異形審判庭和死亡守望戰團發現銀河中開始出現古怪的異形祭祀教派，信仰該教派的人類會發生形體變化，包括但不限於長出新的手臂等。死亡守望戰團成立了一個小組專門追查此事，但收效甚微。
午夜領主與懷言者在達薩米爾星系發生發生激烈衝突，但午夜領主方憑藉曾經的軍團旗艦夜幕降臨號的強大火力將懷言者擊潰，並掠奪了周圍的星系後撤離，消失在亞空間中。
變化靈化身丑角劇團獨角潛入靈族方舟世界伊’薩瑞達（Il'sariadh），並在劇團表演期間召喚了假面舞者。雖然支派戰士們得以阻止了大規模惡魔入侵，但方舟世界的文化依然遭到了不可扭轉的毀壞。
在阿爾迪德遠征中，黑暗天使戰團違背規定攻擊了阿爾迪德156星，並且他們成功地擊殺了分裂主義領袖保留者伊路西達克斯（實為墮落天使澤瑞亞），但在審判庭派來的代表在半路上被不明勢力襲擊並全體陣亡後，該次戰役的審查工作很快便不了了之。
第九次黑暗遠征，大掠奪者欲摧毀坎司法祿海軍要塞，並帶領他的部隊進行了安特坎尼斯大屠殺，希望能透過此舉來吸引周圍帝國部隊的注意力。但憑藉巨型星門的快速機動能力，帝國海軍和阿斯塔特戰團在短時間內，對黑色軍團等混沌阿斯塔特勢力進行了包圍和殲滅，在區域性戰場上的戰艦比甚至高達四比一。
此次黑暗遠征令黑色軍團損失慘重，但其行動成功地牽制了帝國海軍和阿斯塔特戰團的注意力，導致數支混沌艦隊被觀測到從恐懼之眼中駛出，目的地不明。
在戰役結束之後，帝國發現巨型星門在軍事上的用途遠超想象，在向圓環修會下達了更多建造訂單之後，至高領主會議開始在政治上對圓環修會予以支援。
鴉翼在追蹤墮落天使時連線損失了三名大導師。因此，鴉翼在接下來的二十年間暫時由復仇天使戰團二連長所帶領，而黑暗天使戰團領導層則在此期間重新評估了此崗位的候選人資質。
一場Waaaaaaaagh！入侵了帝國世界貝爾阿爾法，很快歐克們便打到了星球首都的牆角下。但由於帝國之拳分支部隊的存在，守軍得以堅持到聖血天使增援抵達，最終擊敗這次襲擊帝國世界的歐克獸人。
方舟世界貝爾-坦的凱恩化身對峙併成功擊敗了惡魔梅倫迪肯（Maledictum）。然而凱恩化身的武器末日哀嚎卻被死亡守望殺戮小隊破壞，其中一塊碎片被奪走。這個碎片後來被用來鑄成了惡魔戰錘裂神者。
第十次黑暗遠征開始，大掠奪者阿巴頓說服了數十個鋼鐵勇士戰幫為其效力，在經過被奴役的沉思者們數個月煎熬般的運算後，混沌聯合艦隊成功避開了卡迪安之門的防守，入侵了赫裡卡星系。阿巴頓讓自己手下的軍閥們隨意襲擊赫裡卡星區的星系來掩人耳目，自己則親自與鋼鐵勇士們一同前往了鋼鐵之手們所在的美杜莎星系。
在美杜莎星系，阿巴頓與鋼鐵勇士襲擊了圓環修會和鋼鐵之手們的駐地，並對其防禦體系以及各類守備武備進行了評估和資料收集，這些情報將會被利用到下一次襲擊中。
維斯比加入鈦帝國，由於維斯比與鈦族的思維方式大不相同，水氏族在幾乎無法與該種族達成任何協議。然而在以太給予了維斯比首領們某種“翻譯頭盔”後，維斯比便突然徹底臣服上上善道，心甘情願地讓鈦帝國吸收。
