄悄去了一趟帝丹高中，檢視了話劇表演的舞臺和觀眾席佈局，為可能發生的意外做準備。
終於，帝丹高中文化祭當天到來了。清晨的帝丹高中門口，掛滿了彩色的氣球和橫幅，學生們穿著各式各樣的服裝，有的在佈置攤位，有的在排練節目，熱鬧非凡。小蘭穿著公主裙，在後臺緊張地整理著裙襬，園子坐在旁邊的椅子上，一邊揉著受傷的腳踝，一邊抱怨：“真是倒黴！偏偏在這個時候扭傷腳，不然我就能和小蘭一起上臺了！”
“園子，沒關係，”小蘭笑著說，“新出醫生扮演騎士也很好啊，他昨天還陪我排練了很久呢。”
就在這時，“新出醫生”穿著騎士服，戴著頭盔，走進了後臺。他走到小蘭身邊，甕聲甕氣地說：“小蘭，準備好了嗎？馬上就要開始了。”
小蘭點點頭：“準備好了，新出醫生，謝謝你願意幫忙。”
“新出醫生”也就是平次，強忍著笑，僵硬地說了句“不用謝”，心裡卻在想：還好頭盔擋住了我的臉，不然肯定露餡了！
而在學校的另一處，柯南躲在衛生間裡，吞下了解藥。一陣劇烈的疼痛過後，他的身體開始發生變化——身高逐漸長高，聲音變得低沉，原本稚嫩的臉龐慢慢變成了工藤新一的模樣。他整理了一下身上的黑衣騎士服，深吸一口氣，推開衛生間的門，朝著舞臺的方向走去。
話劇表演正式開始了。舞臺上，小蘭扮演的公主被困在城堡裡，焦急地等待著騎士的救援。就在這時，平次扮演的騎士拿著劍，衝上臺去，和“怪獸”展開了激烈的搏鬥。然而，平次因為不太熟悉臺詞，好幾次都差點說錯，幸好小蘭及時提醒，才勉強撐了過去。
臺下的觀眾席上，毛利小五郎拿著望遠鏡，一邊看一邊點頭：“不錯不錯！小蘭的演技越來越好了！不過那個騎士是誰啊？怎麼感覺有點笨手笨腳的？”
妃英理坐在旁邊，無奈地搖搖頭：“你啊，就知道看小蘭，沒看到那個騎士的動作很僵硬嗎？肯定是臨時替演的。”
夜一則坐在觀眾席的後排，眼神警惕地觀察著周圍的情況。他注意到，在觀眾席的中間位置，坐著一個穿著白大褂的醫生，看起來有些坐立不安，時不時看一眼手錶，還從口袋裡掏出一個小瓶子，往杯子裡倒了些甚麼。夜一皺了皺眉頭，悄悄把這個情況記了下來。
就在話劇表演到高潮，平次扮演的騎士即將救出公主時，舞臺旁邊突然傳來一陣騷動。只見剛才那個穿白大褂的醫生，也就是蒲田耕平，突然捂住胸口，身體搖搖晃晃地倒在地上，杯子裡的飲料灑了一地。
“有人暈倒了！”觀眾席上有人大喊。
毛利小五郎立刻衝了過去，蹲在蒲田耕平身邊，探了探他的鼻息，又摸了摸他的脈搏，臉色瞬間變得嚴肅起來：“不好！他已經沒有呼吸了！快報警！”
現場頓時陷入一片混亂。小蘭和“新出醫生”（平次）也從舞臺上跑了下來，小蘭看著倒在地上的蒲田耕平，臉色蒼白：“怎麼會這樣？他剛才還好好的……”
沒過多久，目暮警官和高木涉就帶著警察趕到了現場。法醫對蒲田耕平的屍體進行了初步檢查，發現他的嘴唇和指甲呈現出櫻桃紅色，這是氰化鉀中毒的典型症狀。
“氰化鉀中毒？”目暮警官皺起眉頭，“看來這不是一起簡單的意外，而是謀殺案！高木，立刻調查現場的所有人，尤其是和死者有關係的人！”
高木涉點點頭，開始對現場的觀眾和工作人員進行詢問。很快，他就找到了四個和蒲田耕平有過接觸的人——鴻上舞衣、三谷陽太、野田夢美和蜷川彩子，他們都是帝丹高中的校友，也是蒲田耕平的同事或朋友。
毛利小五郎雙手抱胸，開始了他的“推理”：“我知道了！兇手肯定是蜷川彩子！”他指著蜷川彩子，語氣肯定地說，“根據調查，你和蒲田耕平曾經有過婚約，後來你單方面毀約，蒲田耕平因為失戀，一直對你懷恨在心。你肯定是擔心他會破壞你的生活，所以就趁這次文化祭，把他殺了！”
蜷川彩子臉色蒼白，連忙搖頭：“不是我！我沒有殺他！雖然我們解除了婚約，但我們已經很久沒聯絡了，我怎麼會殺他呢？”
“那你怎麼解釋，你今天特地找蒲田耕平見面，還把你們倆的黑咖啡換成了可樂？”毛利小五郎追問道。
蜷川彩子愣了一下，隨即解釋道：“我只是覺得咖啡太苦了，蒲田他也不喜歡喝咖啡，所以就換成了可樂，這有甚麼問題嗎？”
就在這時，一個穿著黑衣騎士服的身影從人群中走了出來——正是變身後的工藤新一。他摘下頭盔，露出了那張讓小蘭朝思暮想的臉。
“小蘭！”新一的聲音帶著一絲溫柔，“你沒事吧？”
小蘭看到新一，眼睛瞬間亮了起來，激動地說：“新一！你怎麼會在這裡？你不是在外面辦案嗎？”
新一笑了笑：“我剛好辦完案子，聽說帝丹高中有文化祭，還有你的話劇表演，就趕過來了。”他轉頭看向毛利小五郎，語氣嚴肅地說，“毛利叔叔，你的推理有問題。蒲田耕平不是自殺，也不是蜷川彩子殺的，這是一起精心策劃的謀殺案。”
毛利小五郎不服氣地說：“你憑甚麼這麼說？難道你有證據？”
