本源之門的崩塌形成巨型能量漩渦，黑色的輪迴能量與金色的本源能量劇烈碰撞，每一次交鋒都撕裂空間，將周圍的混沌能量攪成碎片。陸時衍與夏沫懸浮在漩渦中央，意識陷入昏迷，身體卻本能地相互依偎，合一能量在三源始祖殘魂的加持下，形成一道微弱的金色防護盾，勉強抵禦著漩渦的衝擊。
設定者手持輪迴權杖，臉色陰沉得可怕。三源始祖殘魂的突然出現打亂了他的計劃，金色能量不僅遏制了能量抽離，還在緩慢修復陸夏兩人的合一能量。“三源始祖，你都已經化為殘魂，還敢阻礙吾的計劃！”設定者揮動權杖，黑色能量凝聚成一道巨型長矛，帶著撕裂一切的威壓，朝著金色光點刺去——他必須在殘魂完全甦醒前，將其徹底摧毀。
“設定者，你操控宇宙輪迴億萬年，卻始終沒能填補一個致命漏洞。”三源始祖的殘魂光芒暴漲，金色能量形成一道防護牆，擋住黑色長矛，“宇宙的本源從不是被操控的棋子，而是‘自由共振’——你可以設定規則，卻無法阻止生命與能量的自主覺醒，這就是你的‘本源漏洞’！”
金色光點融入陸時衍與夏沫體內，兩人的意識雖仍昏迷，身體卻開始自發運轉合一能量。失去記憶的羈絆化作最純粹的本能，陸時衍的手掌貼在夏沫的醫療艦外殼上，三源虛無能量順著艦體紋路流轉；夏沫的掌心星核母礦晶體再次發燙，星核能量與陸時衍的能量形成“自由共振”——這種共振不再依賴記憶，而是源於靈魂深處的羈絆，比之前的雙人共振更加強大、純粹。
“這是……自由共振？”設定者的臉色第一次出現驚慌，他操控輪迴能量試圖壓制，卻發現金色能量如同附骨之疽，順著黑色能量的紋路蔓延，開始侵蝕他的輪迴權杖，“不可能！沒有記憶羈絆，共振怎麼可能更強？”
三源始祖的殘魂發出威嚴的迴響：“記憶會消散，規則會被操控，但靈魂深處的羈絆與自主覺醒的意志，是宇宙最本源的力量，你永遠無法掌控！”金色能量順著自由共振的軌跡，在陸夏兩人周圍形成一道“本源共鳴體”——共鳴體由無數金色光點組成，形似陰陽魚，卻比之前的合一圖騰更具生命力，每一次旋轉都散發著“打破規則”的威壓。
醫療艦上昏迷的船員們也受到自由共振的影響，身體開始自發吸收周圍的金色能量，失憶的意識逐漸清醒，雖然依舊記不清完整過往，卻找回了戰鬥的本能。技術骨幹猛地睜開眼，手腳利落地修復破損的能量導管：“夏隊！陸隊！我們來幫你們！”船員們紛紛起身，啟動醫療艦僅存的防禦武器，金色能量炮口對準設定者，隨時準備開火。
“就算是自由共振，也擋不住吾的輪迴之力！”設定者惱羞成怒，將體內的黑色能量全部注入輪迴權杖，權杖頂端爆發出刺眼的黑色光芒，一道巨型能量波朝著本源共鳴體轟去——這是他的終極殺招“輪迴寂滅波”，能徹底湮滅一切能量共振，讓目標回歸虛無。
“陸時衍！夏沫！藉助自由共振，引導本源能量反擊！”三源始祖的殘魂大喊，金色能量順著共鳴體的紋路流轉，形成一道“自由反擊陣”。陸夏兩人的身體同時睜開眼睛，眼中沒有絲毫迷茫，只有純粹的羈絆與覺醒的意志。他們本能地操控共鳴體，將金色能量凝聚成一道巨型能量刃，迎著輪迴寂滅波劈去。
