在初號機回收之後，葛城美里找到了綾波麗，簡單說明了一下來意，而這個如同雪中寒梅般的少女臉上並沒有甚麼反對的意思，只是表示這件事需要碇源堂的首肯。
大喜過望的葛城美里拉著少女就向司令的辦公室走去……來到辦公室外，兩邊的自動門緩緩滑開，露出了裡面的情形：
這是一個佔地極為寬廣的辦公室，透過弧形的落地窗可以清晰地看到外面地下世界的景色，辦公室內的裝飾極其樸素，或者說還沒來得及更換成新主人所喜歡的內飾。
修長、寬廣且高大的辦公桌後坐著一個壯漢，後者穿著修士袍，似乎對葛城美里和綾波麗的到來並不感到驚訝，而壯漢的身後則是站著兩位男士，一名白髮蒼蒼，一名戴著墨鏡，他們用同樣揹著手的姿勢看著走進辦公室的兩人。
“……？？？”
望著葛城美里那一臉“大魔王終於決定開始征服世界了麼？！”的表情，碇真嗣挑挑眉毛，明知故問般說道：
“你來這做甚麼？”
“額……我來找……碇司令……”
碇真嗣將雙手交疊至於下頜，嘴角微微上翹，回應了葛城美里的疑問：
“碇司令就在這裡，葛城美里中校（中佐）。”
“……”
葛城美里聽出了碇真嗣的言外之意，她小心地嚥了口唾沫，露出一個討好般的笑意，搓搓手，又看了正站在碇真嗣身後，甚麼表情也沒有的碇源堂一眼後，勉強笑著說道：
“那個……我覺得吧……碇真嗣司令，不……沒甚麼事了，我走了。”
言罷，美里轉身就想離開，她覺得自己在今天犯了無數個錯誤，從自告奮勇地去接新的適格者，到現在帶著小心思去搞事……希望自己以後的津貼能保住。
“可以，你的請求我同意了。”
碇真嗣的聲音在葛城美里拉著綾波麗的手轉身離開之前響起，他拿著筆小心地在一份檔案上籤下自己的名字，隨後，智庫站起身，走到葛城美里的面前，把檔案遞給她的同時，淡淡地說道：
“把這份檔案下發，而且，我擁有讀心能力的事情控制在十個人以內，NERV內部不是鐵板一塊的，你明白我的意思。”
“……”葛城美里皺著眉頭看著檔案，她在此時又成了雷厲風行的指揮官，片刻之後，成熟美麗的女士抬頭望向碇真嗣，說道：
“NERV是保衛人類的組織，不需要這麼多……對人類的防備。”
碇真嗣聽到她的話，垂下眼，微微側頭向碇源堂問道：
“你找的人都這麼天真嗎？”
“能力無可挑剔，”碇源堂推了一下墨鏡，淡淡地回應。
葛城美里：“……”
這種被罵了又被誇了的感覺是甚麼啊喂……自己居然還有點小高興……
紫發棕瞳的大姐姐深深地看了一眼碇真嗣和碇源堂父子，她現在深刻地感受到了這兩個人擅長PUA他人的能力。
“算了，既然碇源堂……前司令都已經在上面蓋章，碇真嗣司令你的能力大家也有目共睹，我沒有甚麼要說的了，我會下發這個檔案，並要求各部門配合你的工作。”
“很好，不過在工作之外的時間裡，”碇真嗣彎下腰，在葛城美里的面前說道：“叫我真嗣即可，你也一樣。”
智庫的目光放在了旁邊沉默著的少女，後者聽到碇真嗣的話之後，眼睛亮了亮，輕輕點頭。
看著兩人遠去的身影，碇真嗣難得地嘆息一聲，隨後，他便在碇源堂和冬月耕造兩人的輔助下，開始逐步接手NERV的工作……
第二天清晨。
以超人般體質和能力結束了全部交接工作的碇真嗣提著自己的東西，向著葛城美里的新家走去，原本的那個小樓肯定不適合自己這樣體型的人生活，況且……他也不想在邋遢的美里房子裡住下。
用拿到的鑰匙開啟門，入目的大廳天頂極高，在靠近牆壁的地方是一圈旋轉著蜿蜒而上的樓梯，看起來是保障部的人花了不少心思才找到的地方。
走進一樓的客廳之後，碇真嗣看到了坐在沙發上，懷裡抱著瓶啤酒還邊看電視邊傻樂的葛城美里，後者聽到碇真嗣走進門的聲音，起身說道：
“真嗣你回來啦！要吃點東西嗎？”
“……”瞭解到美里的廚藝是多麼的不可救藥之後，碇真嗣用著鄙夷的目光看著前者，直到前者訕笑著撇過頭。從鼻腔發出一聲微弱的嘆息之後，碇真嗣把包放下，對美里說道：
“出去買菜，我看到附近有家24小時的超市，想吃甚麼自己買，我給你們做……另一個呢？”
“麗還在睡覺，她不像我，話說，真嗣你還會做飯的啊？！”
“以前還沒有改造的時候就會，在成為阿斯塔特之後，隊裡的隊長也教了一點，”碇真嗣隨口答道，但他的手上的動作卻微微一滯……智庫不知道自己的兄弟們現狀如何，也不敢去猜測，便只能在心底暗自希望帝皇和羅夏能夠保佑他們。
也不知道他們有沒有受傷（此時，塔茲米正在享受艾斯德斯的餵食），也不知道他們去了哪裡（此時，炭治郎正在毆打無慘），如果他們像自己一樣回到了家鄉（此時，衛宮士郎無言地看著眼前這個小個子有呆毛的碧瞳女劍士），希望他們可以完成自己未盡的心願（此時，相良宗介正在丹奴之子裡組裝第二臺10米級別的無畏機甲）……
輕笑一聲，碇真嗣開始準備早餐，說起來，他也確實感到有些餓了。
此時的某處。
“計劃發生了變化。”
“這是你的責任，碇源堂。”
“初號機的能力遠超我等的想象。”
“人類補完計劃必須被順利進行。”
“使用傀儡系統的量產機可以保證計劃的進行。”
“……倘若事不可為，我將會從肉體層面消滅他。”
數個高大的石碑漸漸消失，寬廣的房間裡重新亮起燈光，碇源堂坐在桌後，面無表情。而站在他身後的冬月則是彎下腰，低聲說道：
“沒有問題嗎？”
“原本這些人是不會活到最後一個使徒出現的，”碇源堂冷漠地說道，“既然我們的計劃發生了更改，那麼……哼，讓他們多活一段時間吧。”
“量產機的威脅同樣存在。”
“三臺EVA的力量足夠了……不，還差一點，搭載了S2機關的量產機確實威脅不小……”
“那麼，便與敵人使用同樣的武裝吧。”