過了幾天平和的日子之後，NERV總部的人們也漸漸接受了碇真嗣這個身材健碩的新司令，但並不是因為後者那奇異的力量和身為碇源堂司令的兒子（其本人厭惡這一說法），而是因為他有著一種非人的魅力：
碇真嗣能夠記住每一個人的名字和他們的職務、過往的履歷，能夠對任何種類的工作提出正確的改進建議，能夠跟任何一個人聊得來，知道總部內任何一名工作人員的愛好和生活上的小細節等等。不僅如此，智庫還是技術部的常客，為後者提供了很多建議，在他的主持之下，NERV開始對自己的總部進行專業的防禦設施改造，以備不時之需。
現在已經有人在私底下叫他戰帥了……
碇真嗣知道這事之後，把那幾個叫他戰帥的人叫到辦公室，進行了一番親切的“教導”，等這些人出去之後就永遠地忘記了戰帥這個詞……可過了幾天，又有人叫碇真嗣為太陽領主了。
“真不知道那些人從哪裡聽到的這些詞！”碇真嗣站在厚重的防護窗之後，看著試驗場裡面的EVA零號機，後者正被綾波麗駕駛，進行一系列的升級和改造後的測試。聽到他的話之後，赤木律子聳聳肩，說道：
“有人把你的小部分資料透出了，但你又不打算對這些資料全部進行封鎖，當然會有好事之徒亂嚼舌根。”
“這算是計劃中的一環，順著這條線挖下去，總歸會有收穫的，”碇真嗣雖然有些苦惱，但總體上來說，他並不是很在乎這些言論……阿斯塔特可不會在乎一點謠言，謠言也無法殺死一個心智堅定的戰士。
赤木律子看了一眼試驗場裡的EVA零號機，抿了抿嘴唇，說道：
“我還以為你會用你讀心的能力……”
“我不是神，律子小姐，我不是無所不能的，”碇真嗣淡淡地回應道，“即使是帝皇也不是無所不能的。”
“帝皇……你覺得你所效忠的……人？好吧，如果你的描述沒有任何誇張的話，你難道不覺得你正在效忠一個行走於世的神明嗎？”
“不，我們阿斯塔特……”碇真嗣停頓了一下，繼續說道：“我們戰團效忠的是帝皇所代表著的人類文明，不過我本人沒有見過帝皇本人，但即使是這樣，祂所訴說的未來願景也足以讓我們心甘情願地成為祂麾下一員。”
“能讓你這樣的戰士心甘情願地為祂戰鬥……”赤木律子臉上也多了一絲好奇和嚮往，她合上資料夾，把它垂在身側，感慨地說道：
“那一定是個非常美好的未來吧。”
“……確實美好。”
只是在大叛亂之後……還需要付出多少個千年，多少忠誠戰士的鮮血，多少無辜生命的靈魂才能看到這個美好的未來呢？
碇真嗣不知道，他無法回答這個問題，或許就連帝皇本人也無法回答這個問題。
就在碇真嗣準備再說點甚麼的時候，葛城美里的訊息傳了過來：
“碇司令，我們已經捕捉到第四使徒的光學影像，後者正在向第三新東京市前進！”
“啟動防禦機制，疏散普通民眾和非戰鬥人員，”碇真嗣立刻回應道，他伸手拍拍赤木律子的肩膀，示意後者呆在這裡，繼續進行EVA零號機的實驗工作，他轉身離開，準備登上初號機去戰鬥。
在碇真嗣離開之前，零號機裡的綾波麗側頭看了一眼那個離去的壯碩身影，隨後，她又投入到實驗中。
十幾分鍾之後，第三新東京市的避難所內。
市立第一中學2年A班的班長洞木光疑惑地看著周圍，向班裡的其他人問道：
“你們有看到東治和劍介嗎？”
“……好像去上廁所了。”
“……”
富有責任心的洞木光壓下心中的不安，靠在牆壁上，等待著外面戰鬥的結束。而她所擔心的兩人，則在上完廁所之後，悄悄地溜出了避難所……
“喂，劍介，這太難得了——果然偷偷溜出來是最正確的決定！”
拿著DV的相田劍介興奮地說道，他和自己的好友一起來到了某處山上，在這裡能夠清晰地看到那只有著紅色甲殼和節肢的高大使徒。
“你這傢伙……”鈴原東治無奈地說道，可就在這時，軍事宅相田劍介更加興奮地喊道：
“來了來了來了！就等你出場了！這次一定要拍到金色鎧甲的EVA初號機！”
某處出擊通道被開啟，紫色的巨人從地下被彈射而出，肩膀上的裝甲凸起撞擊到出擊點的阻滯層，消解了巨大的衝擊力，隨後，人類的泰坦走出鋼鐵的大門。
“紫色的……啊啊啊！變成金色的了！超帥的鎧甲啊喂！”相田劍介握著DV的手因為亢奮而顫抖起來，已然化身無畏泰坦的初號機在瞬間便奪走了兩位少年的心——
沒有哪個男人會不喜歡巨大機器人！
如果那個機器人甚至會變形，會發射鐵拳飛彈……
無畏泰坦邁步向前，被金色鎧甲附著著的雙拳無視了使徒那淡粉色的光鞭，狠狠地轟擊在使徒的紅色甲殼之上！沉悶的轟鳴迴盪在空寂的要塞都市之中，但泰坦的攻擊竟然無法錘碎使徒的甲殼，甚至從其靈活的動作上來看，這東西也沒有受到內臟損失……如果它有這個東西的話。
正當初號機裡的碇真嗣思考著準備處理掉眼前這個東西的時候，他的靈能感知卻突然感受到了兩個靈魂的存在，而且還距離極近！
“美里，立刻搜尋初號機後方1.5公里處的矮山上，我感受到兩個人的存在，”碇真嗣控制著初號機後躍，躲開了使徒光鞭的甩擊，同時下令道。
一分鐘之後，碇真嗣得到了後方傳來的訊息。
“……碇司令，是麗的同學，不過他們好像是從避難所偷偷溜出來的，我們會立刻派出救援隊！”
“沒有那麼多時間，我不知道這使徒會不會像上次那個東西一樣發射光炮……我去把他們接進來。”
“沒問題嗎？”
“沒有，發射煙霧彈掩護我的行動。”
龐大的要塞都市開始層層變形，升起的裝甲板阻隔了使徒和初號機之間的通路，數百枚大型煙霧彈被髮射到使徒的上方，瞬間爆出的煙霧籠罩了整片場地。
“好了，現在讓我看看是哪兩個熊孩子在這裡搞事……”