“證據當然有。”新一從口袋裡拿出一個透明的塑膠袋，裡面裝著一些物品——有未開封的奶精和糖漿，還有一個開啟的飲料杯蓋。“這些都是夜一剛才在現場收集到的證據。”他指了指夜一，“夜一，你把你看到的情況跟大家說一下。”
夜一站出來，冷靜地說：“剛才話劇表演時，我注意到蒲田耕平先生從口袋裡拿出一個小瓶子，往杯子裡倒了些甚麼。後來他中毒倒地後，我檢查了他的口袋，發現裡面有未開封的奶精和糖漿，而他的飲料杯蓋是開啟的。另外，我還注意到鴻上舞衣小姐在室外下雨時也沒有戴帽子，而且她在蜷川彩子小姐說換了飲料後，立刻附和說自己也不喜歡咖啡，但她是表演開始後才趕回來的，在黑暗中根本無法判斷飲料是咖啡還是可樂，所以她沒加奶精和糖包，只能是因為她在飲料攤處就已經開啟過飲料。”
新一接過話茬：“沒錯。鴻上舞衣小姐，你在飲料攤買了和蒲田耕平一樣的黑咖啡，然後假裝加奶精和糖漿時，將有毒的冰塊放入了自己和蒲田耕平的飲料中。你喝完自己的飲料後，假裝嚼冰塊，把有毒的冰塊放入了你的帽兜，這樣就能神不知鬼不覺地處理掉證據。”
鴻上舞衣臉色一變，強裝鎮定地說：“你胡說！我根本沒有殺蒲田耕平，你有甚麼證據？”
“證據當然有。”新一拿出另一個透明塑膠袋，裡面裝著一個塑膠制的金屬扣錢包和一枚十元硬幣，“這是我在衛生間垃圾桶裡找到的塑膠錢包，裡面有冰塊融化後留下的痕跡，而且這個錢包的材質很特殊，正好能用來存放有毒的冰塊。另外，這枚十元硬幣是我剛才扔進你帽子裡的，現在它變得閃閃發亮，這是因為氰化鉀能讓金屬表面發生變化。”他頓了頓，繼續說道，“還有，高木警官剛才在蒲田耕平的車裡發現了疑似儲存氰化鉀的容器，這應該是你故意放進去的，目的是偽裝成蒲田耕平自殺，還以蒲田耕平似乎在尋找甚麼為由，引導警察去搜尋他的車，企圖嫁禍他人。”
鴻上舞衣的身體開始發抖，她看著新一手裡的證據，再也無法掩飾自己的罪行。“沒錯，是我殺了他。”她的聲音帶著一絲絕望，“他根本不配做醫生！為了發表自己的理論，他不惜開出錯誤的藥品，導致一位患者死亡！那個患者是我的親人，我眼睜睜看著她因為蒲田耕平的失誤而離開，我怎麼能放過他？”
眾人都沉默了。目暮警官嘆了口氣，示意警察把鴻上舞衣帶走。“不管怎麼樣，殺人都是不對的，你應該透過法律途徑來解決問題，而不是用這種極端的方式。”
案件解決後，現場的觀眾漸漸散去。小蘭走到新一身邊，臉上帶著一絲紅暈：“新一，沒想到你會來，還解決了這麼複雜的案子。”
新一看著小蘭，心裡湧起一股暖流。他想起自己之前的計劃——在帝丹祭結束後，帶小蘭去米花市中央大樓的瞭望餐廳，向她表白。因為優作當年就是在那裡向有希子表白的，他希望能和父親一樣，給小蘭一個浪漫的回憶。
“小蘭，”新一鼓起勇氣，拉住小蘭的手，“我有件事想跟你說，我們去米花市中央大樓的瞭望餐廳吧，那裡的夜景很漂亮。”
小蘭點點頭，臉上的紅暈更濃了：“好啊。”
兩人來到了望餐廳，找了個靠窗的位置坐下。窗外的夜景很美，燈火輝煌的城市像一片星海。新一看著小蘭的側臉，心裡既緊張又期待。他剛想開口表白，餐廳裡突然傳來一陣尖叫——有人在餐廳的包間裡被殺了。
新一的臉色瞬間變了，他下意識地站了起來，想要去檢視情況。小蘭看出了他的心思，輕輕拉了拉他的手：“新一，你去吧，我在這裡等你。我知道，案件對你來說很重要。”
新一看著小蘭理解的眼神，心裡充滿了感激。“對不起，小蘭，等我解決完案子，再跟你說那件事。”他說完，就匆匆朝著包間跑去。
經過一番緊張的調查和推理，新一終於找到了兇手，解決了案件。當他回到座位時，已經是晚上十點多了。小蘭依舊坐在那裡，安靜地等著他。
“小蘭，讓你久等了。”新一坐下來，看著小蘭的眼睛，認真地說，“小蘭，我喜歡你。從很久以前開始，我就喜歡你了。我知道我總是因為辦案而忽略你，讓你擔心，但我希望你能相信我，我會用我的一生來保護你，給你幸福。”
小蘭的眼睛裡泛起了淚光，她用力點點頭：“新一，我也喜歡你。我等這句話，等了很久了。”
兩人相視而笑，緊緊握住了彼此的手。新一看著小蘭，心裡暗暗發誓，以後一定要多抽出時間陪她，再也不讓她孤單。
“小蘭，”新一笑著說，“下次我們再一起來這裡，好好欣賞夜景，好不好？”
小蘭點點頭：“好啊，我很期待。”
就在這時，新一突然感到一陣強烈的眩暈，身體也開始變得虛弱。他知道，解藥的時效快要到了。“小蘭，我有點不舒服，去一下衛生間。”他說完，就匆匆站起來，朝著衛生間跑去。
夜一一直跟在他們後面，看到新一的樣子，立刻明白了發生甚麼。他連忙跟上去，在衛生間門口攔住了小蘭：“小蘭姐姐，你先在這裡等一下，新一哥哥可能只是有點累了，我去看看他。”