“轟——！”金色能量刃與黑色寂滅波碰撞，能量衝擊形成的光霧籠罩整個星域，漩渦的旋轉速度瞬間翻倍，本源之門的殘餘碎片被衝擊得四散飛濺。設定者的身體劇烈震顫，輪迴權杖的黑色光芒開始黯淡——他的能量波竟被自由共振反噬，金色能量順著權杖紋路湧入他的體內，開始侵蝕他的輪迴能量。
“不！吾的輪迴能量！”設定者試圖抽離能量，卻發現金色能量已牢牢鎖住他的經脈，“本源漏洞……竟然真的能反噬吾！”他的混沌鎧甲開始出現裂痕，黑色能量從裂痕中外洩，身形逐漸變得透明——顯然，這具設定者的身影並非本體，只是一道力量強大的分身。
陸夏兩人抓住機會，操控本源共鳴體衝向設定者分身，金色能量刃再次凝聚，劈向分身的核心。“吾不會就這麼失敗！本體一定會為吾報仇，宇宙終將歸於輪迴！”分身發出不甘的嘶吼，身體在金色能量刃的劈擊中徹底破滅，化為無數黑色光點，被本源共鳴體吸收，轉化為自由共振的能量。
設定者分身破滅的瞬間，宇宙深處突然傳來一道強烈的能量波動——這道波動比分身的威壓恐怖百倍，帶著“規則掌控者”的絕對威嚴，如同宇宙的終極審判，席捲整個星域。本源共鳴體的金色光芒劇烈閃爍，似乎在畏懼這道波動；三源始祖的殘魂光芒也開始黯淡，聲音帶著凝重：“不好！設定者本體察覺到分身破滅，正在朝著這裡趕來！”
宇宙各處的能量異常突然加劇，之前出現“重生”跡象的星球再次崩塌，恆星的光芒被一道黑色天幕籠罩，天幕上浮現出設定者本體的巨型虛影——虛影看不清面容，只露出一隻覆蓋著混沌鱗片的眼睛，眼中閃爍著冰冷的規則之力，掃視著整個宇宙。
“卑微的共振者，你們摧毀吾的分身，觸碰了宇宙的終極禁忌。”設定者本體的意識如同驚雷般響徹宇宙，黑色天幕開始蔓延，所過之處，所有能量共振都被強行壓制，“吾將親自降臨，徹底抹除本源漏洞，讓宇宙回歸既定的輪迴軌跡！”
陸夏兩人的本源共鳴體在本體虛影的威壓下，金色光芒逐漸黯淡，自由共振的能量開始紊亂。他們能清晰地感受到，設定者本體的力量遠超分身，甚至能操控宇宙的基本規則，自由共振的反噬之力在絕對的規則之力面前，顯得如此渺小。
三源始祖的殘魂快速說道：“設定者本體的力量太強，我們無法正面抗衡！唯一的辦法是前往‘宇宙本源核心’——那裡是自由共振的發源地，也是設定者規則無法完全掌控的地方，只有在那裡，我們才能找到徹底對抗本體的方法！”
陸夏兩人沒有絲毫猶豫，操控本源共鳴體，帶著醫療艦朝著宇宙本源核心疾馳而去。三源始祖的殘魂在前方引路，金色能量形成一道防護通道，擋住黑色天幕的侵蝕。醫療艦上的船員們全力運轉戰艦，將所有能量注入防護通道，雖然戰艦已破損嚴重，卻依舊咬牙堅持——他們知道，這是阻止設定者本體、守護宇宙的最後機會。
但前往宇宙本源核心的征途危機四伏。設定者本體的黑色天幕不斷蔓延，沿途的星系被天幕吞噬，化為虛無；無數被設定者操控的“輪迴傀儡”從宇宙裂隙中湧出——這些傀儡由之前被毀滅的虛無生物、暗淵殘兵轉化而成，數量龐大，帶著黑色的輪迴能量，朝著陸夏兩人的隊伍發起瘋狂攻擊。