戈爾貢深空之戰爆發，俄爾普斯艦隊與謾罵者戰團以及紅色撒拉弗戰團，在十九周的時間內擊敗了試圖入侵俄爾普斯星區的綠皮勢力。星際戰士終結者帶頭跳幫了綠皮旗艦“超級巡洋艦”號，但這場戰役中逃脫的倖存者將作為海盜以及掠奪者，在接下來幾個世紀中不停地騷擾德魯維安副星區。
第十一次黑暗遠征開始，阿巴頓的第十一次黑暗遠征完全是在意外之中開始的。在第十一次黑暗遠征的前夕，阿巴頓試圖使用“不尋常”的方式穿過恐懼之眼。而這個方式便是將一隻奸奇惡魔捆綁在他的艦船上，用其充當領航員。然而，被無法破解的謎題以及一環又一環的謊言所困的奸奇惡魔被折磨得發了瘋，將阿巴頓的艦隊帶偏了數千光年之遠，最終在瘋狂的漩渦中將自己撕裂。
這一舉動扭曲了阿巴頓周圍艦隊的時空，將所有戰艦在現實世界中分散了開來。雖然惡魔領航員專案遭到了失敗，戰帥還是讓黑色軍團入侵了離他們最近的星球，主教世界瑞洛麗亞。在星球上，黑色軍團與同時試圖入侵該世界的綠皮們不期而遇。帝國、混沌與綠皮在主教世界閃閃發光的尖塔下展開了激烈的三方混戰。
最終，在帝國海軍趕來之前，黑色軍團撤退了，並留下歐克獸人獨自面對人類帝國的怒火。
-色孽惡魔王子萊爾詩·內爾拉斯（）策劃了夢魔之月周圍二十餘顆帝國世界上的惡魔入侵事件。為了保護在那附近自己的方舟世界，賽姆-悍（Saim-Hann）的靈族們與惡魔展開了長達五年的戰爭，知道靈族領袖奴阿度（Nuadhu）將惡魔王子放逐為止。
黑聖堂大元帥路多德斯（Ludoldus）帶領戰團遠征耶路拉斯星系。在此期間，星際戰士神器師西瑪格斯發現了蘭德掠奪者十字軍型的生產方式。蘭德掠奪者的這一型號很快便因它有效性而被數個其他戰團沿用。
M39晚期
處刑者戰團險些被不知名的異形種族殲滅，但星辰之爪在危機時刻前來拯救了處刑者戰團，因此處刑者欠下了一條血債。這一債務在展開的巴達布戰爭中得以償還。
太空死靈族歐羅泰普（Olotep）王朝甦醒後發現科奇洛斯已淪為死亡星球。王朝的領主們派遣他們的戰士穿過曲折的通路，最終遇見了惡魔王子博文格爾（Beublghor）。博文格爾殺光了星球上的人類居民並將星核掏空，將其充當自己的王座。隨後，博文格爾的部隊隨即屠殺了死靈族部隊，並將它們的頭顱拿去當成獎盃。
戰爭行商扎那托夫在41·普萊埋伏了殘忍的大海盜哈瓦克斯的戰列艦。在經過了長達三天的激戰後，扎那托夫將哈瓦克斯的屍骸掛在了艦船的動力撞角上。扎那托夫拒絕了再次入伍成為帝國海軍上校的提案，而是選擇繼續當一名行商浪人，消失在了虛空中。
達納斯·萊山德首次出現在帝國之拳的《帝拳榮耀錄》上，他在愛都諾的殖民橋之戰中的勝利被記錄在內。而在萊山德俘獲了艾達巡洋艦凱恩之血號後，被給予了帝拳第二連的指揮權。
加拉尼爾叛亂（）爆發，惡魔審判庭將軍審判官瑪爾法斯·克羅，利用預知教團的力量預見了吞世者戰幫即將攻擊帝國星球加拉尼爾。他那帶有懲罰性質的預先介入行為使得加拉尼爾上的居民們掀起了叛亂，而這場叛亂在狂戰士們來犯的前一天才被鎮壓。
臭名昭著的吞世者達拉克對加拉尼爾進行大規模入侵，以便將星球的居民以血神之名徹底屠殺。然而他卻在星球上遭到了審判官以及他那包括了灰騎士，暗劍戰團和黑翼戰團的部隊。