小蘭擔心地說：“他沒事吧？要不要去醫院？”
“沒事的，小蘭姐姐，你放心。”夜一說完，就走進了衛生間。
衛生間裡，新一的身體正在快速變小。夜一連忙脫下自己的外套，披在新一身上，遮住他變小的身體。“哥，你還好吧？”
新一搖搖頭，聲音已經變回了柯南的聲音：“沒事，幸好有你。快幫我把衣服換回來，不然小蘭該起疑心了。”
夜一點點頭，幫新一換上了柯南的衣服。等新一完全變回柯南後，夜一牽著他的手，走出了衛生間。
“小蘭姐姐，新一哥哥說他還有點事，先走了，讓我把這個交給你。”柯南從口袋裡拿出一封信，遞給小蘭——這是新一早就寫好的，裡面解釋了他為甚麼突然離開，還說自己會盡快再來看她。小蘭接過信，雖然有些失落，但還是笑著說：“我知道了，謝謝你，柯南。”
瞭望餐廳的晚風透過窗戶吹進來，帶著一絲涼意。小蘭握著新一留下的信，指尖輕輕摩挲著信紙邊緣，信上熟悉的字跡讓她眼眶又泛起了微光。柯南站在旁邊，看著小蘭的側臉，心裡既有些愧疚，又有些慶幸——愧疚的是沒能以新一的身份陪她到最後，慶幸的是身份沒有暴露，還成功向小蘭表白了。
“柯南，我們回去吧。”小蘭把信小心翼翼地摺好，放進包裡，臉上露出了溫柔的笑容，“新一他肯定有很重要的事要做，我會等他的。”
柯南點點頭，拉著夜一的手，跟在小蘭身後。夜一悄悄看了柯南一眼，小聲說：“哥，你剛才在衛生間裡，臉色差得嚇人，下次可不能再這麼冒險了。灰原要是知道了，肯定會跟你沒完。”
柯南吐了吐舌頭：“我知道啦，下次我會注意的。不過，能跟小蘭表白，我真的很開心。”他想起剛才小蘭說“我也喜歡你”時的樣子，嘴角忍不住上揚。
回到毛利偵探事務所時，已經是晚上十一點多了。毛利小五郎早就回來了，正躺在沙發上呼呼大睡，電視還開著，播放著無聊的綜藝節目。小蘭輕輕把他叫醒，扶他回房間睡覺，然後才回到自己的房間。
柯南和夜一住在二樓的客房裡。柯南躺在床上，翻來覆去睡不著，腦子裡全是和小蘭表白的場景。夜一看著他興奮的樣子，無奈地說：“哥，你能不能安靜點？明天還要上學呢。”
“知道了知道了。”柯南笑著說，“夜一，你說小蘭會不會一直在等我？等我變回新一，我們就能像以前一樣，一起去遊樂園，一起看電影了。”
夜一嘆了口氣：“會的。不過，你現在最重要的是找到黑衣組織的線索，儘快研製出永久解藥。不然，就算你跟小蘭表白了，也不能一直陪在她身邊。”
柯南的眼神暗了暗，點點頭：“你說得對。我一定會盡快找到黑衣組織，為阿笠博士的初戀情人報仇，也為了我和小蘭的未來。”
第二天早上，柯南被一陣敲門聲吵醒。他開啟門，看到灰原站在門口，手裡拿著一杯牛奶和一片面包。“聽說你昨天又冒險變回去了？”灰原的語氣平淡，卻帶著一絲責備，“副作用怎麼樣？有沒有哪裡不舒服？”
柯南接過牛奶和麵包，撓了撓頭：“對不起，灰原，我不是故意要冒險的。不過，我跟小蘭表白了，她也說喜歡我。”
灰原的眼神閃了閃，嘴角露出了一絲淺淡的笑容：“知道了。不過，下次再敢這麼冒險，我就再也不給你解藥了。”她說完，轉身離開了。
柯南看著灰原的背影，心裡暖暖的——灰原雖然總是一副冷冰冰的樣子，但其實很關心他。
吃完早餐後，柯南和夜一揹著書包，去阿笠博士家集合，然後一起去學校。路上，他們遇到了少年偵探團的其他成員。元太興奮地說：“柯南，夜一，你們昨天去帝丹高中文化祭了嗎？聽說那裡發生了殺人案，還是工藤新一解決的！”
光彥點點頭：“是啊是啊！我聽同學說，工藤新一還跟毛利蘭姐姐表白了呢！他們倆是不是要在一起了？”
步美抱著玩偶，笑著說：“太好了！毛利蘭姐姐終於等到工藤新一了！”
柯南的臉瞬間紅了，連忙轉移話題：“好了好了，別說這個了。我們快走吧，不然就要遲到了。”
夜一看著柯南窘迫的樣子，忍不住笑了。灰原則在旁邊，悄悄給了柯南一個白眼。
到了學校，小林老師走進教室，宣佈了一個好訊息：“同學們，下週末學校要組織一次春遊，去米花森林露營，大家可以帶上自己的家人和朋友一起去。”
教室裡頓時沸騰起來。元太興奮地說：“太好了！我要帶很多鰻魚飯去！”
光彥推了推眼鏡：“我要帶望遠鏡，觀察森林裡的鳥類。”
步美笑著說：“我要帶我的玩偶，跟它一起看星星。”
柯南和夜一對視一眼，都從對方的眼睛裡看到了期待——他們很久沒有和少年偵探團一起去露營了。
放學後，柯南和夜一回到阿笠博士家。阿笠博士正在院子裡擺弄他的新發明——一個能自動摺疊的帳篷。“柯南，夜一，你們回來啦！”阿笠博士笑著說，“下週末的春遊，我跟你們一起去，我這個新帳篷正好派上用場。”
