數碼世界的陽光終於驅散了幾分陰霾，李陽、大輔他們正忙著協助數碼獸們修復被破壞的家園。伊織和穿山獸在修補斷裂的橋樑，小京指揮著麻鷹獸清理散落的金屬碎片，嘉兒和迪路獸幫著受傷的幼年期數碼獸包紮傷口，阿武和巴達獸則在繪製新的地圖，標記出需要重點守護的區域。
大輔一邊幫V仔獸搬運石塊，一邊時不時望向遠方——一乘寺賢離開的方向。“他真的要一個人扛著所有事嗎？”他忍不住嘟囔，“罪孽這種東西，一起分擔不是更好嗎？”
李陽正在檢查修復好的能量裝置，聞言抬頭道：“每個人贖罪的方式不同。他選擇獨自承擔，或許是覺得這樣才能真正面對過去。”話雖如此，他的眉頭卻沒舒展——一乘寺賢的離開，像一根未拔的刺，紮在所有人心裡。
小京擦了擦額頭的汗，語氣複雜：“說起來，他道歉的時候，眼神倒是挺認真的……”她頓了頓，又別過臉，“但我還是覺得怪怪的，好像有甚麼事沒弄明白。”
是啊，沒弄明白的事太多了。那個操控黑暗之塔的神秘女人到底是誰？她為甚麼要不斷製造失控的數碼獸？一乘寺賢的獨自離開，會不會正好中了她的圈套？這些疑問像一團亂麻，纏得孩子們心裡發堵，即便手裡忙著重建的活計，也始終無法真正靜下心來。
就在這時，巴達獸突然警覺地抬起頭：“有奇怪的氣息！”
眾人立刻停下手中的活，警惕地環顧四周。遠處的森林裡傳來一陣騷動，幾隻從未見過的數碼獸衝了出來——它們身形扭曲，身上纏繞著比之前更濃郁的黑暗能量，眼神裡沒有絲毫理智，只有純粹的破壞慾。
“又是被操控的數碼獸！”阿武迅速舉起D-3暴龍機，“巴達獸，裝甲進化天馬獸！”
“V仔獸，裝甲進化雷龍獸！”大輔也立刻應戰。
戰鬥瞬間爆發，這些新出現的數碼獸比之前的高力獸、閃電球獸更加兇猛，攻擊也更具破壞性。李陽的古拉獸噴出火焰，卻被對方硬生生扛住；嘉兒的尼菲迪獸釋放出治癒光芒，試圖淨化黑暗能量，卻發現對方的黑暗氣息頑固得驚人。
“不對勁，”李陽一邊指揮古拉獸閃避，一邊觀察，“它們的黑暗能量更純粹，像是……被某種力量強化過。”
小京的亞古拉獸在空中盤旋，避開一道利爪攻擊後喊道：“數量太多了！我們被包圍了！”
伊織的戰甲獸用盾牌護住身後的幼年期數碼獸，額頭上滲出冷汗：“它們好像認準了我們，是故意來伏擊的！”
孩子們背靠背站在一起，數碼獸們在身前形成一道防線。看著不斷逼近的敵人，每個人都意識到——之前的戰鬥只是序幕，真正的危機，正帶著更濃重的陰影，向數碼世界步步緊逼。
一乘寺賢的獨自離去，讓他們失去了一份潛在的力量；而神秘女人的動作越來越明顯，操控的數碼獸也越來越強。重建家園的工作被迫中斷，空氣中再次瀰漫起緊張的硝煙味。
“大家撐住！”大輔咬著牙，“不管來多少，我們都能打倒它們！”
他的聲音帶著少年人的倔強，卻也透著一絲不易察覺的沉重。孩子們相視一眼，從彼此眼中看到了同樣的決心——無論陰影如何蔓延，他們都必須站在這裡，守住這片正在慢慢恢復生機的數碼世界。
新的戰鬥已經打響，而這一次，他們面對的，或許是比暴龍改造者時期更棘手的挑戰。