雖然狂戰士們在審判官的部隊中造成了大量傷亡，但混沌戰幫卻被整個全殲。在這之後，灰騎士第七兄弟會遭到了一大群放血者的攻擊。只有在將他們的無畏機甲改裝成了毀滅之刃型後才得以將這惡魔浪潮摧毀。
克里格正式回歸帝國掌控，軍需部發現該星球在戰爭期間欠下了大量什一稅債務，因此，克里格立刻獻上了二十支整裝待發的兵團。
鋼鐵之手的洛坎氏族，阿維尼氏族，德沃克氏族，以及格拉索科氏族突擊了破曉星（Dawnbreak）上的艾達靈族挖掘營地。在擊敗了來自阿萊托克方舟世界的艾達守軍後，鐵手們成功將遺物納入囊中。隨後，他們在艾達反擊到來時與駐守這顆星球的第17卡塔昌集團軍共同戰鬥，並掩護了後者的撤退。
第十二次黑暗遠征開始，大掠奪者阿巴頓以行星殺手為首的艦隊突襲巨型星門所在地，並利用行星殺手和混沌巫術成功地癱瘓了星門傳送能力。緊接著，阿巴頓將主要兵力集中向哥特星區，並在那裡掀起了大規模屠殺。
這場戰爭持續了數年才被遲遲趕來的帝國援軍所結束，此次被稱為哥特戰爭的戰役裡，艾達靈族與人類帝國達成了第一次大規模協作。除此之外，還有一名名為斯派爾的海軍將領嶄露頭角，並獲得了相當程度的嘉獎。
由太陽領主馬卡里烏斯所帶領的馬卡利安遠征開始，而在經過了長達七年的遠征後，將近1000個星球被帝國納入太平星區。這場七年遠征隨著太陽領主馬卡里烏斯的死亡而結束，雖然馬卡里烏斯被對外宣佈是突然病死，但實際上確是被暗殺。
儘管馬卡里烏斯的突然死亡造成了相當程度的混亂，但阿斯塔特戰團和審判庭及時介入了可能發生的叛亂，在撲滅了幾次零星的暴動之後，大多數馬卡里烏斯的下屬將領開始按照帝國法律對已征服星球進行治理和重建。
黑暗天使戰團前去鎮壓馬卡利安叛亂期間的各個內戰，鴉翼在行動過程中發現了數個邪教教團，同時也察覺到了賽弗的蛛絲馬跡。然而在萊山諾斯叛亂中與太空野狼的不期而遇，卻使得數名墮落天使得以逃脫。
第一次阿米吉多頓保衛戰爆發，當時的阿米吉多頓暴亂頻發，卻因為當地部隊不需增援以及星球與恐懼之眼距離遠而未被重視。因此，當安格隆與吞世者為首的混沌大軍乘坐太空廢船“星球吞噬者”抵達時，帝國方面未能及時作出反應。
增援而來的太空野狼與聖血天使、還有星界軍們在接下來的攻勢中艱難地站住了腳步，並拖延了足夠長的時間等待灰騎士增援的抵達。而在灰騎士一百零九名突擊終結者對安格隆發起襲擊的同時，太空野狼與帝國衛隊開始反攻惡魔大軍。
灰騎士部隊遭到了惡魔原體的毀滅性打擊，然而隨著安格隆的黑劍被名為海伯利安的年輕灰騎士打碎，安格隆得以被放逐回亞空間。入侵者剩餘的軍勢因失去領袖而作鳥獸散，最終被守軍消滅，但只有十三名灰騎士從這場戰鬥中倖存了下來。
戰鬥結束之後，審判庭開始進行資訊管制，並打算對居民以及星界軍倖存人員進行清洗，這一舉動惹怒了太空野狼的領隊洛根·格里姆納和聖血天使的戰團長但丁，在兩名阿斯塔特母團領袖的保護下，大部分星界軍得以暫時保留性命，但這些英勇的戰士很快便在接下來的、其他星區的血腥戰鬥中損失殆盡。