“全員戒備，清理傀儡！”陸時衍本能地喊道，操控本源共鳴體的金色能量刃，劈向衝來的輪迴傀儡。夏沫也配合著調動星核能量，形成一道金色能量網，將傀儡困住，再由醫療艦的能量炮逐一擊破。船員們各司其職，有的操控武器，有的修復戰艦，有的補充能量，雖然依舊記不清完整的過往，卻在自由共振的羈絆下，形成了默契的戰鬥配合。
途中，他們遭遇了一隻由暗淵領主殘骸轉化而成的巨型輪迴傀儡——傀儡的體型比之前的暗淵領主龐大十倍，周身覆蓋著黑色的輪迴紋路，攻擊方式帶著設定者的規則之力，能強行壓制自由共振的能量。“這隻傀儡的核心是暗淵領主的殘魂，被設定者操控了！”三源始祖的殘魂提醒道，“必須先淨化殘魂，才能摧毀傀儡！”
陸夏兩人同時調動自由共振的能量，金色能量形成一道淨化光束，射入傀儡的核心。暗淵領主的殘魂在淨化光束中發出痛苦的嘶吼，黑色的輪迴紋路逐漸消退，殘魂恢復了清明：“多謝你們……擺脫了設定者的操控……”殘魂化作一道暗紫色能量，融入本源共鳴體，增強了自由共振的力量。
經過數小時的艱難跋涉，陸夏兩人的隊伍終於抵達宇宙本源核心——這裡是一片由純粹自由共振能量構成的領域，金色光芒溫暖而強大，設定者本體的黑色天幕被領域的能量阻擋，無法進入。領域中央，懸浮著一顆巨大的金色晶體，正是宇宙本源的核心，散發著維繫整個宇宙能量共振的威壓。
三源始祖的殘魂說道：“只要我們將自由共振的能量注入本源核心，就能啟用宇宙所有生命與能量的自主覺醒，徹底填補設定者的規則漏洞，讓他無法再操控輪迴！”陸夏兩人立刻操控本源共鳴體，朝著金色晶體衝去。
就在這時，金色晶體突然出現一道黑色裂縫——這道裂縫與之前的無之裂隙、本源裂隙截然不同，裡面散發著與設定者本體同源，卻又更加詭異的能量，似乎是設定者本體提前佈下的“規則陷阱”。裂縫中，一道微弱的金色能量訊號突然傳來，與陸夏兩人的本源共鳴體產生強烈的共鳴——這道訊號帶著熟悉的羈絆感，竟與星芒獅、暗淵始祖、金輝艦長的能量波動有著某種聯絡。
“這道訊號……是之前犧牲的夥伴們的能量殘魂？”夏沫的眼中閃過疑惑，雖然記不清夥伴們的過往，卻能感受到訊號中的羈絆。陸時衍也愣住了，自由共振的能量與訊號產生共鳴，金色晶體的黑色裂縫開始擴大，裡面的詭異能量也開始外洩，似乎有甚麼恐怖的存在正在裂縫中甦醒。
設定者本體的意識再次傳來，帶著嘲諷與冰冷：“你們以為宇宙本源核心是安全的？那道裂縫是吾佈下的‘輪迴陷阱’，裡面藏著所有被吾抹去的能量殘魂，它們已被吾轉化為‘輪迴守護者’，專門用來對付你們這些本源漏洞！”
黑色裂縫中，無數道能量殘魂緩緩浮現，它們的身上覆蓋著黑色的輪迴紋路，眼神冰冷，顯然已被設定者本體操控，成為了新的敵人——其中，就包括星芒獅、暗淵始祖、金輝艦長的殘魂身影。
這些被操控的夥伴殘魂，陸夏兩人能否喚醒？黑色裂縫中的詭異能量究竟是甚麼？設定者本體何時會親自降臨？注入自由共振能量啟用本源核心，是否會觸發更恐怖的規則陷阱？宇宙本源核心的金色光芒與黑色裂縫的詭異能量相互交織，陸夏兩人站在本源核心前，面臨著比對抗設定者分身更艱難的抉擇，而宇宙的終極命運，就懸於這道黑色裂縫與夥伴殘魂的羈絆之間。