艾克斯宇宙的深夜，孤門一輝再次從不安的睡眠中驚醒。
冷汗浸溼了額髮，視網膜上似乎還殘留著夢境最後的畫面——另一個世界的自己，正與一個穿著橘色外套、笑容燦爛的少年並肩走在夕陽下的公園裡。那少年眼中有著對世間最平凡事物的珍視，那目光美好得讓人心疼。
“憐……？”孤門按著隱隱作痛的太陽穴，低聲念出這個名字。這已不是他第一次夢見那個陌生的少年和另一個“自己”相處的片段。這些夢境如此真實，彷彿有某種無形的紐帶，正跨越宇宙的壁壘，將光影交錯的資訊傳遞到他心底。
“一輝？”身旁的橘小百合被他的動靜喚醒，撐起身，藉著窗外城市的微光看到他蒼白的臉色。她沒有多問，只是溫柔地伸出手，輕撫他的後背，“又做噩夢了嗎？”
孤門搖搖頭，握住妻子的手：“不算是噩夢……只是，一些很遙遠的畫面。”他無法解釋那是甚麼。
小百合沒有追問，只是將他輕輕攬入懷中，下巴抵著他的發頂：“睡吧，我在這裡。”
她的體溫和規律的心跳是最好的安撫。孤門閉上眼，卻再無睡意。那個叫“憐”的少年，和夢中另一個自己眼中沉重的守護之意，像羽毛般輕輕搔颳著他的意識。
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次日，XIO基地。
格爾曼博士正圍著準信和快鬥，細長的眼睛裡閃爍著科學家特有的、混合著敬意與狂熱的光芒。“雖然兩位沒有正式加入XIO，但你們的光之力資料實在是前所未有的研究樣本！如果能解析其中的能量構成和穩定原理，或許能開發出對異生獸特效的……”
“博士，”神木隊長適時打斷了他過於興奮的設想，“這件事需要從長計議，必須尊重準信先生和快鬥先生的意願。”他轉向兩位光之戰士，鄭重地說：“無論如何，你們的力量是我們寶貴的助力。”
快鬥平靜地點頭：“我們很樂意在力所能及的範圍內提供協助。”準信也微微頷首，目光卻若有所思地瞥向正在做出勤準備的孤門。他能感覺到，這個宇宙的孤門身上，那種與“光”的微妙共鳴似乎比昨天更加清晰了。
今天是孤門一輝和橘小百合副隊長搭檔進行地面巡邏的日子。阿託斯戰車行駛在東京的街道上，窗外是劫後餘生、正在努力恢復日常的城市景象。兩人聊著基地的瑣事和遠在加拿大的女兒們最近的影片，氣氛溫馨。
然而，在一個十字路口等紅燈時，孤門的目光無意間掃過街對面的小巷口，整個人如遭雷擊般僵住了。
一個穿著白色連衣裙、長髮如瀑的少女身影，正靜靜地站在那裡，朝他望來。那張臉——純淨、美麗，帶著一絲哀愁——是齋田莉子！
“一輝？你怎麼了？”小百合立刻察覺到丈夫的異常。她順著他的目光看去，也看到了那個少女，心中莫名一緊。
“抱歉，百合，我……我去去就來！”孤門的聲音帶著罕見的急促和一絲慌亂。他沒等小百合回應，拉開車門就衝了出去，飛快地穿過車流，奔向那道白色的身影。
“一輝！”小百合喊了一聲，毫不猶豫地將車靠邊，抓起身邊的XIO爆裂槍，緊隨其後追了上去。作為戰士的直覺和作為妻子的敏感，同時在她心中拉響了警報。
孤門追著莉子來到兩棟高樓間的僻靜後巷。少女停下腳步，緩緩轉過身，眼中噙著淚水，聲音幽婉得令人心碎：
“孤門君……我終於，找到你了。我好想你……”
這時，小百合也追到了巷口，恰好聽到這句話。她握緊了手中的爆裂槍，眼神銳利如刀，但當她看到孤門臉上那混合著震驚、痛苦與不忍的複雜表情時，她強迫自己冷靜下來。
“一輝，這到底……”她的話沒問完。
孤門已經上前一步，面對莉子，他的聲音很輕，卻帶著斬斷糾葛的決絕：“對不起……但我不是你要找的那個‘孤門一輝’。你的孤門，他在另一個世界，一個……需要他的世界。”
這句話彷彿觸發了某個禁忌的開關。
莉子臉上哀婉的表情瞬間凝固，隨後扭曲。她眼中的淚水消失了，取而代之的是一種空洞的漆黑。她抱住頭，發出淒厲不似人聲的尖叫！
“不……不對……你就是孤門……我的孤門……為甚麼不肯承認……”
漆黑的、粘稠的黑暗能量如同活物般從她周身噴湧而出，空氣溫度驟降，地面凝結出詭異的霜花。她的身體在黑暗能量中懸浮、變形，白色連衣裙被猙獰的黑色鎧甲覆蓋，雙眼化為毫無感情的亮白色光斑！
黑暗浮士德，於此降臨！
“檢測到超高濃度暗黑雷暴能量反應！就在副隊長和孤門隊員的巡邏區域！”XIO基地內，警報炸響。
指揮台上，神木隊長臉色鐵青：“全員，一級戰鬥準備！立刻支援！”
機庫中，正準備進行常規訓練的準信、大地（艾克斯）和快鬥同時抬頭，他們感受到了那股冰冷、汙穢且充滿悲傷與憤怒的黑暗波動。
三人對視一眼，無需言語。
“隊長，”大地上前一步，眼神堅定，“請讓我們去。”
“拜託了。”神木隊長重重點頭。
另一邊，風間渡和貴島隼人已經跳進天空瑪斯凱迪的駕駛艙，山瀨明日奈也毫不猶豫地登上了後座。
“走吧！”渡拉動操縱桿，“去把副隊長和孤門那小子帶回來！”
引擎轟鳴，撕裂長空。光與暗，在兩個宇宙的交錯中，即將在這片狹窄的後巷，展開一場因錯誤思念而引發的激戰。而站在黑暗浮士德面前，舉槍瞄準卻手指微顫的橘小百合，正死死地擋在心神劇震的丈夫身前。她的眼神憤怒而堅決——無論面對的是甚麼，敢傷害她家人者，絕不原諒！