柯南點點頭：“好啊！博士，你的新發明靠譜嗎？可別像上次那樣，帳篷突然塌了。”
阿笠博士尷尬地笑了笑：“放心吧，這次肯定沒問題！我已經測試過很多次了。”
灰原坐在院子裡的長椅上，手裡翻著一本書，聞言抬起頭：“博士，你還是小心點好。上次你說你的自動烤肉機沒問題，結果差點把我們的午餐都燒了。”
阿笠博士的臉瞬間紅了，連忙轉移話題：“對了，柯南，夜一，你們昨天在帝丹高中文化祭上，有沒有發現甚麼奇怪的人或事？”
柯南愣了一下，隨即想起了夜一昨天在觀眾席上看到的那個穿白大褂的醫生——蒲田耕平。“博士，你是說蒲田耕平嗎？他已經被人殺了，兇手是鴻上舞衣，因為蒲田耕平開錯藥，導致她的親人死亡。”
阿笠博士嘆了口氣：“真是可惜了。蒲田耕平以前是我的學生，他很有才華，就是太急於求成了。”
灰原的眼神暗了暗：“博士，你有沒有覺得，蒲田耕平的死，可能和黑衣組織有關？”
柯南和夜一都愣住了。柯南皺起眉頭：“灰原，你為甚麼這麼說？鴻上舞衣已經承認是她殺了蒲田耕平，動機也很明確，應該和黑衣組織沒關係吧？”
灰原搖搖頭：“我只是覺得有些奇怪。蒲田耕平最近一直在研究一種新的藥物，據說這種藥物能讓人的身體發生變化，和你變成柯南的情況有些相似。我擔心，黑衣組織可能也在關注他的研究。”
夜一的臉色變得嚴肅起來：“灰原，你是說，黑衣組織可能為了蒲田耕平的研究成果，故意挑起鴻上舞衣和蒲田耕平的矛盾，讓鴻上舞衣殺了他，然後再趁機奪走他的研究資料？”
灰原點點頭：“有這種可能。黑衣組織一直想研製出能讓人長生不老的藥物，蒲田耕平的研究，很可能對他們有幫助。”
柯南握緊了拳頭：“如果真是這樣，那我們必須儘快找到蒲田耕平的研究資料，不能讓它落入黑衣組織的手中。”
接下來的幾天，柯南、夜一和灰原開始暗中調查蒲田耕平的研究。他們去了蒲田耕平生前工作的米花綜合醫院，找到了他的辦公室。辦公室裡一片狼藉，顯然已經被人搜查過了。
“看來，已經有人先我們一步來了。”夜一皺起眉頭，“會不會是黑衣組織的人？”
柯南點點頭：“很有可能。我們得仔細找找，看看有沒有遺漏的線索。”
三人在辦公室裡翻找起來。灰原在蒲田耕平的抽屜裡，找到了一本筆記本，上面記錄著他的研究成果。“你們看，”灰原指著筆記本上的內容，“蒲田耕平已經研究出了一種初步的藥物，能讓人的身體在短時間內發生變化，但副作用很大，會對身體造成嚴重的傷害。”
柯南接過筆記本，仔細看了起來：“這種藥物的原理，和APTX4869有些相似。黑衣組織肯定很想要這份研究資料。”
就在這時，辦公室的門突然被推開了。一個穿著黑色西裝、戴著墨鏡的男人走了進來，手裡拿著一把槍，對準了他們：“把筆記本交出來！”
柯南、夜一和灰原都愣住了。夜一反應最快，他立刻擋在柯南和灰原面前，冷冷地說：“你是誰？為甚麼要搶筆記本？”
男人冷笑一聲：“我是誰不重要，重要的是，這份研究資料不屬於你們。識相的話，就趕緊把筆記本交出來，不然，別怪我不客氣。”
柯南悄悄從口袋裡拿出麻醉針手錶，對準了男人。夜一則趁男人不注意，猛地衝了過去，一腳踢向男人的手腕。男人吃痛，手裡的槍掉在了地上。柯南趁機按下麻醉針手錶的按鈕，麻醉針射中了男人的脖子。男人晃了晃，倒在了地上。
“快走！”夜一撿起地上的槍，拉著柯南和灰原，快速離開了蒲田耕平的辦公室。
回到阿笠博士家後，三人都鬆了口氣。柯南看著手裡的筆記本，皺起眉頭：“剛才那個男人，肯定是黑衣組織的人。他們已經開始行動了，我們得儘快把這份研究資料藏起來，不能讓他們找到。”
灰原點點頭：“我覺得，我們應該把筆記本交給警方，讓他們來保護這份資料。黑衣組織再厲害，也不敢明目張膽地和警方作對。”
夜一搖搖頭：“不行。警方里可能也有黑衣組織的臥底，如果把筆記本交給警方，萬一落入臥底手中，後果不堪設想。我覺得，我們應該把筆記本藏在一個只有我們知道的地方。”
柯南想了想，說：“我知道一個地方。米花森林裡有一個廢棄的小屋，那裡很隱蔽，黑衣組織的人應該找不到。下週末春遊的時候，我們可以把筆記本藏在那裡。”
三人達成了共識，決定下週末春遊時，把蒲田耕平的研究筆記本藏在米花森林的廢棄小屋裡。
接下來的幾天，一切都很平靜。柯南和夜一像往常一樣上學、放學，和少年偵探團一起討論春遊的計劃。灰原則繼續研製APTX4869的解藥，偶爾也會和他們一起討論黑衣組織的事情。
終於，到了春遊的日子。清晨的米花森林，空氣清新，陽光透過樹葉的縫隙，灑在地上，形成了斑駁的光影。少年偵探團的成員們揹著書包，興奮地在前面跑著。阿笠博士推著他的新發明——自動摺疊帳篷，跟在後面。柯南、夜一和灰原走在最後面，悄悄觀察著周圍的情況，擔心黑衣組織的人會跟來。
