由於叛軍的主動撤離，天黑的時候戰鬥終於平息下來。新軍和黑旗軍總計傷亡兩千三百人，其中戰死者八百多人，新軍就佔了其中的兩百。叛軍退出西貢後，直接往柬埔寨邊撤了回去，卡爾蒙多的對杜白蕾的解釋是，阮福清預料中的一呼百應的局面並沒有出現，老百姓沒幾個人出來幫忙，倒是不少叛軍士兵趁亂搶劫，讓城內的老百姓拿菜刀看死了幾個。
重新整好隊伍的餘震率部再打算找叛軍決戰的時候，叛軍早就跑的老遠了。西貢叛亂居然以這麼一種方式結束了。
一個星期後，沈從雲從河內趕到西貢。
所有在新軍中的學生兵都被沈從雲一道命令，全部在指揮部外面的操場上列隊集合。
“出發的時候我是怎麼一再叮囑你們的？你自己說。”沈從雲臉色陰沉如寒冰，揹著手面對著站在面前的餘震和趙星龍。其他學生兵這時候也都是知道這是暴風雨來臨之前的預兆，一個一個連大氣都不敢喘，挺直了腰板站著。
餘震和趙星龍不說話，只是昂首挺胸站著不動，一臉的愧色。
“不好意思說是不是？那好。我來說。”沈從雲氣地吼了起來，衝著餘震和趙星龍大聲道：“出發的時候，我一再對
凡事要多聽參謀長的，你說你怎麼做的？身為代理協不到手下六個營官。二十幾個哨官，參謀長提醒你的時候，沒有立刻意識到問題的嚴重性，遷延再三才派出通訊兵，我說地沒錯吧？沒冤枉你吧？”
沈從雲說著聲調慢慢的降了下來，目光嚴厲的朝那些列隊的學生兵看了過來，看的他們一個一個的都低下了腦袋。
“參謀長說你們是一群民兵，我看他這是抬舉你們了。照我說，你們連民兵都不如，你們就是一群烏合之眾。我沈從雲要的是一支紀律嚴明，戰術素養高的軍隊，不是一群打起仗來就知道一湧而上農民。端著刺刀衝鋒很過癮吧？身為指揮官，你們對得起那些因為沒人指揮而亂衝，最後倒在敵人槍口上地士兵麼？”沈從雲這一次是對所有學生兵說的，所有學生兵都被說的面紅耳赤，沒有語言。
“看來你們都很有必要，去進修一下指揮藝術了。”沈從雲說著臉色又是一寒。大聲道：“餘震，趙星龍，身為主要指揮官，這次戰鬥指揮嚴重錯誤，現決定降職為營官，交出指揮權。回河內待命。”
說到這沈從雲停了一下，然後才大聲喊道：“全體都有了，繞操場跑20圈，都給我長點記性。”
學生兵們轟然應道：“是！”
然後由余震喊著口令，開始跑圈。
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看著學生兵們在賣力的跑圈，沈從雲回頭對弗朗索瓦笑道：“參謀長閣下，你覺得這樣的處理可以麼？”
弗朗索瓦聳了送肩膀道：“總督閣下，您的治軍是嚴格的。我為有您這樣的僱主感到榮幸。當然，你要是願意給我漲點薪水，我會更榮幸的。”
一直板著臉的沈從雲，總算是笑了出來。揹著手往回走。邊走邊道：“弗朗索瓦，我打算留你在西貢，協助劉永福鎮守，薪水是不會給你漲地，不過這一次你提醒的很對，獎勵一個月的薪水，如何？”
弗朗索瓦聞聲大喜，連連點頭，哪裡曉得沈從雲這是在糊弄他，這次鎮壓西貢叛亂，所有官兵一律是開雙餉的，還有雜七雜八的燒埋費安家費等。一開戰就是意味著要花銀子啊，這一仗打的沈從雲心疼啊，死了八百多人，教訓太深刻了。
沈從雲和弗朗索瓦專程去看了在養傷地劉永福，病床上的劉永福也深感不安，畢竟西貢是他的轄區，這一次要不是沈從雲增援及時，黑旗軍就完了。
