平靜的生活被一則突發新聞打破——全球多地網路系統出現異常，商場電子屏上的價格瘋狂跳動，通訊訊號時斷時續，連交通訊號燈都陷入混亂。太一盯著電視螢幕上閃爍的亂碼，心中突然升起一股熟悉的不安。
“太一，快看這個！”李陽的電話打來，背景音裡夾雜著鍵盤敲擊聲，“光子郎發現網路深處有異常資料波動，源頭像是……一枚數碼蛋？”
太一抓起揹包衝出家門，趕到光子郎的房間時，螢幕上正顯示著一枚通體漆黑的數碼蛋，蛋殼上佈滿詭異的紅色紋路。沒等他們分析出更多資訊，數碼蛋突然裂開，一隻半透明的水母狀數碼獸破殼而出——水母獸。
“它在吞噬資料！”光子郎放大畫面，只見水母獸所過之處，網路資料鏈如同被黑洞吸入，瞬間消失，“而且進化速度快得驚人！”
話音未落，水母獸已進化為鉤爪獸，接著是猙獰的地獄獸，最後定格為散發著恐怖氣息的究極體——超惡魔獸（迪亞波羅獸）。它的身影在全球網路中穿梭，現實世界的混亂愈發嚴重。
“必須通知大家！”太一試圖撥打阿和的電話，聽筒裡卻只有忙音。李陽同步聯絡，得到的訊息令人心急：阿和帶著阿武回了鄉下爺爺家，手機沒訊號；美美在夏威夷度假，通訊中斷；嘉兒學校臨時加課，無法脫身；素娜的電話接通又被迅速結束通話，顯然不願回應。
“沒時間等了！”光子郎敲擊鍵盤，螢幕上彈出全球網路節點分佈圖，“它的本體在主幹網路，我們先上！”
亞古獸進化為暴龍獸，基爾獸進化為古拉獸，甲蟲獸進化為比多獸， trio（ trio 改為“三隻數碼獸”）衝入網路世界，與超惡魔獸的先鋒部隊纏鬥。但超惡魔獸的分裂能力遠超想象，一個本體竟分裂出上百個分身，如潮水般淹沒了它們的攻擊。
“這樣下去不行！”太一看著螢幕上節節敗退的數碼獸，額頭冒汗，“必須讓大家都進來！”
關鍵時刻，光子郎接入衛星電話系統，終於撥通了鄉下理髮店的座機——阿和帶著阿武恰好去剪頭髮，店裡的老式電腦還能聯網。“阿和，接衛星訊號！”光子郎將許可權共享過去，螢幕上立刻出現加布獸進化的加魯魯獸、巴達獸進化的天使獸。
“夥伴們，一起上！”阿和的聲音透過電流傳來，帶著熟悉的默契。
暴龍獸超進化為戰鬥暴龍獸，加魯魯獸超進化為鋼鐵加魯魯獸，古拉獸進化為公爵獸（紅蓮騎士獸），天使獸進化為神聖天使獸。四大究極體聯手，暫時壓制了分身潮，可超惡魔獸本體突然發動攻擊，一道黑暗光束貫穿網路，戰鬥暴龍獸與鋼鐵加魯魯獸被擊中，資料開始崩解。
“可惡！”太一想也沒想，抓起光子郎遞來的神經連線裝置，“阿和，敢不敢再跟我闖一次？”
“你以為我會怕？”阿和的聲音帶著笑意，畫面裡他已戴上裝置。
兩人意識沉入網路，站在戰鬥暴龍獸與鋼鐵加魯魯獸身邊。“合體進化！”隨著太一與阿和的同步吶喊，兩道光芒交織，奧米加獸手持暴龍劍與加魯魯炮，轟然降臨。公爵獸（紅蓮騎士獸）也在李陽的意志加持下，進化為燃燒著赤色火焰的深紅形態。
此時，現實世界的警報聲刺破天際——超惡魔獸篡改了核導彈發射程式，倒計時僅剩10分鐘。
“光子郎，拖住它！”太一喊道。
光子郎深吸一口氣，將一封題為“請為數碼寶貝加油”的郵件轉發至全球網路。瞬間，數十億次點選湧入超惡魔獸所在的伺服器，它的動作明顯遲滯。倒計時跳到最後2秒時，奧米加獸的“全部刪除”與公爵獸（紅蓮騎士獸）深紅形態的“硃紅新星”同時擊中本體，超惡魔獸發出一聲淒厲的哀嚎，所有分身連同核導彈程式一同崩解。
網路恢復平靜的瞬間，太一的手機突然震動，是素娜發來的簡訊：“抱歉，剛才……我怕拖後腿。下次，帶上我。”
太一笑著回了個“好”，抬頭看向螢幕里正在解體的網路世界——阿和正與他擊掌，李陽在除錯裝置，阿武舉著巴達獸揮手，遠處的衛星畫面裡，美美在夏威夷海灘對著手機揮手，嘉兒的笑臉出現在學校電腦螢幕上。
陽光透過窗戶照進房間，落在眾人臉上。素娜的電話再次打來，這一次，太一按下了接聽鍵。
“下次戰鬥，我不會再缺席了。”素娜的聲音帶著釋然，“還有……之前的事，對不起。”
“該說對不起的是我。”太一看著螢幕裡重新凝聚的數碼獸們，輕聲說，“歡迎回來，夥伴。”
網路那頭，素娜的笑聲混著海風傳來，像極了數碼世界裡，比丘獸第一次飛向天空時的鳴叫。