現實世界的天空被一層厚重的黑霧籠罩，城市的燈光在黑暗中如同微弱的星辰。數碼世界裡，貝利亞吸血魔獸的黑暗力量如同潮水般湧向兩個世界的連線處，所過之處，草木枯萎，資料流紊亂。
李陽的大古拉獸、等級獸，大輔的V仔獸EX，小賢的飛蟲獸……所有數碼獸一次次發起衝鋒，卻又一次次被貝利亞吸血魔獸的黑暗能量震飛。小京扶著受傷的亞古拉獸，眼眶泛紅：“這樣下去不是辦法……”
就在這時，全球各地的神聖計劃同時亮起——無論是太一、阿和這些前輩，還是被黑暗種子困擾的孩子們，他們手中的裝置都散發著溫暖的光芒。這些光芒匯聚成一道巨大的光柱，穿透黑霧，直抵數碼世界的核心，瞬間驅散了大片黑暗。
“是大家的力量！”嘉兒驚喜地喊道，迪路獸在她身邊蹭了蹭，“神聖計劃的光在保護我們！”
貝利亞吸血魔獸發出一聲憤怒的咆哮，周身的黑暗能量明顯減弱。但就在此時，一個被植入黑暗種子的孩子低聲說：“我們真的能贏嗎？也許……這就是註定的……”
話音剛落，黑霧竟再次湧動，貝利亞吸血魔獸抓住機會，黑暗能量反撲而來。
“別放棄！”大輔衝到那孩子面前，認真地說，“我們以前也輸過很多次，但只要相信自己能做到，就一定有機會！”
李陽也點頭：“夢想不是空想，是要靠自己爭取的。你心裡一定有想實現的事吧？為了那個，就不能在這裡認輸！”
孩子們的話語像一束束光，照進被黑暗種子困擾的孩子們心裡。他們眼中的迷茫漸漸褪去，其中一個孩子握緊拳頭：“我想和數碼獸做朋友！我不想被黑暗控制！”
隨著他的話，更多孩子呼應起來。奇蹟發生了——一道道光從他們體內升起，黑暗種子被徹底淨化，同時，一隻只幼年期數碼獸從光芒中出現，親暱地蹭著他們的手心。他們也擁有了屬於自己的數碼寶貝搭檔。
“就是現在！”太一振臂高呼。
“亞古拉獸！迪路獸！合體進化——人面戰鷹獸！風靈彈·衝上雲霄！”
“天使獸！戰甲獸！合體進化——古神獸！荒御魂！”
“V仔獸EX！飛蟲獸！合體進化——機甲龍獸！超進化——帝皇龍甲獸（戰士形態）！光子鐳射！”
“大古拉獸進化——公爵獸（紅蓮騎士獸）！極樂淨土！”
“猛禽龍獸進化——阿爾法獸！”
阿爾法獸周身環繞著來自全球被選中孩子的光之力，它與公爵獸並肩而立，兩把聖劍同時揮出，金色的劍氣與紅色的火焰交織成網。帝皇龍甲獸的光子鐳射、古神獸的荒御魂、人面戰鷹獸的風靈彈……所有攻擊凝聚成一股無法阻擋的力量，狠狠砸在貝利亞吸血魔獸身上。
“不——！”貝利亞吸血魔獸在光芒中發出最後的哀嚎，龐大的身軀漸漸消散，化作無數光點，被神聖計劃的光芒淨化。
黑暗徹底褪去，兩個世界的天空同時放晴。及川躺在數碼世界的草地上，生命氣息漸漸微弱，卻在這時，一隻小小的數碼獸來到他身邊，輕輕蹭了蹭他的臉頰。“原來……我也有……”及川露出釋然的微笑，他用盡最後一絲力氣，將自己的信念化作資料流，融入數碼世界的大地。隨著他的犧牲，數碼世界的裂痕開始修復，資料流重新變得穩定。
二十五年後。
現實世界與數碼世界的界限早已模糊，孩子們可以自由穿梭在兩個世界。公園裡，大輔帶著已經成長為成熟期的V仔獸，和小賢、飛蟲獸一起看著孩子們與數碼獸嬉笑打鬧。李陽成為了研究兩個世界平衡的學者，身邊的公爵獸和阿爾法獸安靜地陪伴著他。小京開了一家數碼獸主題甜品店，亞古拉獸是店裡的“活招牌”；阿武和嘉兒成為了記錄數碼世界冒險故事的作家，古神獸和人面戰鷹獸常出現在他們的插畫裡；伊織則成了一名數碼獸醫生，戰甲獸在他的診所裡幫忙照顧受傷的數碼寶貝。
太一和阿和帶著各自的數碼獸，站在山坡上望著這一切，相視一笑。
陽光灑在每個人和數碼獸身上，溫暖而明亮。冒險從未結束，新的故事每天都在發生，但只要彼此相伴，無論未來有多少挑戰，他們都能攜手面對。因為這份跨越兩個世界的羈絆，早已成為永恆。