艾克斯宇宙的夜空，繁星如往常般閃爍，XIO基地的天台卻籠罩著一層無形的凝重。一天的嚴酷特訓結束後，大空大地沒有立刻休息，而是抱著那臺母親留下的、外殼已有些磨損的宇宙電波接收器，試圖從浩瀚的星海雜音中捕捉一絲熟悉的韻律。
耳機裡，宇宙背景輻射的“沙沙”聲如同永恆的搖籃曲，將他帶回遙遠的童年——父親除錯儀器的專注側臉，母親哼著歌將熱牛奶放在桌邊，小小的自己指著螢幕上躍動的波形問東問西……那些溫暖卻已泛黃的畫面，是支撐他走過無數戰鬥夜晚的星光。
突然，一陣極其不協調的、如同金屬扭曲摩擦又似無數靈魂尖嘯的刺耳噪音，猛地刺入他的耳膜！
“呃！”大地下意識摘下耳機，心臟因那聲音中蘊含的純粹惡意而劇烈跳動。
“大地？”沉穩的聲音從身後傳來。準信和東馬快鬥不知何時來到了天台，快鬥將一罐冰鎮飲料貼了貼他的臉頰。
“訓練結束也要適度放鬆。”快鬥笑道。
準信的目光則落在那臺接收器上，眉頭微蹙：“剛才的聲音……很不尋常。”
大地接過飲料，冰涼觸感讓他稍微平復：“謝謝前輩。我和艾克斯只是……想變得更強。我們想守護的東西太多了。”他的眼神掃過基地明亮的窗戶，掃過遠方沉睡的城市。
就在這時——
嗚——嗚——！！！
基地內部，代表最高階別威脅的深紅色警報毫無徵兆地、淒厲地響徹夜空！幾乎同時，大地手中的艾克斯終端螢幕自動亮起，艾克斯的聲音帶著前所未有的緊繃感傳出：“大地！這個能量波動……不會錯的！”
三人臉色驟變，衝向指揮室。
指揮中心已是一片緊繃的忙碌。格爾曼博士的觸角因激動和不安而糾纏，他面前的超大主螢幕上，原本顯示著宇宙微波背景輻射的彩色圖譜，此刻中央區域卻呈現出一個不斷擴大的、令人心悸的絕對空洞——訊號歸零區！
“宇宙電波訊號……被‘吞噬’了！不是干擾，是徹底的‘無’！”博士的聲音乾澀，“是暗黑雷暴能量群的核心源頭，正在以超高速逼近地球！”
幾乎同時，另一面分屏亮起刺目的警報，顯示東京J-4地區出現強烈的異生獸振動波，伴隨觀測到的、一閃即逝的暗金色時空扭曲——未知之手再次干預！
“兩線危機！”神木隊長一拳砸在控制檯上，“明日奈、渡、隼人，駕駛阿託斯前往J-4地區攔截異生獸！快鬥，你經驗豐富，帶隊指揮！”
“明白！”快鬥毫不猶豫，與明日奈等人迅速跑向機庫。
“隊長！”橘小百合猛地站起，臉色發白，“魁北克……我的女兒們！”
“衛星追蹤鎖定！”格爾曼博士狂敲鍵盤，將主螢幕影象切換到天文望遠鏡的實時畫面。只見深邃的宇宙背景中，一個散發著不祥紫白色光芒、輪廓不斷扭曲閃爍的詭異“發光體”，正朝著地球方向疾馳，其路徑終點被超級計算機以血紅標記標出——加拿大，魁北克市。
“格理扎……”艾克斯的聲音從終端中傳出，帶著沉重的回憶，“虛空之魔，宇宙之穴……十五年前，我拼盡全力，才將它扔進太陽……它本應被徹底消滅了。”
指揮室一片死寂。所有人都能從艾克斯極少流露出的凝重語氣中，感受到即將到來的敵人是何等恐怖。
“需要我們共同作戰。”艾克斯繼續說道，“它擁有‘無’的特性，常規攻擊幾乎無效，極其危險。”
恐慌如同冰冷的藤蔓纏繞上每個人的心臟。但下一刻，兩個堅定無比的聲音同時響起。
“那就共同作戰。”準信上前一步，目光如炬。
“我們都在。”快鬥在即將衝出指揮室門前回頭，重重地點了點頭。
這股毫無保留的信任與支援，瞬間驅散了部分寒意。
