學校的實驗室條件沒那麼好。
空調老化,地方不大,房間裡人也有點多。
條件算是艱苦吧,大家卻一點不覺得累,一個個熱血沸騰的,就想著快點把這個專案做出來。
陳浩上次這麼有動力的時候還是在大二夏天,跟老江去參加網咖舉辦的CS1.6網咖賽0
時過境遷。
曾經的M4網癮少年,現在已經變成使用移液槍的高手了。
蔡卓群將無酶水吸出,打入離心管底部,反覆吹打。
王曉晴觀察片刻後說:「測一下吧。」
蔡卓群點點頭,拔下槍頭,拿著樣本走到NanoDrop分光光度計前。
用移液槍吸取了1微升樣本,滴在檢測基座上,放下檢測臂,在連線的舊桌上型電腦上點選了測量。
螢幕上很快跳出了資料。
陸曉林停下了手裡的活,轉頭問道:「多少?」
蔡卓群:「濃度12ng/ul,A260/280比值是,A260/230比值是0.7。
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王曉晴盯著螢幕看了一會兒,有點無奈:「這已經是第四批廢樣了————」
專案的難度遠遠超出除江河外所有人的預期。
雖然之前江河用加入DMSO的方法,解決了PCR擴增階段引物二聚體的問題。
但解決了一個問題,接下來還會出現更多的問題——
現在的瓶頸,卡在了提取上。
miRNA在血液中的含量極低,且非常容易被血液中的RNA酶降解。
純度不夠。
A260/280的比值正常應該在1.8到2.0之間,低於1.8就意味著樣本中存在大量的蛋白質汙染。
而A260/230比值只有0.7,更是說明裡面混了大量的酚類物質或者鹽離子。
用這種樣本去做下一步的逆轉錄,雜質會讓逆轉錄酶失活,後面的PCR擴增根本跑不出真實資料。
蔡卓群試圖尋找原因:「王教授,是不是氯仿的用量不夠?我們在取上清液的時候,可能還是帶入了一些中間層的蛋白質。」
王曉晴搖搖頭:「上一批我們已經把氯仿的比例提高了百分之二十,離心時間也延長了五分鐘,純度是稍微好了一點,但是濃度直接掉到了5ng/ul以下。」
陸曉林在一旁分析:「血清裡全是蛋白,遊離的核酸少,TrizoI提取法,用在血清上,天生就有缺陷。」
實驗室眾人,陷入沉默。
其實在後世,有專門針對血清的柱提法商業試劑盒,傻瓜式操作,半個小時就能得到高純度的miRNA。
但在08年,專門針對液體活檢的試劑盒在國內根本買不到,就算買到了技術也還遠未成熟,所以只能用最基礎的化學試劑,手工一步步去摳。
蔡卓群問:「王教授,有什麼辦法沒?」
王曉晴:「別問我,江河呢?江河去哪兒了?」
陳浩舉手:「老江說有點事來著,馬上回來。」
王曉晴:「那大家先停一下吧,休息十分鐘。」
曉晴教授現在也是學聰明瞭。
自己苦哈哈研究半天,不如江河回來一句話直接解決。
與其浪費腦細胞,還不如休息休息,儲存體力————
眾人出去休息時。
易向晚和顧亦舟去給大家買水。
在路上,易向晚罕見地沒有開玩笑,略顯憂愁的說道:「師兄,你說咱們這專案,到底能成嗎?」
顧亦舟看了他一眼:「怎麼了?不想幹了?」
「哎呀,那肯定不是啊,只是————我在想一件事嗷,退一萬步講,就算我們今天把提取純度的問題解決了,就算接下來的逆轉錄、PCR體系全部都解決了,然後呢?」