“柯南，夜一，灰原，你們快點啊！”元太回頭喊道，“我們要去前面的小溪邊抓魚！”
柯南點點頭，加快了腳步。他們來到小溪邊，阿笠博士開始搭建自動摺疊帳篷。少年偵探團的成員們則在小溪邊玩耍，有的抓魚，有的採野花。柯南、夜一和灰原則趁機來到了米花森林深處的廢棄小屋。
廢棄小屋很破舊，屋頂上的瓦片掉了很多，牆壁上佈滿了青苔。柯南推開門，裡面佈滿了灰塵，角落裡還堆放著一些廢棄的傢俱。“我們把筆記本藏在那個櫃子後面吧。”柯南指著角落裡的一箇舊櫃子說。
夜一點點頭，和柯南一起把櫃子移開，露出了一個狹小的空間。灰原把筆記本放進去，然後又把櫃子移回原位，用一些雜草遮住了縫隙。“這樣應該就安全了。”灰原說。
三人剛準備離開，就聽到外面傳來了腳步聲。夜一警惕地說：“不好，可能有人來了！我們快躲起來！”
三人連忙躲到一個破舊的桌子下面。小屋的門被推開了，幾個穿著黑色西裝、戴著墨鏡的男人走了進來。為首的男人正是上次在蒲田耕平辦公室裡遇到的那個男人——他竟然醒了過來，還帶著人找到了這裡。
“老大，這裡就是米花森林的廢棄小屋，蒲田耕平的研究資料，很可能藏在這裡。”一個男人說。
為首的男人點點頭，冷笑著說：“搜！仔細搜！一定要把研究資料找出來！”
男人們開始在小屋裡翻找起來。柯南、夜一和灰原躲在桌子下面，屏住呼吸，不敢發出一點聲音。夜一悄悄從口袋裡拿出手機，想要給目暮警官打電話求助，卻發現這裡沒有訊號。
“怎麼辦？”柯南小聲問，臉上露出了焦急的表情。
夜一皺起眉頭，說：“別慌。我們先看看情況，等他們放鬆警惕的時候，再想辦法逃跑。”
就在這時，一個男人走到了舊櫃子旁邊，準備把櫃子移開。柯南的心提到了嗓子眼——筆記本就藏在櫃子後面，如果被他們發現，後果不堪設想。
就在這千鈞一髮之際，外面突然傳來了元太的聲音：“柯南！夜一！灰原！你們在哪裡？我們抓到了很多魚，快回來一起烤著吃啊！”
男人們聽到聲音，頓時警惕起來。為首的男人皺起眉頭：“外面怎麼會有小孩的聲音？難道有人跟來？”
“老大，我們要不要出去看看？”一個男人問。
為首的男人想了想，說：“不用。我們先把這裡搜完，拿到研究資料就走。外面的小孩，應該只是來春遊的，不會發現我們。”
男人們繼續在小屋裡翻找。柯南、夜一和灰原趁機從桌子下面爬出來，悄悄來到門口，準備逃跑。可就在這時，為首的男人突然轉過頭，看到了他們：“站住！別跑！”
三人撒腿就跑。男人們在後面緊緊追趕。柯南一邊跑，一邊從口袋裡拿出足球腰帶，按下了按鈕，一個足球從腰帶裡彈了出來。他用腳把足球踢向後面的男人，正好擊中了一個男人的膝蓋。男人慘叫一聲，倒在了地上。
夜一則趁男人們混亂的時候，拉著柯南和灰原，鑽進了旁邊的灌木叢裡。灌木叢很茂密，男人們一時找不到他們。
“我們快去找阿笠博士和少年偵探團的成員們，跟他們一起離開這裡。”夜一說。
三人在灌木叢裡快速穿行，很快就看到了阿笠博士和少年偵探團的成員們。阿笠博士正在小溪邊烤魚，少年偵探團的成員們圍在旁邊，興奮地討論著。
“博士！快收拾東西，我們要趕緊離開這裡！”柯南大喊。
阿笠博士和少年偵探團的成員們都愣住了。阿笠博士疑惑地問：“怎麼了，柯南？發生甚麼事了？”
“黑衣組織的人追來了！他們想要蒲田耕平的研究資料！”夜一著急地說。
阿笠博士臉色一變，連忙開始收拾東西。少年偵探團的成員們也意識到了危險，幫忙收拾起書包和帳篷。
就在這時，男人們追了過來。為首的男人看到阿笠博士和少年偵探團的成員們，冷笑著說：“沒想到還有這麼多小孩。正好，把你們一起抓起來，用來威脅工藤新一和雪莉！”
雪莉是灰原的代號，柯南和夜一聽到這個名字，臉色都變得嚴肅起來。灰原緊緊握住了拳頭，眼神裡充滿了憤怒和恐懼。
“你們別想傷害我的朋友們！”柯南大喊著，從口袋裡拿出麻醉針手錶，對準了為首的男人。麻醉針射中了男人的脖子，男人晃了晃，倒在了地上。
其他男人看到首領被麻醉，頓時慌了神。夜一趁機衝了過去，一腳踢向一個男人的肚子。男人吃痛，倒在了地上。阿笠博士也不甘示弱，拿起旁邊的一根樹枝，朝著另一個男人打去。
少年偵探團的成員們雖然很害怕，但也沒有退縮。元太拿起一塊石頭，朝著一個男人扔去，正好擊中了男人的肩膀。光彥和步美則在旁邊大喊，吸引男人們的注意力。
經過一番激烈的搏鬥，男人們終於被打跑了。大家都鬆了口氣，坐在地上休息。元太擦了擦臉上的汗水，說：“剛才真是太危險了！那些人是誰啊？為甚麼要抓我們？”
