崇禎在吳三桂離開京城後，便開始著手整理朝綱。
這一次的京城危機讓他見識到朝堂上那些朝廷命官的嘴臉，那時候的他是多麼的無助。
無數次，他的心都接近崩潰，一種挫敗感油然而生。
但他不想放棄，不想讓大明的江山就這樣毀在他手裡。
然而，現在把持朝政的大多都不是他提拔的人，根本不可能向著他，因此，他頒發了幾道旨意，都被一眾朝臣駁回。
崇禎又一次被挫敗了，坐在龍椅上，板著臉，一言不發。
下朝後，王承恩抱著一大疊奏摺走了過來，輕輕放下，對崇禎說道:“皇上，這是今天的奏摺”。
崇禎把奏摺掃在地上，憤怒的說道:“朕日夜廢寢忘食的批改奏摺，又有甚麼用？”。
崇禎站了起來，指著地上的奏摺，憤怒說道:“別以為朕不知道，這些奏摺都是他們挑好的，他們想朕知道的便呈上來，不想朕知道的都給朕扣下來”。
王承恩聽了，馬上小聲對崇禎說道:“皇上，小心隔牆有耳”。
崇禎被他提醒，馬上想到了甚麼，對王承恩說道:“王公公，朕拜託你件事”。
王承恩一聽，慌了，跪在地上，磕了兩個響頭，說道:“皇上，你太節煞小人，有話請說”。
崇禎蹲下來，眼神露出殺意，小聲的對王承恩說道:“王公公，幫我把那些人暗中處理掉”。
王承恩眼睛溼了，又磕了個頭，說道:“奴婢遵命”。
崇禎深深的看了王承恩一眼，拍了拍他的肩膀，站了起來。
王承恩感動的站了起來，退出去。
當他轉過身的那一刻，他唯唯諾諾的樣子變了，他直起腰，眼中兇光畢露。
他回到了自己的住處，悉心挑選了幾十個身手好的小太監。
這些小太監全是王承恩精心培養的殺手，他們得到王承恩的命令後，換上夜行衣，偷偷來到崇禎的寢宮，找到目標，靜靜等待刺殺時機。
崇禎估算著王承恩應該準備好了，便裝病，喝退大部分侍衛。
那些小太監等到崇禎入睡，便開始行動。
一夜間，崇禎寑宮的一些侍女和侍衛以及太監莫名的消失了。
第二天，崇禎在朝堂大發雷霆，大罵御林軍與錦衣衛辦事不力，將一眾御林軍和錦衣衛高官革職查辦，並讓王承恩的人代替他們的位置。
朝臣當然不同意，強烈反對，但這次崇偵的理由充分，吵了半天，他們不得不妥協。
這讓崇禎高興了好幾天，他命王承恩查出其中的奸細，再次暗殺掉。
王承恩默默的看著崇禎的背影，他發現崇禎在京師之危解除後，完全變了個人，不再固執，也不再死板。
對此，他是高興的，他覺得大明也許還有救。
在掌握了錦衣衛和御林軍後，崇禎說話硬氣了不少，在朝堂上也不再盲目聽從朝臣的意見，適當的反對。
這讓朝臣再次感到危機，再次密謀派人滲入或者收買御林軍和錦衣衛，但都被王承恩發現，偷偷暗殺掉。
崇禎趁此機會，順藤摸瓜殺了幾個大臣，並按王承恩給他的名單，把名單上面的人陸陸續續提拔上來。
隨後，他開始不再重用東林黨成員，致使東林黨不再一支獨大，出現了多個流派，朝堂也開始出現勢力平衡的局面。