崇禎皇帝的來信，有幾個主要意思。
以最快平叛為首要目標。
朝廷必須全力支援沐天波。以大義為導向，確定他大明國公的正統地位，將沙定洲之亂定義為犯上作亂。
在最快平叛的同時，儘可能利用當地的其他土司軍。許諾其金銀、錢糧，鹽茶，以及瓜分沙定洲的地盤，要求並鼓勵其參與平叛。在過程中，儘可能儲存自軍實力而削弱各土司軍的實力。
凡是參與沙定洲叛亂，或者附從叛亂者，一個不赦，從重從嚴處置。男性全部斬殺，女性賞給有功將士，以震懾其他土司。
而在平亂過程中對於那些不聽朝廷號令，或者存有坐山觀虎鬥的土司，可聯合其他土司共同討伐攻滅，將之徹底剷除。
若條件有限，可緩慢圖之。
對於沐天波，對之應該抱有最大的尊重，但應逐漸削弱其在雲南的影響力，以便朝廷在雲南重建統治。
等時機合適，朝廷會將之調離雲南。
鼓勵各土司帶兵助朝廷剿賊平虜，多給予其金銀，大量贈其中原的精美瓷器、絲綢等種種，以逐漸引誘他們聽從朝廷號令。
凡有功的土司將士，直接越過土司給予其獎勵，以分化他們和自己土司的關係，讓他們逐漸傾向於親近朝廷。
雲南之地，其他族百姓太多，而漢人太少，難以形成有效統治。朝廷會逐漸向雲南移民，將雲南徹底變成漢人行省。
善待各族底層百姓，推行教化。
等時機合適，徹底結束各土司的統治。
而在今後十年內，深耕雲南、貴州、廣西三地，將西南打造成整個大明的後方，雲南的錢糧、銅礦和人力要成為將來朝廷北伐的資源。
若將來江南失陷，西南的群山峻嶺或許便是大明最後的退路。
馬士英仔細回想著信中的每一句話，心中既忐忑，又有些激動。崇禎皇帝定下了一個大目標，而自己便是這個大目標的實行人。若能成功，不說千年之功，至少也是百年內穩定的基石。
想到這裡，馬士英深深吐出一口濁氣，問向王屏藩，“王副將，勳陽府那邊，陛下決定派何人前往？”
王屏藩說道：“陛下倒提過一次。勳陽重要，但那是將來重要，現在卻是如雞肋般的存在。朝廷現在最重要的是江淮、是四川。”
馬士英愣了一下，“陛下要放棄勳陽？”
王屏藩搖了搖頭，“我也不知。但有些大臣提議說將勳陽之兵調到信陽、壽州一線，以增強淮河西線的防守力量。只在勳陽保留部分精銳，以做輕微的牽制。”
馬士英皺眉沉思，“那若張獻忠從那邊出川呢！”
王屏藩淡淡笑道：“馬總督想過沒有？若張獻忠從那裡出川，北面是李自成所佔據的南陽、洛陽，南面是李自成所佔據的襄陽、荊州。而東面，則被我軍、李自成以及東虜三方共同佔有。或許，到時候張獻忠出川，攪亂天下，短期內對我軍未必完全是壞事。”