柯南看著灰原，小聲說：“他們是黑衣組織的人，想要抓灰原，還有蒲田耕平的研究資料。”
少年偵探團的成員們都愣住了。光彥皺起眉頭：“黑衣組織？跨境犯罪團伙？”
柯南點點頭：“沒錯。他們很危險，我們以後一定要小心。”
阿笠博士嘆了口氣：“看來，我們不能再在這裡露營了。我們趕緊離開這裡，回市區去吧。”
眾人收拾好東西，沿著小路，朝著米花森林的出口走去。路上，灰原悄悄對柯南和夜一說：“剛才那些人，只是黑衣組織的小嘍囉。他們的首領還沒有出現，我們以後一定要更加小心。”
柯南點點頭：“我知道。我們已經把蒲田耕平的研究資料藏好了，黑衣組織的人應該找不到。等回到市區，我們再想辦法，把這份資料交給可靠的人。”
夜一看著灰原，說：“灰原，你別擔心。有我和柯南在，我們一定會保護好你的。”
灰原的嘴角露出了一絲淺淡的笑容：“謝謝你們。”
眾人走出米花森林時，已經是下午了。阿笠博士開車，把少年偵探團的成員們送回了家。柯南、夜一和灰原則回到了阿笠博士家。
回到家後，柯南拿出蒲田耕平的研究筆記本，仔細看了起來。“灰原，你覺得這份研究資料，對研製APTX4869的解藥有幫助嗎？”
灰原接過筆記本，看了一會兒，說：“蒲田耕平的研究，和APTX4869的原理有些相似，但他的藥物副作用太大，而且只能讓人在短時間內發生變化，對研製永久解藥的幫助不大。不過，這份資料裡提到了一種新的成分，或許能讓我們的研究有新的突破。”
柯南點點頭：“那就好。我們一定要好好研究這份資料，儘快研製出APTX4869的永久解藥，早日變回新一，也讓灰原擺脫黑衣組織的威脅。”
灰原“嗯”了一聲，將筆記本收好，放進了阿笠博士書房的保險櫃裡。“現在最重要的是保護好這份資料，不能讓黑衣組織有任何可乘之機。我們暫時不要輕舉妄動，先觀察一段時間，看看黑衣組織接下來會有甚麼動作。”
夜一坐在旁邊的椅子上，手指輕輕敲擊著桌面，若有所思地說：“我覺得，黑衣組織不會輕易放棄。他們既然已經知道蒲田耕平的研究，肯定會繼續追查。我們得想個辦法，引開他們的注意力，讓他們以為研究資料已經被銷燬了。”
柯南眼睛一亮：“夜一，你有甚麼好主意嗎？”
夜一笑了笑：“我們可以偽造一份假的研究資料，故意讓黑衣組織的人偷走。假資料裡可以寫一些錯誤的研究成果，讓他們在錯誤的方向上浪費時間。這樣一來，不僅能保護真資料，還能為我們爭取更多研究解藥的時間。”
灰原點點頭：“這是個好辦法。不過，偽造假資料需要注意細節，不能讓黑衣組織的人看出破綻。蒲田耕平的筆記風格、用詞習慣，我們都要模仿得一模一樣。”
阿笠博士拍了拍手：“這個交給我吧！我以前和蒲田耕平一起工作過，對他的筆記風格很熟悉。我可以幫忙偽造假資料，保證讓黑衣組織的人信以為真。”
接下來的幾天，阿笠博士根據蒲田耕平的筆記風格，開始偽造研究資料。柯南和夜一則負責收集一些無關緊要的藥物研究資料，填充到假資料裡。灰原則在旁邊指導，確保假資料的邏輯和用詞沒有漏洞。
經過三天的努力，假的研究資料終於完成了。阿笠博士把假資料放進一箇舊資料夾裡，看起來和蒲田耕平生前使用的資料夾一模一樣。“好了，假資料已經準備好了。接下來，我們該怎麼讓黑衣組織的人偷走它呢？”
柯南想了想，說：“我們可以故意洩露訊息，說假資料藏在米花圖書館的古籍區。米花圖書館人多眼雜，黑衣組織的人更容易下手，也不容易引起別人的注意。”
夜一點點頭：“我同意。明天是週末，我們可以把假資料放在米花圖書館的古籍區，然後在附近埋伏，看看黑衣組織的人會不會上鉤。”
第二天早上，柯南、夜一和灰原來到米花圖書館。阿笠博士因為要在家整理真資料，沒有跟來。三人假裝在古籍區看書，悄悄把假資料放在了一個書架的角落。然後，他們躲到了不遠處的柱子後面，觀察著周圍的情況。
沒過多久，一個穿著黑色風衣、戴著帽子和口罩的女人走進了古籍區。她四處看了看，確認沒人注意後，快速走到書架前，拿起了假資料，然後匆匆離開了圖書館。
柯南壓低聲音說：“她肯定是黑衣組織的人！我們跟上去，看看她要把假資料交給誰。”
三人悄悄跟在女人後面，穿過幾條街道，來到了一家偏僻的咖啡館。女人走進咖啡館，坐在了一個穿著黑色西裝、戴著墨鏡的男人對面。男人看起來三十多歲，表情嚴肅，手裡拿著一個黑色的公文包。
女人把假資料遞給男人，低聲說：“這是蒲田耕平的研究資料，我已經拿到了。”
男人接過假資料，開啟看了看，滿意地點點頭：“很好。你做得不錯，組織會獎勵你的。現在，你先離開這裡，注意不要被人跟蹤。”
女人點點頭，起身離開了咖啡館。男人則繼續坐在那裡，翻看假資料。
