數碼世界的光丘遺蹟，曾經的研究所廢墟上，亞古獸、加布獸、甲蟲獸正用身體抵住一道不斷震顫的光門。門後傳來的黑暗能量讓地面龜裂，亞古獸的鱗片因超負荷運轉而發燙，加布獸的利爪深深摳進岩石，甲蟲獸的觸鬚閃爍著警報的紅光。
“還差一點……”光子郎的聲音從數碼終端傳來，螢幕上的封印程式正以微弱的進度條緩慢爬升，“光丘是兩個世界最早連線的節點，必須守住這裡！”
現實世界的伊織家，庭院裡的紫陽花正開得熱烈。及川悠紀夫站在籬笆外，看著伊織蹲在石凳旁給爺爺捶背，手裡的玻璃瓶裡，一朵黑色的花正緩緩綻放——那是從一個孩子身上採集的黑暗種子之花，花瓣邊緣泛著不祥的紫光。
“伊織……”及川的聲音發澀，記憶突然翻湧上來。二十年前，他和伊織的爸爸在這裡埋下時間膠囊，裡面裝著他們繪製的數碼獸草圖，兩人當時笑著說：“總有一天，世界會相信我們的發現。”可後來，伊織的爸爸在一次考察中意外去世，只剩下他抱著那些草圖，在質疑聲裡越走越偏。
“你是……及川叔叔？”伊織抬起頭，爺爺拄著柺杖站起來，渾濁的眼睛在看到及川的瞬間亮了起來。
“是我，藤本先生。”及川握緊玻璃瓶，黑色的花突然劇烈顫動，花瓣上的紫光爬上他的手腕。
“悠紀夫啊，”伊織的爺爺慢慢走過來，拍了拍他的肩膀，“我知道你心裡苦，你爸爸常跟我提起你，說你們小時候總在這院子裡畫怪獸。”他指了指石凳下的泥土，“時間膠囊還在呢，去年伊織挖出來過，裡面的草圖還好好的。”
及川的眼眶突然紅了，黑暗力量在體內瘋狂衝撞，卻在聽到“時間膠囊”時滯澀了一瞬。就在這時，一道黑影落在院牆上——黑暗戰鬥暴龍獸的鎧甲佈滿裂痕，顯然是強行凝聚形體。
“你以為這樣就能贖罪？”它的聲音嘶啞，“用別人的痛苦培育出的花，只會結出更毒的果。”
這句話像針一樣刺破了及川的防線，黑色的花突然炸開，黑暗能量如潮水般淹沒他的身體。“啊——！”他失去理智，雙眼翻白，揮手間凝聚出黑暗衝擊波，竟直衝向伊織的爺爺！
“爺爺！”伊織撲過去想擋，卻被一股力量推開。黑暗戰鬥暴龍獸猛地躍到爺爺身前，用後背硬生生接下了這一擊。“噗——”黑色的能量穿透它的軀體，鎧甲碎片飛濺，落在紫陽花叢裡。
“你……”及川愣住了，黑暗能量的控制出現了一絲鬆動。
“我不是在幫你。”黑暗戰鬥暴龍獸半跪在地，紅色的眼眸看著伊織，“只是不想看到……和那朵花一樣的東西，被毀掉。”它轉頭看向及川，“你和我一樣，都在找一個理由……但破壞從來不是答案。”
數碼終端突然發出急促的提示音，光子郎的聲音帶著狂喜：“封印程式完成！但需要最後一道能量加固！”
黑暗戰鬥暴龍獸抬頭望向天空，那裡隱約能看到光丘大門的虛影。它笑了，笑聲裡帶著釋然，身體開始分解成紅色的光點。“看來……我的使命在這裡。”
光點如流星般升空，匯聚成一道光柱，狠狠撞向光丘的大門。劇烈的震顫後，光門的裂縫開始癒合，亞古獸他們脫力地倒下，看著那道紅色的光在門扉上凝成一道封印，像一道永不磨滅的傷痕。
現實世界裡，及川身上的黑暗能量隨著光柱的消散而退去。他癱坐在地上，看著手裡空蕩蕩的玻璃瓶，突然捂住臉，哭得像個孩子。伊織的爺爺走過去，把柺杖遞給他：“起來吧，悠紀夫。錯誤不是用來逃避的，是用來改正的。”
夕陽落在紫陽花叢上，花瓣上的露珠折射出彩虹。伊織看著天空中漸漸散去的紅光，突然想起黑暗戰鬥暴龍獸最後看她的眼神——那裡面沒有了戾氣，只有一種平靜的溫柔，像在說“這次，換我來守護”。
數碼終端裡，光子郎的聲音帶著哽咽：“光丘的大門……封印住了。”
沒有人說話，只有風穿過樹葉的聲音，像在為那個孤獨的黑暗戰士，唱一首遲來的安魂曲。