留姬生日這天，陽光正好，啟人揣著滿心的秘密，正琢磨著怎麼跟留姬說，大家打算在她家開個生日派對。可還沒等他找到機會開口，留姬突然指著遠處的鐵路，驚呼一聲：“那是甚麼？”
只見一輛不明列車在鐵軌上瘋狂直衝，速度快得驚人。幾乎是同一時間，李陽的基爾獸和多路獸、李健良的大耳獸、樹莉帶著的獅子獸、博和的守衛獸、健太的海天使獸……所有馴獸師和他們的夥伴都察覺到了異常，紛紛朝著鐵路趕去。
啟人和基爾獸最先趕到。看清那“列車”的真面目時，兩人都愣住了——那根本不是普通列車，而是機車獸！“基爾獸，進化！”啟人一聲令下，基爾獸進化成古拉獸，試圖擋住機車獸，可對方衝勢太猛，古拉獸力氣不夠，反而被狠狠撞開，摔在一旁。
“我去試試！”啟人咬咬牙，趁著混亂跳上了機車獸。他一路摸索到動力室，可沒有基爾獸在身邊，面對複雜的機械結構，他一時竟毫無辦法，只能急得團團轉。
另一邊，李健良和大耳獸、李小春的黑大耳獸也趕到了。他們抬頭髮現，上空竟然出現了數碼區域（DIGITAL ZONE），而附近的鐵路系統也因為它的出現變得混亂不堪。就在這時，山木室長出現在鐵路管理中心，有條不紊地指揮著處理這突發狀況。
留姬和妖狐獸也沒閒著，兩人默契配合，順著車廂縫隙爬上了機車獸，目標明確——動力室，一定要把它弄停。可機車獸的能量實在太強了，動力室裡溫度高得嚇人，連潑進去的水都瞬間被蒸發，根本起不到任何作用。
“讓開！”一個桀驁的聲音傳來，是別西卜獸。他騎著摩托車趕來幫忙，本想秀一把操作，沒想到機車獸一個甩尾，直接把他的摩托車撞爛了。別西卜獸無奈，只能暫時敗退。
博和的守衛獸、健太的海天使獸還有剛緩過勁來的基爾獸，終於和李健良匯合了。“我們用守衛獸推動旁邊那個小火車頭，說不定能追上機車獸！”健太提議。可就在準備行動時，博和突然發現不對勁：“健良，你帶的怎麼是黑大耳獸？大耳獸呢？”大家這才注意到，李健良身邊的竟然是小春的黑大耳獸，而大耳獸正安安穩穩地待在車站，陪著李小春呢。一番手忙腳亂的交換後，健良帶著自己的大耳獸，和博和他們一起，靠著守衛獸的蠻力推動小火車頭，拼命追趕機車獸。
山木此時撥通了啟人的電話：“啟人，我會把機車獸引向數碼區域，你們快離開！”可電話那頭的留姬卻倔強地拒絕了，她偏要靠自己的力量讓機車獸停下來。獨自闖進動力室的她，還沒來得及動手，就被一個突然竄出的東西突襲了……
恍惚間，留姬彷彿回到了小時候。她看到小小的自己在盪鞦韆，而搖鞦韆的，是她許久未見的爸爸！“爸爸……”她喃喃著，坐回鞦韆上，望著爸爸熟悉的笑臉，忍不住唱起了小時候常唱的歌，心裡滿是久違的快樂。可下一秒，爸爸的身影突然消失了。“不要……不要阻礙我……我想唱歌……”留姬的眼神變得迷茫，她突然抄起旁邊的巨型扳手，朝著趕來的啟人和妖狐獸攻擊過去。妖狐獸猝不及防，被打出了窗外，啟人則被逼到了車頂邊緣，岌岌可危。
就在這千鈞一髮之際，啟人的基爾獸及時登上機車獸，朝著留姬大喊：“留姬！醒醒！”寄生在留姬身上的寄生蟲獸終於現形，基爾獸進化成古拉獸，用破巖爪狠狠抓碎了控制留姬的觸手。
可麻煩還沒結束，機車獸突然一個急轉彎，留姬重心不穩，從車頂上掉了下去。“留姬！”啟人眼疾手快，拼命抓住了她的手。就在這時，機車獸進化成了大機車獸，體型更加龐大。好在妖狐獸及時衝進機車裡，一把將留姬拉了上來。
可剛穩住身形的留姬，又被寄生蟲獸抓住了。“留姬！”啟人再也按捺不住，與基爾獸合體進化成究極體公爵獸（紅蓮騎士獸），一劍斬斷寄生蟲獸的控制，將留姬救回，順勢打倒了那隻寄生蟲獸。
沒想到，那寄生蟲獸臨死前，竟向數碼區域發射了一道光。瞬間，無數只寄生蟲獸從數碼區域裡湧了出來，密密麻麻，看得人頭皮發麻。
“李健良，準備進化！”啟人大喊。李健良與大耳獸合體進化成究極體撒多格杜獸，使出必殺技「爆裂射擊」，槍火器齊發，瞬間擊倒一片寄生蟲獸。留姬也與妖狐獸合體進化成究極體沙古牙獸，祭出四隻管狐，「飯綱」一出，帶著“火”“水”“風”“雷”四種屬性的管狐朝著寄生蟲獸群席捲而去。李陽的基爾獸進化成究極體公爵獸（紅蓮騎士獸），多路獸進化成究極體阿爾法獸，啟人與基爾獸的公爵獸（紅蓮騎士獸）也再次發力，五隻究極體並肩作戰。
就在這時，裁決獸也突然出現加入戰鬥。可寄生蟲獸數量實在太多，六隻數碼獸很快就被纏住，眼看就要支撐不住了……
“絕對不能輸！”啟人的決心彷彿點亮了希望之光，他的公爵獸開啟了真紅蓮形態。“就是現在！”李陽的公爵獸進化成公爵獸：深紅形態，使出必殺技「無敵劍」和「君往何處」；阿爾法獸進化成阿爾法獸王龍劍，揮動究極戰刃王龍劍，藉助最初獲得之力，將所有攻擊凝聚在一瞬間。光芒閃過，所有的寄生蟲獸都被消滅殆盡。
大機車獸也恢復了正常，順著數碼區域回到了數碼世界，數碼區域隨後也消失了。
晚上的生日派對上，留姬全程面無表情，默默坐在角落。派對進行到一半，她起身走出房間，坐在走廊裡，望著天邊絢爛的夕陽，不知道在想些甚麼。
沒人注意到，李陽的基爾獸和多路獸，悄悄地跟隨著遠去的機車獸，獨自踏上了前往數碼世界的旅程，身影漸漸消失在夜色中。