柯南、夜一和灰原躲在咖啡館外面的灌木叢裡，看著男人的一舉一動。夜一拿出手機，悄悄拍下了男人的照片。“我們先回去，把照片發給目暮警官，看看能不能查到這個男人的身份。”
三人回到阿笠博士家後，夜一立刻把男人的照片發給了目暮警官。沒過多久，目暮警官就回了訊息——照片上的男人名叫宮野明仁，是黑衣組織的中層成員，主要負責收集情報和奪取重要資料，警方已經追查他很久了，但一直沒有找到他的蹤跡。
“沒想到竟然是宮野明仁！”柯南皺起眉頭，“他是宮野志保（灰原哀）的遠房叔叔，當年灰原的父母去世後，他還曾短暫照顧過灰原。後來，他加入了黑衣組織，就和灰原斷了聯絡。”
灰原的臉色變得蒼白：“我沒想到，他竟然會幫黑衣組織做事。當年，我還以為他是個好人。”
夜一拍了拍灰原的肩膀，安慰道：“別難過，灰原。人是會變的，尤其是在黑衣組織那樣的環境裡。現在，我們知道了宮野明仁的身份，以後就能更好地防範他了。”
柯南點點頭：“沒錯。宮野明仁拿到假資料後，肯定會交給黑衣組織的高層。我們可以透過跟蹤他，找到黑衣組織的藏身之處。不過，我們一定要小心，宮野明仁很狡猾，而且很擅長反跟蹤。”
接下來的幾天，柯南、夜一和灰原輪流跟蹤宮野明仁。他們發現，宮野明仁每天都會去米花市郊區的一個廢棄工廠，停留大約一個小時後再離開。“那個廢棄工廠，很可能就是黑衣組織的臨時據點。”柯南指著地圖上的廢棄工廠，對大家說。
阿笠博士擔心地說：“我們要不要通知警方，讓他們派人去搜查廢棄工廠？”
灰原搖搖頭：“不行。如果我們通知警方，很可能會打草驚蛇。黑衣組織的人很警惕，一旦發現異常，就會立刻轉移據點，到時候我們就再也找不到他們了。”
夜一思考了一會兒，說：“我有個主意。我們可以趁宮野明仁離開廢棄工廠後，悄悄潛入進去，看看裡面的情況。如果能找到黑衣組織的重要資料，或者發現他們的下一步計劃，就能為我們對抗黑衣組織提供更多幫助。”
柯南猶豫了一下：“潛入廢棄工廠太危險了。萬一裡面有黑衣組織的人埋伏，我們就會陷入危險。”
夜一笑了笑：“放心吧，哥。我會做好萬全的準備。我可以先去偵查一下，看看裡面的情況，再決定要不要進去。”
第二天晚上，夜一換上黑色的衣服，帶著手電筒和對講機，悄悄來到了廢棄工廠。他繞著工廠走了一圈，發現工廠的大門緊閉，窗戶也都被木板封住了。不過，在工廠的後門，有一個小小的縫隙，足夠一個人鑽進去。
夜一小心翼翼地鑽過縫隙，進入了工廠內部。工廠裡一片漆黑，瀰漫著一股鐵鏽和灰塵的味道。他開啟手電筒，慢慢往前走，發現工廠裡堆放著很多廢棄的機器和零件。在工廠的中間，有一個很大的房間，房間的門虛掩著，裡面傳來了說話聲。
夜一悄悄走到門口，側耳傾聽。房間裡，宮野明仁正在和一個男人說話。“首領，蒲田耕平的研究資料我已經拿到了，您要不要現在看一下？”
一個低沉的聲音響起：“不用了。你先把資料放在這裡，我會安排人研究。對了，雪莉的情況怎麼樣了？有沒有找到她的蹤跡？”
宮野明仁連忙說：“我們一直在追查雪莉的下落，但她好像消失了一樣，沒有任何訊息。不過，我們發現工藤新一最近在帝丹高中出現過，而且還解決了一起殺人案。我們懷疑，雪莉可能和工藤新一在一起。”
低沉的聲音沉默了一會兒，說：“繼續追查雪莉和工藤新一的下落。一旦找到他們，立刻彙報。另外，蒲田耕平的研究資料很重要，一定要保護好，不能出任何差錯。”
“是，首領！”宮野明仁恭敬地說。
夜一聽到這裡，心裡暗暗吃驚——黑衣組織的首領竟然也在廢棄工廠！他不敢再多停留，悄悄退出了工廠，然後快速離開了。
回到阿笠博士家後，夜一把在廢棄工廠聽到的情況告訴了柯南、灰原和阿笠博士。“黑衣組織的首領也在廢棄工廠，而且他們還在追查灰原和哥的下落。我們必須儘快想辦法，阻止他們的計劃。”
柯南皺起眉頭：“黑衣組織的首領一直很神秘，很少有人見過他的真面目。這次能確定他在廢棄工廠，是一個很好的機會。我們要不要聯合警方，一起突襲廢棄工廠？”
灰原搖搖頭：“不行。黑衣組織的首領很狡猾，他肯定會在工廠周圍安排很多眼線。如果我們聯合警方突襲，很容易被他們發現。而且，一旦首領逃脫，我們就再也沒有機會找到他了。”
阿笠博士想了想，說：“我們可以用假資料做文章。既然黑衣組織的首領已經拿到了假資料，肯定會安排人研究。我們可以在假資料裡埋下一個陷阱，比如設定一個微型追蹤器，或者在資料里加入一些特殊的化學物質，只要他們接觸資料，就能留下痕跡。”
柯南眼睛一亮：“這是個好主意！阿笠博士，你能製作微型追蹤器嗎？”
阿笠博士點點頭：“當然可以！我現在就去製作，保證體積小，不容易被發現。”
