宇宙同盟的整合計劃在各星域同步推進。蕭辰前往西部星域，說服那裡的“巖魔族”加入同盟。巖魔族世代居住在小行星帶，擅長煉製礦石武器，他們的熔岩能量對黑色晶體有一定的剋制作用。
初次會面時，巖魔族族長對宇宙同盟的提議並不感興趣。巖魔族與世無爭數萬年，從不參與宇宙間的紛爭。蕭辰沒有強行勸說，而是展示了黑影戰士侵蝕星球的影像，以及靈曦本源晶核的能量樣本。
當看到自己世代守護的礦石被黑色晶體腐蝕的畫面時，巖魔族族長的臉色終於變了。他沉默片刻後，同意帶領族群加入同盟，但提出一個條件：宇宙同盟需協助巖魔族遷移至資源更豐富的星域，避開黑暗勢力的第一波衝擊。
蕭辰立刻答應，機械帝國的工程艦隊隨後抵達西部星域，幫助巖魔族搭建新的聚居地，同時學習巖魔族的礦石煉製技術，將熔岩能量融入混沌能量導彈，提升武器威力。
與此同時，阿炎前往南部星域的“水域族”尋求合作。水域族生活在氣態行星的海洋中，掌握著水之本源能量，能夠淨化多種有害能量。但水域族內部正爆發內亂，老族長與年輕的反叛者爭奪統治權，反叛者認為應該投靠噬界族群，以換取生存空間。
阿炎抵達時，水域族的都城正被反叛者圍攻。老族長率領 loyal 派戰士頑強抵抗，但反叛者擁有少量黑色晶體武器，防線逐漸崩潰。阿炎當機立斷，率領隨行的靈曦族艦隊介入，靈火能量與水之能量結合，形成強大的蒸汽衝擊，將反叛者的陣地衝垮。
反叛者的首領是一名水域族的年輕將領，他被黑色晶體的力量誘惑，認為只有投靠噬界族群才能讓水域族強大。阿炎與他展開激戰，靈火能量剋制黑色晶體，很快就將其擊敗。老族長感激之餘，宣佈水域族全面加入宇宙同盟，提供水之本源能量的修煉法門，協助淨化被黑暗能量汙染的區域。
凌雲則負責清理宇宙中的黑色晶體礦脈。這些礦脈是噬界族群的能量來源，分佈在各個星域的偏僻角落。凌雲的偵查小隊憑藉空間秘術，精準定位礦脈位置，然後引導艦隊進行定點清除。
在清理一處礦脈時，凌雲發現了一件奇怪的事情：礦脈深處隱藏著一個小型傳送陣，傳送陣的另一端連線著宇宙邊緣的黑暗裂縫。更令人震驚的是，傳送陣周圍有人類修士的足跡，似乎有人在暗中幫助噬界族群運輸黑色晶體。
凌雲採集了足跡樣本，返回總部後交給蘇沐雪分析。分析結果顯示，足跡中殘留的能量波動與宇宙同盟中的某個新加入勢力——“影月族”完全吻合。影月族擅長隱匿和暗殺，加入同盟時曾表示願意提供情報支援，但一直保持著神秘。
林風得知後，沒有立刻採取行動。他懷疑影月族中有人被噬界族群策反，或者整個族群都心懷不軌。為了不打草驚蛇，林風下令凌雲暗中監視影月族的動向，同時調查它們加入同盟的真實目的。
暗流在宇宙同盟內部悄然湧動，外部的噬界族群也在積蓄力量。黑暗之門開啟的時間越來越近，林風知道，接下來的三年，不僅要提升戰力，還要清理內部的隱患，否則在終極之戰中，很可能會腹背受敵。