不過，在盧浮宮的拍攝，遇到的麻煩可遠遠不止來自於劇組本身的問題。
根據協議規定，劇組每天的拍攝素材必須在當地警員的監督下，原地封存，並於第二天轉交給盧浮宮館長亨利·盧瓦雷特。
經過盧浮宮館方專業人士的逐幀稽核過後，如出現一些不方便公佈的細節，則必須無條件刪除，然後才能再返還給劇組的手中，作為電影的有效素材。
在第四天的館內拍攝程序中，當盧浮宮館長在看到前一天的拍攝素材後，特意發來傳真，在劇本的情節中嚴令要求刪除“《蒙娜麗莎》映象反轉出黑爵士頭像”的相關情節。
語氣與措辭非常嚴厲：“《蒙娜麗莎》是世界著名的藝術珍品，這樣的處理方式是對藝術的褻瀆，會誤導觀眾。”
但是這就讓李陸難辦了，這個情節是原著中最為關鍵的部分，也是電影的亮點之一，甚至於其映象反轉的CG特效，遠在米國的工業光魔已經開始建模掃描並渲染了。
如此重要的特效鏡頭，李陸還是交給工業光魔製作更放心些。
他很清楚，自己剛剛初創的特效製作部，還沒辦法承擔如此重要的工作。
在反覆的與遠在大洋彼岸的工業光魔的專案經理溝通後，最終李陸採取了一個相對摺衷的方案：保留鏡頭，但弱化輪廓，讓觀眾覺得是自己的想象，而不是電影的刻意呈現。
接到修改指令的CG特效師，開始不斷調整映象畫面的對比度：“我會反覆嘗試，找到最合適的效果，既保留情節，又不會引起過多爭議。”
而李陸也把這個兩全其美的解決方案報給盧浮宮的館方進行審批，在得到館長亨利·盧瓦雷特的批准後，李陸總算是長舒了一口氣。
此時此刻，遠在米國舊金山萊特曼數碼藝術中心的工業光魔的CG特效工廠內，跟組的副導演和特效師一遍又一遍地調整著畫面。
在嘗試了幾十次的重構與渲染後，當看到蒙娜麗莎的微笑與達·芬奇自畫像的輪廓若隱若現時，副導演終於滿意地笑了：“李導要的就是這個效果！讓觀眾在疑惑中探索，這才是《達·芬奇密碼》的魅力所在。”
當然，影片拍攝遇到的麻煩是來自方方面面的。
作為雷·提彬居住的城堡，距離凡爾賽宮附近的巴黎西北部35公里的威利特城堡，也是取景的重頭戲。
不過城堡的主人有個要求，那就是不準對書房的壁爐有任何形式的觸碰。
在《達·芬奇密碼》的原著中，很多書迷都以為那裡藏著拱頂石，這要是被破壞了，會引起很大麻煩的。
為此，劇組不得不用臨時的鐵欄杆將壁爐給攔起來，等到後期特效製作時，再行去除。
道具組在佈置書房場景時，突然發現城堡原有的壁畫與劇本中的描述，當然也與小說的原著不符。
不知道是不是作者丹·布朗為了拉滿小說的懸疑效果，而特意虛構了小說的情節？
總之，這給李陸造成了很大的困擾。
維持實景拍攝吧！和小說原著不符。
按照原著拍攝吧！又和現場事物不符。
劇本里要求書房牆壁上有聖盃與聖母重疊的圖案，但城堡裡的壁畫是關於中世紀戰爭的，如果不修改，會直接影響劇情的連貫性的。
甚至會給觀眾呈現出一種不和諧割裂感，嚴重影響影片營造出的那種懸疑氛圍。
李陸看了看手錶，已經下午四點了，距離明天的拍攝還有一整晚的時間。
“馬上聯絡畫師，讓他們連夜在書房牆壁掛上畫布，繪製聖盃與聖母重疊的圖案，”李陸果斷地做出決定，“我會調整拍攝計劃，先拍攝其他場景，給畫師爭取時間。”
這種高仿四五百年前歐洲名家畫作的畫家，在巴黎這座世界藝術之都，有很多。
尤其是那些地下畫廊，有著批次生產的一整條灰色產業鏈。
畫師們趕到後，立刻開始工作。
他們先用鉛筆勾勒出圖案的輪廓，然後調配顏料，小心翼翼地繪製著。
直到第二天早晨，壁畫終於繪製完成.
當劇組人員齊聚畫布前欣賞之時，大家都為畫師精湛的畫功所征服。
其實繪畫的複雜圖案並不難，難就難在要在畫布上呈現出壁畫的感覺，一切的光影明暗與壁畫的紋理，都需要嚴絲合縫。
在眾人的眼裡，這就是一幅完完整整的真跡壁畫，而非畫布上呈現的贗品。
畫布上的顏料還未完全乾透，但在這些專業人士看來實在是小菜一碟。
將專業的烤燈調整到特定的頻率，按照畫師的說法，肯定能趕在中午前，將顏料與油墨乾透。
“太好了，趕上了！”李陸看著壁畫，興奮地說，“我們中午就可以開始拍攝蘭登和索菲解讀壁畫密碼的場景了，大家都打起精神來！”
之後，在拍攝“蘭登解讀城堡密碼”的戲份時，意外發現劇本里描述的“斐波那契螺旋線”與城堡實際的建築結構不符。
城堡的樓梯扶手是直線設計，而劇本里要求樓梯扶手呈現螺旋線，與密碼圖案呼應。
“如果按照實際結構拍攝，觀眾會覺得很突兀，”李陸拿著劇本，對道具師說，“蘭登是符號學專家，他不可能忽略這麼明顯的結構問題。”
李陸看著樓梯扶手，陷入久久的沉思，好半晌才對道具師說：“在樓梯扶手外側加裝一層可拆卸的螺旋形扶手，用輕質材料製作，拍攝結束後再拆下來。另外，在樓梯臺階上貼一層印有螺旋線圖案的貼紙，透過鏡頭角度和打光，讓螺旋線看起來像是扶手和踏步的一部分。”
道具組立刻行動，對於好萊塢的專業人士，他們會隨組準備大量的模型材料。
在十幾個人的齊心協力下，只用了半天的時間就迅速的完成了樓梯的改造。
當李陸扶著螺旋形扶手走下來，手指撫摸著扶手錶面光滑的螺旋線時，他是真的不得不感嘆於好萊塢劇組拍攝工業化的強大。
同樣的問題，如果在國內，估計劇組至少要趴窩三五天。
而在這裡，時間不足六個小時，就已經圓滿的解決了。
現場拍攝儘管困難重重，好在全劇組的人員齊心協力，將困難一一化解。