阿米吉多頓倖存居民們發現下一代新生兒的存活率極低，在經過多方檢查和求助之後，仍未能發現原因。同時，星球上也開始蔓延一場古怪的基因疾病，大量居民死亡。僅僅是十幾年後，阿米吉多頓便被新的殖民者所佔據。
被混沌所影響的虛無派教團奪取了格魯星系的控制權。對此作出回應的曙光女神戰團對邪教徒進行了閃電式突擊，十天之內便在斬首行動中將教團領袖以及內環全數擊殺。然而，勝利之中卻沒有欣喜，因為曙光女神戰團的戰團長赫拉克·恩胡森領主（HerakNhuson），被教團領袖臨死充滿怨恨地釋放的瓦普靈能漩渦擊殺。
慟哭者前去解放屠宰場3星奴隸採礦世界上的人類。雖然這場行動成功了，但因為慟哭者們在戰鬥中蒙受了大量傷亡，他們不得不將許多被解救出來的人類奴隸殺死，以便他們之後不會再次落入綠皮的手中。慟哭者們自身對必須做出這一行為感到無比驚恐，他們的“勝利”的果實也因此變得極其苦澀。
貝希摩斯蟲巢艦隊入侵了馬庫拉格。雖然在馬庫拉格之戰中帝國得以勝出，但整個極限戰士第1連全員戰死，第3連與第7連蒙受了極大的傷亡。戰團長卡爾加本人也在與蟲巢領主的戰鬥中險些陣亡。
先知艾卓·烏瑟安（）預見一支帝國探索者部隊即將喚醒一顆名為梅德拉克斯的死靈族墓穴世界。艾達隨即摧毀了探索艦隊以及死靈族建築群。然而在離開星球時，他們不得不與前來援救的血天使星際戰士交戰。
不幸的是，居住此地的死靈族王朝比艾達想象得要更加龐大，橫跨整個星系的數顆墓穴世界隨即被喚醒。
在聖衾世界明朗主星（LucidPrime）上，守護天使，撕肉者，太空野狼三個戰團聯合擊敗了攻擊鼠塔巢都的混沌星際戰士。
雖然撕肉者的反攻為勝利立下汗馬功勞，但對鮮血的渴望沒有被滿足的撕肉者們衝進了巢都，開始無條件地屠殺巢都居民。戰團長加百列·賽斯對守護天使和太空野狼說，他們這是在肅清被混沌腐化了的平民。
這一說法激怒了太空野狼們，導致後者隨即便開始攻擊撕肉者，這場內戰導致雙方各有百人死亡，在玷汙了兩個戰團的歷史的同時，使得這起事件永遠地以“榮譽終結”而被銘記。
出身黑暗天使軍團的榮耀騎士戰團無畏，古戰士拉班德甦醒。
這名無畏長者以強悍的近戰突擊能力、剛正不阿而又博學強記聞名早期軍團，並加入了早期六翼之一的死翼，成為罪人和異形為之恐懼的嚴酷法官和行刑人，但其剛正不二，直言不諱的性格常常讓他在軍團內部複雜的組織環境面前有所不快，並因此和不少人起過口角：他對帝皇的天平與法官們的秘密主義傾向帶有疑慮。
但考慮到帝皇賜予的黑暗科技與各種機密戰法，拉班德還是認為這一切有特定的道理。在原體歸來之後，黑暗天使內部越發複雜的組織結構、繫於原體一身的複雜知識和制度體系、內部越發展現的秘密主義騎士社團傾向都讓這位老兵，來自神聖泰拉的古老戰士憂心忡忡。
在羅夏至高領主領主召集榮耀騎士們之時，他認為變革之時已經來到，便毅然加入了榮耀騎士的神聖盟約——並投入到了噩夢般的大叛亂戰場之中。在大叛亂期間，拉班德依然保持著奮勇衝鋒而不留情面的作戰方式，永不饒恕異端的卑劣背叛，並竭盡全力的保護他能見到的友軍和帝國人民。但在荷魯斯叛亂期間與混沌惡魔的戰鬥中，他為了掩護一顆星球上普通居民的撤離而身受重傷，為了淨化身體不得不切除了大部分身體組織，匆匆埋入一臺經過至高科技改造（指羅夏的科技）的蔑視者無畏機甲，以期繼續在大叛亂與大清洗之中奮戰。