“哼，危機越大，天才的靈感就越閃耀！”格爾曼博士猛地拉開一個隱藏控制檯的防塵罩，露出裡面極具威懾力的發射按鈕和螢幕，“一直隱藏的終極王牌——珀爾修斯洲際導彈系統！搭載的特殊彈頭理論上可以擾亂超大範圍能量場！雖然不知道對‘無’有沒有用，但總要試試！”
“博士！”神木隊長當機立斷，“計算最終交匯點，導彈待命！所有人，按計劃行動！大地、準信、孤門副隊長、橘副隊長，你們乘坐天空瑪斯凱迪，攜帶奧特光線槍EX，最快速度趕往魁北克！無論如何，爭取時間，疏散民眾！”
“明白！”
行動在下一秒展開。天空瑪斯凱迪與XIO阿託斯劃破夜幕，分赴兩個戰場。
機艙內，氣氛凝重。孤門緊緊握著橘小百合的手，兩人的目光透過舷窗，死死盯著前方彷彿無邊無際的黑暗，彷彿能穿透空間，看到那兩個在姨母家安睡的小小身影——橘滿和橘薰。
魁北克，寧靜的夜晚被撕裂。
那紫白色的扭曲發光體如同隕石，卻無聲無息地“滲入”大氣層，最終落在城市邊緣。沒有驚天動地的撞擊，它所觸及的一切——土地、岩石、空氣的光線——都彷彿被橡皮擦抹去一般，憑空消失，形成一個不斷擴大的、令人心智錯亂的“虛無”區域。緊接著，從那“無”的中心，一個輪廓不斷閃爍、如同拙劣三維投影的詭異巨人——格理扎，站起身來。它發出無聲的咆哮，周身的空間都在微微坍縮。
恐慌瞬間引爆！市民尖叫著四散奔逃。
“滿！薰！”橘小百合的妹妹緊緊抱著兩個嚇壞的外甥女，隨著人流拼命衝向政府指定的地下掩體。兩個女孩在混亂中回頭，恰好看到熟悉的XIO戰機標誌從低空掠過。
“是……爸爸媽媽的戰機？”小滿瞪大了眼睛。
天空瑪斯凱迪內，孤門看到了地面上那一閃而過、熟悉的小小身影，心臟幾乎揪緊。
“目標鎖定！發射干擾彈！”神木隊長的指令傳來。
戰機射出的誘導彈在格理扎周圍爆炸，試圖吸引其注意力。然而，格理扎只是“閃爍”了一下，龐大的身軀如同鬼魅般瞬間出現在戰機正前方！它抬起那不斷扭曲變化的手臂，一道無法用顏色形容、彷彿直接抹除空間的波動射向戰機！
“小心！”橘小百合展現出王牌駕駛員的極限反應，猛拉操縱桿，戰機幾乎垂直向上驚險避開。但格理扎的攻擊並非直線，那抹除空間的波動如影隨形，第二次閃爍後，它已預判了戰機的軌跡，另一道波動攔腰射來！
規避角度已盡！
“不行了——！”小百合咬牙。
就在戰機即將被那虛無波動吞沒的剎那——
“就是現在！”
駕駛艙後部，大地與準信對視一眼，無需言語，決意已化為行動的光芒！
大空大地高舉艾克斯終端：“艾克斯——！”
終端迸發出絢爛的資料流光。
準信同時拔出進化信賴者，但這一次，短劍形態的信賴者似乎響應著甚麼呼喚，它被更加深邃、彷彿蘊含星河的光芒包裹，形態在光芒中微微變化，氣息更為古老磅礴的進化信賴者·昇華！
“奈克瑟斯——！”
兩股磅礴的光之洪流從即將墜毀的戰機中沖天而起，於夜空中迅速凝聚成形！
銀黑色流暢身軀、乳白色眼瞳的奈克瑟斯奧特曼（幼年形態），與紅銀黑三色交織、彩色計時器湛藍生輝的艾克斯奧特曼，如同最堅實的壁壘，巍然降臨！
銀色的巨人伸手，穩穩接住下墜的天空瑪斯凱迪，將其輕柔地放置在不遠處完好的廣場上。艾克斯則橫身擋在戰機與格理扎之間，擺出戰鬥姿態。
駕駛艙內，驚魂未定的孤門與橘小百合抬頭，透過舷窗，看向那兩道無比熟悉的巨人背影。擔憂、恐懼、但更多是毫無保留的信任與祈願，化作無聲的注目禮。
奈克瑟斯與艾克斯並肩而立，目光如炬，鎖定前方那不斷散發“無”之波動的虛空魔物。
時隔十五年，跨越宇宙的因緣之戰，在此刻的魁北克夜空下，再次拉開序幕。而這一次，戰士不再孤單。