顧亦舟皺著眉頭。
易向晚接著說:「我們該如何驗證呢?既然是胰腺癌早篩,那到了最後,驗證模型是否有效的話,我們需要真正的患者樣本吧?」
「而且,我們需要的是【看起來完全健康,但實際上剛患上極早期胰腺癌的患者的血】。」
其實這個問題,幾個核心組員心裡都有想過。
只是大家都在悶頭幹活,誰也沒有捅破。
因為胰腺癌的隱蔽性極強。
當患者因為腹痛、黃疸去醫院就診時,往往已經是中晚期了。
極早期胰腺癌,患者自身沒有任何症狀,常規體檢也查不出來。
所以,想要拿到這種樣本,唯一的途徑就是依靠完善的血清生物樣本庫。
就是醫院長期儲存大量體檢人群的血清,幾年後,當其中某些人被確診為胰腺癌時,研究人員再把他們幾年前還是健康狀態時的血清找出來,用來測試江河的早篩模型,看看能不能在幾年前的血液裡發現異常的miRNA升高。
但現實是,08年的中國,沒有醫院擁有如此完善的高質量血清生物樣本庫。
協和也沒有。
「所以,如果找不到驗證資料,驗證資料就沒意義————」
「喝什麼?」顧亦舟打斷了他。
「啊?哦,呃,可樂吧,可樂就好。」
易向晚接過冰可樂,在自己的脖子上滾了一圈,好涼。
而後他說道:「師兄,我說這個不是打擊老大的意思,我的意思是————」
「行了,別解釋了,想那麼多幹嘛?這些問題是老大需要考慮的,我們現在的任務是把提取這關過了,別到了最後,老大從歐洲、從挪威、從美國把樣本找來了,結果咱們連RNA都提不出來,那才叫丟人。
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「靠,也是啊!確實有點想太多了————」
兩個人帶著水回到實驗室。
發現江河已經回來了,正站在NanoDrop的螢幕前。
而且王教授正在乖巧地彙報情況:「純度提不上去,TrizoI的侷限性,血清裡的蛋白含量遠超組織,吸取上清液的時候,不可避免地會帶入雜質,如果要避免帶入雜質,就只能吸取最表層的少量液體,但那樣RNA的濃度又達不到下游PCR的要求,咋辦?」
江河淡然道:「不早跟你們說過了?加糖原。」
實驗室裡的人都愣了一下。
老組員雖然聽過江河講這個事情,但是大家都不知道具體該怎麼執行啊————
「噢,怪我,講的不夠細。」
江河隨後解釋道:「在加入異丙醇沉澱之前,往水相里加入5微升濃度為5mg/ml的糖原作為共沉澱劑,不僅能作為載體幫助極微量的RNA聚集沉澱,還能讓最後形成的沉澱團塊變得肉眼可見,方便後續洗滌,減少丟失。」
陸曉林思考了一下,提出了疑問:「可是這解決不了雜質的問題啊,只要我們用移液槍吸水相,還是會吸到蛋白。」
江河回答:「所以,洗兩遍,雙重氯仿抽提,第一次加氯仿離心後,吸取上清液,移入新的離心管,然後,往吸出的這部分上清液裡,再加一次等體積的氯仿,劇烈震盪,進行第二次離心,簡單來說,犧牲第一次的取液量來換取純度,然後再透過加入糖原共沉澱,把濃度拉回來。」
這下大家聽懂了。
王曉晴在心裡給自己點了個贊。
放棄思考,果然是正確的。
一聽江河的就完事了!
