“星晚號”的空間跳躍結束，宇宙能量核心星球的輪廓出現在舷窗外。往日裡散發著金色光芒的星球，此刻被一層淡淡的黑色霧氣籠罩，跨星系守護基地的“能量防護盾”閃爍著不穩定的紅光，顯然已被黑暗因子嚴重侵蝕。
“基地的核心控制室能量訊號正在快速減弱，”蘇晚緊盯著監測儀，“黑暗因子已經控制了大部分監測裝置，他們在試圖篡改‘宇宙能量核心’的執行引數！”
陸則言操控飛船突破混亂的防護盾，降落在基地的緊急停機坪。停機坪上，幾名藍星守護者正用“光明能量槍”抵抗黑暗因子的攻擊，他們的防護服上佈滿黑色紋路，顯然已被部分侵蝕。“快！核心控制室在地下三層，黑暗因子的首領在那裡！”一名守護者朝著星晚等人喊道，話音剛落，就被一道黑色能量束擊中，倒在地上。
星晚立刻將星核石貼在受傷守護者的防護服上，藍光順著紋路遊走，快速淨化了黑暗因子。“你們留在這裡救治傷員，守住停機坪，”陸則言對蘇晚和幾名船員說，“我、星晚、阿雅、鐵星去核心控制室，阻止他們篡改引數。”
四人沿著緊急通道衝向地下三層，通道內的應急燈忽明忽暗，牆壁上的資料線被扯斷，火花四濺。途中，無數“黑暗因子凝聚體”從拐角衝出——這些凝聚體是黑暗因子匯聚而成的人形怪物，行動迅速，且能釋放黑色能量彈。
阿雅將“能量樹葉”拋向空中，樹葉分裂成數十片小葉，釋放出綠色光網，將大部分凝聚體困住。鐵星啟動“科技能量拳套”，銀色能量包裹拳頭，一拳擊碎衝在最前面的凝聚體；星晚則用“聯結能量”形成光刃，快速切割光網中的凝聚體，為眾人開闢道路。
抵達核心控制室門口時，厚重的合金門已被黑暗能量熔出一個大洞，黑色霧氣從洞口源源不斷湧出。透過洞口，能看到控制室中央的“宇宙能量核心控制檯”前，站著一個身披黑色斗篷的身影——他手中握著一根“黑暗能量杖”，杖尖的黑色寶石正釋放出能量，篡改著控制檯上的引數。
“住手！”星晚大喊著衝進去，星核石釋放的藍光直射黑色斗篷人。斗篷人側身躲避，同時揮動能量杖，一道黑色能量牆擋住了藍光。“沒想到你們來得這麼快，”斗篷人摘下兜帽，露出一張蒼白的臉，他的眼睛是純黑色的，顯然已被黑暗種子完全控制，“但已經晚了，我已經修改了核心的‘能量輸出頻率’，30分鐘後，核心會朝著黑暗種子的方向釋放能量，到時候它會成長為真正的威脅。”
鐵星立刻衝到控制檯前，試圖恢復原始引數，卻發現控制檯已被黑暗能量鎖定。“引數被加密了，需要破解黑暗能量的密碼，”鐵星快速操作鍵盤，額頭滲出冷汗，“至少需要20分鐘，而且中途不能被幹擾。”
黑色斗篷人冷笑一聲，揮動能量杖，召喚出四尊“黑暗石像”——石像高達三米，手持石斧，身上佈滿黑色紋路，朝著四人襲來。陸則言立刻啟動“能量護盾發生器”，擋住石像的攻擊，對星晚和阿雅說：“我們拖住他們，給鐵星爭取時間！”
星晚與阿雅背靠背站立，星晚的“聯結能量”形成光矛，阿雅的“能量樹葉”釋放出綠色能量箭，兩人配合著攻擊石像的關節處——石像的關節是能量連線點，也是最薄弱的地方。陸則言則繞到石像身後，用“星核石碎片”製成的匕首，刺向石像的能量核心。
黑暗斗篷人見石像被牽制，親自揮動能量杖，朝著鐵星襲來。星晚察覺後，立刻擲出光矛，逼退斗篷人。“你的對手是我！”星晚衝向斗篷人，星核石的藍光與斗篷人的黑色能量激烈碰撞，控制室的地面被震出一道道裂縫。
斗篷人的實力遠超預期，他似乎熟悉星晚的攻擊方式，總能提前避開光矛的攻擊，同時用能量杖釋放出“黑暗藤蔓”，試圖纏繞星晚。“你到底是誰？”星晚一邊躲避藤蔓，一邊大喊。斗篷人嘴角勾起一抹詭異的笑容：“我是黑暗種子的‘意識使者’，也是100年後，星軌重合時的‘黑暗先鋒’。”
就在這時，鐵星突然大喊：“破解成功！正在恢復原始引數！”控制檯的螢幕上，紅色的錯誤程式碼逐漸變成綠色的正常引數，核心的能量輸出頻率也開始恢復穩定。黑暗斗篷人見狀，眼神變得兇狠：“既然破壞不了核心，那我就帶走一樣東西！”他突然朝著阿雅飛去，能量杖指向阿雅手中的“能量樹葉”——樹葉是感知黑暗能量的關鍵，也是未來淨化黑暗種子的重要工具。
“阿雅小心！”星晚立刻衝過去，用身體擋住阿雅，能量杖的黑色能量擊中星晚的後背，星晚瞬間感覺一股冰冷的能量湧入體內，眼前一陣發黑。阿雅扶住星晚，將能量樹葉貼在她的後背，樹葉的綠光快速驅散黑暗能量，卻也因此暴露在斗篷人的攻擊範圍內。
斗篷人抓住機會，揮動能量杖，一道黑色能量束擊中能量樹葉，樹葉瞬間被擊飛，落在斗篷人手中。“有了這棵樹葉，黑暗種子就能提前適應光明能量，100年後，你們再無勝算！”斗篷人狂笑著，化作一道黑色流光，衝出核心控制室，消失在宇宙中。
鐵星立刻關閉基地的能量出口，卻還是晚了一步。星晚靠在阿雅身上，看著空無一物的控制檯，心裡清楚：黑暗種子的反擊，遠比他們想象的更周密。而失去能量樹葉，追蹤和淨化種子的計劃，都將陷入困境。