沈從雲安慰了一番，提出今後應該加大扶持越南偽軍的力度，不然以現有兵力，越南和柬埔寨已經南掌的邊境，根本形同虛設，叛軍想進來就進來，是在是防不勝防。
另外沈從雲覺得新一輪的擴軍計劃要改動了，這麼大一個越南，沒有個三五萬人，根本就顧不過來。沈從雲猶豫了一下，還是對劉永福道：“劉大人，從雲打算改編黑旗軍，將黑旗軍擴充為一個鎮的兵力，只是不知道劉大人有何想法？”
劉永福臉色微微的變了變，改編意味著自己日後對軍隊地控制權有所下降，沈從雲會安插很多人到軍中來。
“劉永福的命都是沈大人救在，再說朝廷的意思黑旗軍也歸在沈大人的麾下，沈大人要改編，自然是情理之中地事情。”劉永福還是很誠懇的表明了歸順的意思，這就基本意味著劉永福今後就跟著沈從雲混了，而不是以前那個整天又要跟法國人拼命，又要防備朝廷的天地會頭子了。
“呵呵，黑旗軍番號不變，劉大人的官職也不變，以總兵一職統帥改編後的黑旗軍。”這句話算是給劉永福吃了顆定心丸了，劉永福聽了面露感激之色，掙扎著要坐起來給沈從雲行禮，沈從雲趕緊按住道：“別動，躺著。多多休息，早點好起來，隊伍還等著你來帶呢。”
離開劉永福，沈從雲又到救護所去轉了一圈，看望那些受傷計程車兵。士兵們見沈從雲的來到，輕傷的紛紛站起敬禮，沈從雲說了一些鼓勵的話，最後才對大家道：“凡是受傷的兄弟，這個月發三倍的餉銀，戰死的兄弟補發五倍的餉銀。”這番話說的一干傷兵歡聲雷動，說了半天也就這句是在一點，這年月要想士兵賣命，就得多花銀子，指望用民族大義來教育士兵們，跟腦殘沒區別。
看望過傷兵，沈從雲回到指揮部內，滿身是汗的餘震和趙星龍已經回來，正站在門口等候著沈從雲。
沈從雲看見他們兩個，冷冷的哼了一聲，徑直走進辦公室內。
餘震和趙星龍趕緊跟進來，一起敬禮道：“沈督！屬下……。”
“別跟我說甚麼愧對我，我不想聽。你們兩個，回去收拾收拾，過幾天跟我一起回河內，然後給我滾到德國去，我已經拜託鄭先生聯絡好了學校，到了德國給我好好學，學不好別回來見我。”
沈從雲這番話當真是愛之深責之切，餘震和趙星龍聽著眼睛一酸，啪的一個立正敬禮道：“是！保證不給沈督丟人！”
沈從雲微微的輕嘆道：“都辛苦了，下去洗一洗休息吧。好好總結一下這次戰鬥，給我寫個報告交上來。”
餘震和趙星龍走了，沈從雲很是無奈的苦笑著，這一次戰鬥暴露出來的問題實在是太多了，這麼一支軍隊，對付烏合之眾還湊合，真的遭遇上列強的正規軍，別說打仗了，光是指揮就能亂了套，更別說自己對軍事基本是外行。要建設一直現代化的軍隊，這些問題真可謂是迫在眉睫了，不是說有人有槍就是軍隊的。
<b>第三部第十九章總參謀長
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南發生的叛亂，由於沈從雲的刻意壓制，訊息並沒有往上報給清廷的奏本，不過是簡單的說了一句“西貢民性為法夷所惑，騷動一日，旋定”。這樣一句形式的話，落到朝廷的耳朵裡，和一般的百姓鬧事沒甚麼區別，自然也就沒有人來問究沈從雲靖邊不利的罪過。
1886年發生的一件事情，同樣沒有重視。
