三年前公孫止與李莫愁大鬧絕情谷後，各自離去。李莫愁中了情花之毒再不知下落，公孫止卻守在谷外，那日見洪凌波獨自離開絕情谷，暗中跟隨。
他擔心在絕情谷附近動手驚動凌雲，是以跟了她一日，待到終南山附近，才出手將她擒住。洪凌波武功是李莫愁親傳，其實已有幾分火候，但此時公孫止武功比她高了太多，不過仗著輕功鬥了二三十招，便被公孫止封了穴道。
他有小龍女陸無雙等人的前車之鑑，也不用花言巧語去騙洪凌波，就近找了個村子，當晚便與洪凌波做了夫妻。
洪凌波自小跟隨李莫愁長大，便是少女懷春，每尋得一個如意郎君，聽到李莫愁的惡名，當即雙腿發軟，綿軟無力。
直到此刻，才嚐到洞房春暖之樂。但少女矜持，前三次總還是反抗過的。公孫止見她抗拒之力漸小，便說了些花言巧語，又答應幫她找李莫愁尋仇，果然騙的洪凌波甘心相隨。
兩人到的赤霞莊中，卻未見到李莫愁身影，等了數天，也不見李莫愁歸來。公孫止心想劍冢附近的蛇膽已給自己取盡了，短時間內無法再靠它來提升功力。正好趁此機會學一些上等武學。
這日將洪凌波伺候的舒服了，趁機說道：“凌波，李莫愁中了情花之毒，只怕已經死了，但你我仇人實力太強，我們必須要學習上乘武功，才有機會長久生活下去。”
洪凌波道：“你說的不錯，可是我們要去哪裡學習上乘功夫？”
公孫止道：“我聽說古墓中記載有九陰真經上的武功，你去過古墓，一定知道進去的方法吧！”
洪凌波點頭道：“啊喲，我倒是把此事忘了，師父武功那麼高，還在尋找玉女心經，我們要學上等武功，去古墓再好也沒有啦！”
兩人當下沿著溪流，進入古墓之中。其時楊龍二人傷勢未愈，正自墓中靜養，哪料到公孫止竟然闖了進來。
楊過與公孫止之前恩怨不小，心想未受傷時兩人聯手或不懼他，可如自己傷勢未愈，龍兒內力未復，怎可能是他的對手，二話不說，拔腿就跑。
公孫止好容易遇到兩人受傷，豈可錯過拿下小龍女的機會。當下對兩人出手，可惜對墓中機關不熟，還是讓楊過與小龍女逃了出去。
兩人鳩佔鵲巢，在古墓中一番尋找，果然發現了墓中記載的玉女心經，只是要練玉女心經，需先學會古墓派武功和全真派武功。
公孫止好不容易見到如此高深武功，自是不肯放過，他內力不弱，修習武功往往能事半功倍，洪凌波又已熟悉古墓派武功，於是兩人在山下抓了幾個全真弟子，分別讓他們背了全真派的心法口訣，相互印證，察覺無誤後便開始修煉。
時光匆匆，轉眼已過去三年，這日兩人已練會了玉女心經。但玉女心經自第七篇開始便需兩人同練，公孫止每次與洪凌波恩愛之時，總是能想到小龍女，此時武功雖成，畢竟夫妻不能同心，是以那“玉女素心劍法”總是差了些火候。好在他內功極強，心想這天下已無人能讓他二人聯手對敵，也不在意。
這日下山一番打聽，得知楊過與小龍女要在襄陽給兒子楊破天過百日。他想以自己如今武功，應已不懼郭靖等人，不如先去襄陽一趟。
他二人才修成古墓派高深功夫，一路上使用古墓派輕功趕路，只覺已天下無敵，行至漢水附近，見一隊蒙古官兵搶劫村子，才要出手。村子後掠過一個人來，只隨手彈出幾個石子，便將那一隊蒙古官兵打的腦漿迸裂而死。
公孫止心想這人武功不弱，正好試試自己修煉成果。未曾出手，那人已發現了兩人，目光射了過來。
洪凌波心中一驚，道：“是東邪黃藥師！”她曾與李莫愁在黃藥師手中吃過虧，此刻武功雖成，內力卻未上去，見到他身影，心中便先怕了。
公孫止聽聞此人是黃藥師，心中更喜，道：“在下討教幾招桃花島的功夫！”說著已挺劍刺上。
黃藥師見公孫止這一劍勁力不弱，也來了興致，抽玉簫對戰。拆了幾招，看出這劍法乃是古墓派的玉女劍法，心想江湖上古墓派的幾個傳人劍法雖好，功力卻均不深，此人武功不弱，或許是古墓派的前輩，今日倒要試試深淺。
兩人拆至二三百招之上，公孫止但覺勝不了黃藥師，左一招玉女劍法，右一招全真劍法。玉女劍法講究輕靈快捷，殺伐之氣不重，全真劍法中正平和，力氣卻大了不少。兩者劍法理論不同，配合起來輕重不一，卻多意外之喜。
又鬥了四五百回合，但聽嚓得一響，黃藥師手中的玉簫竟給公孫止黑劍削去了半截。黃藥師心想這人黑劍是天下難得的寶劍。他雖借寶劍之利，總之是自己輸了。便要回身罷鬥。卻聽得公孫止哈哈一笑，道：“久聞東邪大名，原來也不過如此！”
黃藥師聽他言語毫不客氣，心想自王重陽死後，這天下就只凌雲的獨孤九劍讓自己心服，你算個甚麼東西，當下自腰間又抽出一支鐵簫來，說道：“在下還有一門功夫，要向閣下請教。”
公孫止見他手中鐵簫材質不如自己，心想還不是用簫麼，鐵簫玉簫又有甚麼分別，今日必須要你心服口服，也不多說，挺劍便刺。
哪知劍鋒未到黃藥師胸前，對方的鐵簫卻先一步擊到自己手臂曲池穴旁。此刻只需自己長劍再前送三寸，定能刺穿他心臟，可手臂只需再向前半寸，那鐵簫必然撞在自己手臂曲池穴上。
若自己閉穴功夫未破，那也不用理會，可偏偏已沒了閉穴功夫，這一劍若再往前半寸，穴道被封，那是自己輸了，只得回劍防守，擋開黃藥師這一擊。
等再出手時，已換上了玉女劍法，這玉女劍法以快聞名，勁力卻不甚強，黃藥師已摸清楚這劍法主旨，等到長劍刺來，左手在劍身上屈指一彈，卻正是他最為拿手的彈指申通功夫。
公孫止劍鋒一偏，失了目標，黃藥師右手的鐵簫卻已刺到他胸前。