一嘖,要是每個專案都能有一個江河就好了,就不用天天在實驗室熬掉頭髮。
曉晴教授馬上就要步楊煦的後塵了。
楊煦也是,自從跟江河合作上了手術檯之後,就很想每次上手術檯都把江河帶上了——
教授們需要嚴肅反思這種過於依賴江河的行為。
實驗在新方案下,再次開始。
高速冷凍離心機,蓋上蓋子,設定引數:4攝氏度g,15分鐘。
離心機運轉的時候很吵。
江河隨便找了個凳子坐下,繼續往後推演接下來的研究。
剛才他離席出去打了個電話,聊的就是血清的事情。
「放心吧,江河,我會走歐洲高規格的聯合醫學科研通道,透過跨國乾冰冷鏈把極早期患者的血清特批空運過來————」
說出這話的顧老師,真是令人安心啊。
實驗室裡其他人都有些緊張,大家都在等待這15分鐘後的結果。
易向晚看著江河的背影,濃濃的安全感瞬間湧上來了。
彷彿只要他在,所有的問題就只是簡單的步驟調整——————
想必血清的問題,老大也一定能搞定的。
確實是自己多慮了啊。
但易向晚不知道的是。
江河此刻的平靜,到底是經歷了什麼才換回來的。
那時的醫療技術比08年先進得多。
但對於江河來說,卻是一個毫無意義的時代。
她走得很快,胰腺癌晚期,從發現到離世,痛苦而短促。
妻子去世後的那三年,他幾乎住在了實驗室裡。
瘋了一樣地查閱文獻,去研究胰腺癌的早期標誌物。
總是在想,如果能早一點發現,她是不是就不會死?
近乎病態的偏執,支撐著他最後一口氣。
當時江河也面對了這個提取純度的問題。
那時的試劑盒雖然好用,但成本極高。
而且對於極其微量的標誌物提取依然不夠穩定。
為了找到一套穩妥且成本可控的提取體系,他獨自摸索。
加多少濃度的糖原?離心機的溫度差一攝氏度會怎樣?轉速提高500g會帶來多少剪下力的破壞?
前世的他,沒有人指導。
在一次次的資料包錯中,在一管管作廢的樣本中,在一整夜一整夜的失眠中,凝聚出了這套完美的方案。
一萬次失敗,才換來一次穩定的讀數。
那時的實驗室比現在寬,裝置比現在先進,但那是他這輩子待過最冷的地方。
所以現在。
秋日正好。
只需要把曾經刻在骨子裡的正確答案拿出來,就像在數學題上,毫不猶豫地寫下那個唯一解。
「滴一」
離心機停止轉動。
蔡卓群立刻上前,小心翼翼,取出離心管。
管底,出現了一個白色沉澱。
加入糖原後,成功析出RNA複合體。
加入無酶水溶解。
移液槍吸取1微升。
滴入NanoDrop基座。
測量!
新的資料出現。
濃度:14ng/ul。
A260/280:。
A260/230:。
極其完美的資料!
雖然濃度只有十幾,但這已經是普通提取法的數倍,最關鍵的是,它的純度極高,足夠支撐下游的逆轉錄PCR。
王曉晴久久沒有說話。
她知道在現有的條件下,手工把血清RNA提取做到這種純度和濃度,意味著什麼。
這意味著極致的原理掌控和引數理解。
這意味著,江河隨口說出的幾個步驟改動,直接跨越了當前業內好幾年的摸索時間。
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她轉過頭,看向江河。
在這個二十一歲的學生身上,她甚至看到了一種令人敬畏的科研壓迫感。
作為一個無神論者,江河身上有仙家的傳說,現在是不得不信了————
陳浩最淡定。
他被江河裝過最多的逼,自適應拉滿。
於是淡定道:「老江,純度過關了。」
江河點頭,在實驗記錄本上邊寫邊說:「提取這一步的標準作業程式就按這個定下來,接下來的所有血清樣本,全部按照雙重氯仿加糖原的流程提。」
江河不忘誇了一句:「進度我很滿意,各位,辛苦了,繼續吧,我得去一趟醫院,接下來的工作交給你們。」
眾人齊聲應道:「收到!」
江河洗完手,雙手揣兜,離開實驗室,帥得沒話說。
在他腦海裡,其實有一個非常明確的進度條。
【miRNA胰腺癌早篩專案進度:25%——————】
提取流程攻克,再漲十個百分點。
【miRNA胰腺癌早篩專案進度:35%————】