1886年8北洋水師“定遠”、“鎮遠”、“濟遠”、“威遠”在停泊日本長崎補給、維護時（為鐵甲艦例行.船底，以防鏽蝕，當時因中國尚無可以容納“鎮”二艦的堅甲巨炮引起日本朝野一片恐慌。13日、15日中國上岸假的水兵與日本人發生爭鬥，造成多人死傷，後在中國的外交、軍事壓力和西方列強的調停下，以互賠損失告終，史稱“崎案”。自此之後日本便下定決心以“定”、“鎮”二艦為假想敵，製造了所謂的三景艦。
當北洋水師定、鎮兩艘近8噸級的龐大戰艦出現在長崎港的時候，整個日本朝野為止震動，民間甚至有“日本末日來臨之感”。山一般的身軀，305米的巨炮，水線上14寸、水下12英寸的裝甲，絕對是名副其實的亞洲第一鉅艦。
從此日本舉國上下。皆以擊沉定、鎮2為己任，天皇甚至掏腰包給海軍購買戰艦，這與清朝政府之間對海軍地態度形成了強烈的發差。
遠在越南的沈從雲，雖然早就知道會發生這次事件，但是也只能寄希望於李鴻章去影響朝廷，增加北洋水師的投入。對於這次事件。沈從雲專門給李鴻章寫了一封長信，其中一再的強調，經此一事，日本必舉全國之力發展海軍。彼雖小國，染其稱霸亞洲乃至世界的野心不小，往李鴻章從個個方面入手，嚴密注視日本海軍地變化的同時，加大對北洋水師的投入。
這封信到底有沒有起作用沈從雲不得而知。李鴻章的回電只是輕描淡寫的說了一句“知道了”，並沒有更多的透露其內心的真實想法。
沈從雲的判斷李鴻章和朝廷大致會如同歷史上那樣，後期對北洋水師地投入基本都停止了。想到中日之間必不可少的一戰，沈從雲只好回電給李鴻章，含蓄的表示“從雲得中堂提攜，此恩永世不忘，但中堂有所驅馳，定不落後日之下。”
沈從雲這話的意思就一個，為日後埋下一個伏筆，沈從雲是絕對不願意看見北洋水師這隻海上力量的戰敗的。就算朝廷沒錢添置戰艦，沈從雲也打算私下套腰包，多少給北洋水師換點新式的速射炮，買點炮彈。這樣的話，北洋水師和日本人打起來，結果就很難說了。
1886年很快過去了。1887之初，中葡之間簽署了《北京條約》，主要內容如下：
中國堅準葡萄牙永駐管理澳門以及屬澳之地，與葡國治理他身處無異；中國保留了葡萄牙如將澳門讓與他國，必須經過中國同意的權利。
葡萄牙得派公使駐北京，並在通商口岸設領事。
葡萄牙取得領事裁判權
葡萄牙人可享中國已給或將給其他國家的通商特權，在通商口岸有居住、租買土地、建造房屋、設立教堂等權利
可笑地清政府，面對葡萄牙這麼一個日落西山的小國。居然也沒有硬起腰桿來，澳門算是徹底的賣出去了，歷史上一直到1999年才收回。
廣寧！
由德國技術人員領銜，吳仰增、榮光、詹天佑等沈從雲能找到的本國人才輔助。一座現代化的高爐開始奠基。準備了充足銀子的沈從雲，可不想學張之洞，斷斷續續歷時四年才建起漢陽鐵廠。
廣寧鐵廠地規模比起漢陽鐵廠略下，設計規模是年產三十萬噸，預計工期一年半的綜合性鍊鋼廠。
同時開工的還有河內的兵工廠，預計半年內完工，年產德國毛瑟快槍六千條。之所以能如此一切還算順利的進行，這其中斯蒂芬起到了關鍵性的作用，尤其在技術準備上，斯蒂芬利用家族的影響力，成功的引進了數百名相關地技術人員隨船到了越南，當然這些人的薪水開的也不低，為此沈從雲委託鄭觀應和德國一系列軍火商簽署了十幾份長遠的訂單，未來五年內，將從德國購買毛瑟步槍一萬條，各種口徑地火炮一百餘門，其中還有一條非常關鍵，一旦沈從雲要購買戰艦，只能是從德國購買。