由於亞空間風暴的零星爆發和叛徒凌亂的襲擊，榮耀騎士再集結的過程中長者所在艦船迷失於風暴之中，直到第35個千年被重新發掘於一個蠻荒世界——當地的科技蠻族維護了墜毀艦船的引擎來藉以生存，讓它低功率運轉了幾千年，這保證了無畏長者的靜止立場繼續運轉，最終被圓環修會的探索隊發現並帶回修復。
死靈族阿洛特普克王朝（）襲擊了艾達處女世界賽倫提亞，以便奪取一顆疑似是虛空龍碎片的寶石。二十年後，這顆只有本體一小部分力量的碎片得以逃脫囚禁，為王朝帶來了巨大損傷的同時吞噬了十多顆星球。最終，阿洛特普克的墓穴技師（Crypteks）們成功再次捕獲這顆星神碎片。
腐敗之深戰役爆發，這是帝國與死靈族之間最早被詳細記錄在案的戰爭之一。處刑者戰團第二連響應了死亡世界腐敗之深上一座帝國哨站的求救訊號，但是卻被可怕的金屬魅影埋伏。
由於至高牧師圖爾薩·凱恩（ThulsaKane）的英勇行動，三分之一的處刑者星際戰士得以撤退。雖然星際戰士損失慘重，但他們卻得以將與死靈族戰鬥的報告帶回帝國。
巴達布戰爭正式開始。火鷹戰團開始與螳螂戰士及星空之爪為首的大漩渦守衛交戰，很快慟哭者和遊俠戰士戰團也加入了戰局，並導致戰鬥開始向著更加激烈的方向發展。
隨著星際戰士公開戰場中互相廝殺，泰拉至高領主們終於注意到了大漩渦地帶的情況。作為回應，他們派出了一支規模龐大的海軍特遣艦隊，還有內政部審查員、審判庭特使以及阿斯塔特軍團議會代表。
這個特遣隊決心找出戰鬥的起因，他們首先要求所有參與者停火，並要求分裂份子投降接受訊問，但這一要求遭到星空之爪戰團長拉夫特·休倫斷然拒絕。
隨後，更多的帝國方戰團加入了戰鬥，尤其是牛頭人戰團和太空鯊魚戰團，前者用一場令人印象深刻的伏擊摧毀了慟哭者戰團，並導致其直接退出了戰鬥，而太空鯊魚戰團則是對螳螂戰士戰團發動了迅猛的打擊，並迫使其投降。
在帝國方的夾擊和壓迫之下，拉夫特·休倫的星空之爪遭遇了巨大的損失，而後休倫便徹底叛離帝國，投入混沌的擁抱，並帶領其戰團殘餘人員成為混沌阿斯塔特戰幫“紅海盜”。
巴達布戰爭落下帷幕之後，大漩渦星區成為了混沌勢力出入現實宇宙的另一個視窗，從那湧出的混沌勢力持續不斷地騷擾著帝國，並有向其他星區蔓延的趨勢。
而在巴達布戰爭中落敗的忠誠戰團，如慟哭者等則是遭到了牛頭人戰團的追殺，但從泰拉而來的海軍特遣艦隊制止了這一行動，其中阿斯塔特軍團代表古戰士拉班德更是直接與牛頭人戰團戰團長進行了榮耀決鬥，成功阻止了追殺的繼續。
聖血天使戰團戰團長但丁在巴爾的修道院內再次見到大天使聖吉列斯的幻象，在與後者進行了一段交談之後，但丁收到了維特里亞（Vitria）星系失去聯絡的訊息。在徹底失去聯絡之前星系的星語者只來得及發出一條微弱的求救訊號，裡面提到他們遭到了某種數量龐大的異形的攻擊。
？？？.M41
大掠奪者阿巴頓開始醞釀第十三次黑暗遠征，與此同時，數千道銀色的閃光出現在帝國宇宙內……