“一定要去嗎？”
“嗯，一定要去，”碇真嗣在兩位女孩面前半跪下來，看著她們的眼睛，認真地說道：
“我曾與另一個世界的‘我’交談過，知曉那個世界發生了甚麼，也很清楚我們之間的不同……所以，我很感謝羅夏先生將我帶入了戰團之中，也就是在戰團裡我才脫胎換骨，才能在這裡保護你們。”
碇真嗣柔和地看著明日香和麗，將她們攬入自己懷中，低聲說道：
“我不允許另一個世界的‘我’無法拯救你們的事再次發生，一次也不。”
鬆開兩位臉色羞紅的少女，碇真嗣站起身，笑著說道：
“其實想通之後也沒有那麼不可接受，畢竟，我承了羅夏先生的恩情……所以，即使如此，你們也願意隨我一起嗎？”
“傻瓜。”
明日香低聲罵道，但綾波麗卻是甚麼也沒有說，只是在踩住碇真嗣的腿甲，向上一躍，輕柔地親吻在智庫的臉頰上，這一幕落到明日香的眼裡，卻是讓她後悔自己剛才居然沒想到還可以這麼幹……
區區一隻優等生！
微微一愣之後，碇真嗣笑了笑，向著初號機走去，而兩位少女也會登上她們的EVA機體，作為後備預防各類突發事件……雖然說屆時可能會發生的事也不是區區兩臺EVA能夠處理的，但有總比沒有強。
進入初號機插入栓，碇真嗣緩緩吐息，任由LCL溶液淹沒自己，隨後，他命令道：
“初號機，啟動。”
【插入栓開始進入汙染深度】
初號機張開嘴巴，若有若無的白色霧氣逸散出來，這個由人類造出的巨人彷彿活物般呼吸著，掙脫了束縛，向著中央教條區走去，沿途的所有人都默默地注視著他，像是在看一個怪物，一個行走於世的神明。
碇真嗣感受到了一股龐大的靈能正與他緩緩相觸，位於新紅淚號上的靈能歌姬們和各個戰團的智庫們正在卡楊的引導下，作為支撐碇真嗣後手，調和著這些龐大的靈能。
“呼……開始吧，”碇真嗣深呼吸了幾次，閉上雙眼，開始全力散播出自己的靈能！
初號機身上的裝甲開始緩緩脫離，露出裝甲下方如同人類血肉般的身軀，他向前方緩慢卻無可阻擋地前行著，向下，更向下，直至來到中央教條區的最深處，莉莉絲的所在地。
插入栓裡的碇真嗣感受到了前方那個巨大的使徒中蘊含著思念與資訊，他操控著初號機淌過赤紅色的LCL之海，來到莉莉絲的面前，略作躊躇之後，巨人拔出了插在其身上的紅色長槍——
在拔出長槍的剎那，莉莉絲消失的身軀便迅速地生長出來，漸漸化作一個孕婦般的樣子，可又在下個瞬間融化為洶湧的血潮，這股潮水淹沒了初號機，等潮水褪去……巨人的頭頂已然出現一頂純白的圓環！
伴隨著若有若無的空靈頌歌，初號機的身體緩緩懸浮起來，雙眸中已是一片猩紅！
在初號機進入中央教條區沒多久，第三新東京市上空便被層層黑雲所籠罩，但這黑雲很快便化作顏色更加可怖的暗紅色，像是在昭示著末日的到來……而端坐在插入栓駕駛座上的碇真嗣卻是看到了一副奇特的景象：
他正站在一片無限向上延伸著的高樓內部，而每一層都向四個方向無限延伸而去，裡面是一個個獨立的小房間，房門上寫著各種語言的名字。
“……”
碇真嗣略作猶豫，推開了一扇名為“碇唯”的房門，走進去之後，房間的門便緩緩關閉。房間裡跟他第一次登上初號機時見到的一樣，仍是一片寬闊的海洋和沙灘，而那個人也呆在沙灘外的涼亭裡……
“真嗣？你……”碇唯看到了碇真嗣的身影，她的臉上浮出一絲驚喜，但很快又變為了疑惑：
“你不是不想成為‘神明’嗎？”
“事情總是會發生變化的，不是嗎？”碇真嗣聳聳肩，他的這副樣子逗笑了碇唯，後者站起身走到明媚的陽光下，在他的手上拍了拍，微笑著說道：
“看起來你也經歷了很多。”
“跟我回去吧，母親，”碇真嗣低聲說道，“我要終結這一切悲劇。”
碇唯聞言一愣，可隨即，她又搖了搖頭，說道：
“我必須留在這裡……”
“那麼，請讓我代替您留在這裡，”碇真嗣單膝下跪，他望著自己母親的雙眼，溫柔地握住她的手，輕聲說道：
“我沒有甚麼可以報答您在第二次衝擊中保護了我和那個墨鏡絡腮鬍，甚至是如此之多的人類的方法，我甚至無法贍養您終老……或許在幾十年，十幾年，幾年之後，您便會收到我陣亡在某個星域的訊息。”
“不要說了！”碇唯揚起手掌，可看到碇真嗣臉上的表情之後，她又緩緩放了下來，無力地癱坐在地上哭泣。
碇真嗣將自己的母親摟入懷中，輕聲說道：
“再見。”
“等、等一下——”
話音未落，碇唯便發覺眼前的一切都在崩塌，即使是抱著自己的碇真嗣也在漸漸消散，最後，整個世界只剩下了黑暗，而她也在下墜中漸漸失去了意識……
略帶一絲悲傷地看著自己的母親被送走，碇真嗣嘆息一聲，他站起身，隨著身體內靈能的散播，第一使徒亞當此時已與他徹底融合！而這時進入初號機身體的第二使徒莉莉絲的力量也被智庫掠奪至自身之中！
只是一個瞬間，碇真嗣便感覺到了自身的不同，他能夠“看到”這顆星球上的一切，從過去到現在，從天空到大洋的最深處，即使是軌道上那支龐大的艦隊也能清晰地感受到……艦隊裡那個最強大的存在似乎注意到了他的注視，隨後，碇真嗣便能“看到”他的臉上浮出一絲笑意。
收回自己的目光，碇真嗣看著這顆星球，低聲說道：
“大海應當回覆它原本的姿態。”
地球上的大海漸漸褪去赤紅，從LCL之海退化為了原本普通的海水，那些曾經跟著一起滅絕的海洋生物也不斷地出現著。
“大地應當更有生機。”
在各個大陸上，那些因為第二次衝擊而消失的植物從土地中生長出來，而那些無法生存的土地變得肥沃，地下的各類資源也如井噴般出現。
“天空應當更加溫和。”
極端天氣瞬間消失，大規模的乾旱，無法預測的暴風雨都仿若從未發生過一般，整個地球氣候都回歸了正常的樣子。
做完這一切之後，碇真嗣看著遙遠的蒼穹，伸出手指，將龐大的靈能灌輸其中併發射出去……他感到有些疲倦。