沒過多久，阿笠博士就製作好了一個微型追蹤器。追蹤器的大小和一顆紐扣差不多，顏色和假資料的紙張顏色一樣，很難被發現。柯南和夜一再次來到米花圖書館，把微型追蹤器貼在了假資料的最後一頁，然後放回了原來的位置。
不出所料，當天下午，宮野明仁就再次來到米花圖書館，拿走了假資料。柯南和夜一透過手機上，實時監控著宮野明仁的位置。
宮野明仁拿著假資料，直接去了廢棄工廠。追蹤器顯示，他進入工廠後，把假資料交給了一個男人，然後就離開了工廠。那個男人拿著假資料，走進了工廠中間的大房間——也就是黑衣組織首領所在的房間。
“太好了！追蹤器成功了！”柯南興奮地說，“我們現在可以透過追蹤器，知道黑衣組織首領的位置。只要我們找到合適的時機，就能聯合警方，將他們一網打盡！”
夜一卻皺起眉頭：“我覺得沒那麼簡單。黑衣組織的首領很警惕，他可能會發現追蹤器。我們不能掉以輕心，必須做好萬全的準備。”
果然，沒過多久，手機上的追蹤器訊號突然消失了。“不好！他們發現追蹤器了！”柯南大喊。
灰原臉色一變：“看來，我們的計劃失敗了。黑衣組織的首領肯定已經知道我們在跟蹤他們，接下來，他們很可能會採取更激進的行動。”
阿笠博士嘆了口氣：“都怪我，沒有把追蹤器做得更隱蔽一些。”
夜一搖了搖頭：“不怪你，博士。黑衣組織的人本來就很擅長反偵察，能讓追蹤器工作這麼久，已經很不容易了。現在，我們必須儘快離開這裡，找一個更安全的地方隱藏起來。黑衣組織知道我們在追查他們，肯定會來報復。”
柯南點點頭：“我們先去毛利偵探事務所，把這件事告訴小蘭和毛利叔叔。然後，我們再想辦法，聯絡目暮警官，讓警方加強對我們的保護。”
四人收拾好東西，阿笠博士開車，朝著毛利偵探事務所的方向駛去。路上，夜一一直警惕地觀察著周圍的情況，擔心黑衣組織的人會跟蹤他們。
幸好，一路上都很平靜。他們順利到達了毛利偵探事務所。小蘭看到他們，連忙迎了上來：“柯南，夜一，灰原，阿笠博士，你們怎麼來了？是不是發生甚麼事了？”
柯南把黑衣組織追蹤他們的事情，簡單告訴了小蘭和毛利小五郎。毛利小五郎聽完，臉色變得嚴肅起來：“甚麼？黑衣組織竟然還敢來米花市？放心，有我毛利小五郎在，一定不會讓他們傷害你們的！”
小蘭也擔心地說：“柯南，夜一，灰原，你們以後一定要小心。如果有甚麼事，一定要第一時間告訴我和爸爸。”
就在這時，毛利小五郎的手機響了。他接起電話，裡面傳來了目暮警官的聲音：“小五郎，不好了！米花市郊區的廢棄工廠發生了爆炸，現場發現了很多黑衣組織的痕跡。你們現在在哪裡？有沒有事？”
毛利小五郎大驚失色：“甚麼？廢棄工廠爆炸了？我們現在在毛利偵探事務所，沒事。目暮警官，爆炸現場有沒有發現黑衣組織成員的屍體？”
目暮警官嘆了口氣：“現場一片狼藉，我們還在清理。目前還沒有發現黑衣組織成員的屍體，他們很可能在爆炸前就已經撤離了。小五郎，你最近有沒有發現黑衣組織的蹤跡？”
毛利小五郎看了柯南一眼，說：“柯南他們最近一直在追查黑衣組織，還發現他們的臨時據點就在廢棄工廠。不過，我們的計劃失敗了，黑衣組織的人很可能已經知道我們在追查他們。”
目暮警官沉默了一會兒，說：“我知道了。我會立刻安排警力，加強對米花市的巡邏，尤其是你們家和阿笠博士家附近。你們也要注意安全，儘量不要單獨外出。”
掛了電話後，毛利小五郎看著柯南、夜一和灰原，嚴肅地說：“看來，黑衣組織已經開始行動了。你們以後就住在我家吧，這樣我也能更好地保護你們。”
柯南、夜一和灰原對視一眼，點了點頭。他們知道，現在只有和毛利小五郎、小蘭在一起，才是最安全的。
接下來的幾天，警方加強了對米花市的巡邏，黑衣組織的人也沒有再出現。柯南、夜一和灰原暫時住在了毛利偵探事務所，每天除了上學，就是和阿笠博士一起研究蒲田耕平的真資料，希望能儘快研製出APTX4869的永久解藥。
小蘭每天都會為他們準備美味的飯菜，還會陪他們一起復習功課。毛利小五郎則每天都在偵探事務所裡，等待著黑衣組織的訊息，隨時準備保護他們。
一天晚上，柯南坐在窗邊，看著外面的夜景，心裡暗暗發誓：“黑衣組織，我一定不會放過你們！我會盡快研製出解藥，變回新一，保護好小蘭和所有我在乎的人！”
夜一站在柯南身邊，拍了拍他的肩膀：“哥，別擔心。我們一定會找到黑衣組織，為所有被他們傷害的人報仇。而且，我們還有小蘭姐姐、毛利叔叔和阿笠博士的幫助，一定能戰勝他們。”
柯南點點頭，臉上露出了堅定的笑容。他知道，雖然前路充滿了危險，但只要和朋友們在一起，就沒有克服不了的困難。他期待著，有一天能徹底擺脫黑衣組織的陰影，以工藤新一的身份，和小蘭一起，過上幸福的生活。