清晨的陽光透過帝丹小學的玻璃窗，在1年B班的課桌上投下長方形的光斑。工藤夜一揹著書包走進教室時，灰原哀已經坐在靠窗的位置上，手裡拿著一本攤開的科學繪本，指尖輕輕劃過書頁上的行星圖案。
“早啊，灰原。”夜一放下書包，自然地坐在她旁邊的座位，從揹包裡掏出一盒草莓味的牛奶，“昨天路過便利店買的，還是冰的，你要不要喝？”
灰原抬起頭，眼底帶著剛睡醒的淺淡暖意，她接過牛奶，指尖碰到冰涼的紙盒，輕聲說：“謝謝。”晨光落在她的髮梢，把淺棕色的頭髮染成了柔和的金色，夜一看著她拆開吸管包裝的小動作，嘴角不自覺地彎了彎。
上課鈴響起時，小林老師抱著教案走進教室，黑板上很快寫滿了算術題和假名。灰原聽得很認真，偶爾會在筆記本上記些甚麼；夜一則時不時轉頭看她，有時會在她遇到難題時，悄悄用鉛筆在草稿紙上寫下解題思路，推到她面前。柯南坐在斜前方，偶爾回頭看到這一幕，總會露出瞭然的笑容。
一天的課程過得很快，放學鈴聲響起時，元太已經迫不及待地背上書包，衝到教室門口：“夜一！灰原！柯南！快走吧，少年偵探團的活動室今天有新零食哦！”光彥和步美也跟在後面，手裡拿著剛畫好的偵探團徽章。
六人一起往活動室走去，路上，步美蹦蹦跳跳地說：“聽說今天會有同學來委託我們幫忙呢！”元太眼睛一亮：“委託？是找失蹤的貓咪，還是找回丟失的玩具？不管是甚麼，只要能破案，我就請大家吃鰻魚飯！”
剛走進活動室，就看到一個瘦小的男孩坐在角落的椅子上，雙手緊緊攥著書包帶，看起來有些緊張。看到他們進來，男孩立刻站起身，小聲說：“你們就是少年偵探團嗎？我叫俊也，是2年C班的，我想請你們幫忙找我哥哥。”
柯南走過去，蹲下身和他平視：“俊也，你哥哥甚麼時候不見的？他有沒有說過要去甚麼地方？”
俊也的眼眶微微發紅：“昨天下午放學，哥哥說要去給我買漫畫，就再也沒回來。我們去派出所報了警，可警察叔叔說還沒到失蹤時間，讓我們再等等……”他說著，從口袋裡掏出一張照片，照片上的男孩穿著藍色校服，揹著黑色的書包，笑容很陽光，“這是我哥哥，他叫直樹。”
夜一接過照片，仔細看了看：“你哥哥有沒有甚麼特別的習慣？或者最近有沒有提到過甚麼特別的人或事？”
俊也皺著眉頭想了想，突然眼睛一亮：“對了！哥哥房間裡有一幅夏目漱石的肖像畫，前幾天有個穿黑色連衣裙的女人來我們家，說很喜歡那幅畫，想花很多錢買下來，但哥哥說那是爸爸留下的遺物，沒賣給她。”
“黑衣女人？”柯南的眼神瞬間變得嚴肅起來，他立刻追問，“那個女人長甚麼樣子？有沒有說過自己的名字？”
俊也搖了搖頭：“她戴著墨鏡和帽子，看不清臉，說話聲音很低，沒說名字，只問了畫的事情。哥哥說她看起來很奇怪，讓我以後看到她要躲遠一點。”
柯南和夜一對視一眼，都從對方眼裡看到了警惕——黑衣、神秘、對特定物品感興趣，這些特徵都和他們一直在追查的黑衣組織隱隱重合。夜一拍了拍俊也的肩膀：“別擔心，我們會幫你找到哥哥的，現在先帶我們去你家看看那幅畫吧。”
眾人跟著俊也來到他家，那是一棟老舊的兩層小樓，院子裡種著幾棵櫻花樹。走進直樹的房間，首先映入眼簾的就是掛在牆上的夏目漱石肖像畫，畫框有些陳舊，但畫面儲存得很完好。柯南仔細觀察著畫像，沒發現甚麼特別的痕跡，夜一則在房間裡四處檢視，書桌抽屜裡放著幾本漫畫書和筆記本，書架上擺著很多文學類書籍，看起來沒甚麼異常。
“你哥哥有沒有說過這幅畫有甚麼特別的地方？”灰原走到畫像前，手指輕輕拂過畫框邊緣，“比如畫的背面，或者有沒有藏著甚麼東西？”
俊也撓了撓頭：“哥哥說這幅畫是爺爺傳下來的，除了是遺物，好像沒甚麼特別的……不過前幾天他好像在畫的背面貼了甚麼東西，我問他，他說只是張便籤。”
夜一小心地把畫從牆上取下來，翻到背面，果然看到一張黃色的便籤紙，上面用鉛筆寫著一串數字：“3-15，7--9”。柯南皺著眉頭：“這看起來像是座標，或者是某種暗號？”
就在這時，元太的肚子咕咕叫了起來，他不好意思地摸了摸肚子：“那個……我們能不能先去吃點東西？我知道附近有一家便利店，裡面的三明治超好吃！”
眾人只好暫時放下線索，跟著元太往便利店走去。剛走進便利店，柯南就注意到收銀臺前站著一個穿黑色夾克的男人，他正拿著一張萬元紙幣付賬，收銀員接過錢後，皺著眉頭看了看，又對著燈光照了照，小聲說：“先生，這張錢好像有點問題，能不能換一張？”
男人的臉色瞬間變得陰沉，他一把奪過錢，惡狠狠地說：“你甚麼意思？這錢是假的？我看你是不想做生意了！”說完，他轉身就往店外走，腳步匆匆，看起來很慌張。
柯南立刻跟了上去，對身後的眾人小聲說：“那個人的錢肯定有問題，我們跟著他，說不定能找到假鈔團伙的窩點！”夜一立刻點頭，示意大家保持距離，不要被發現。
男人沿著街道往前走，時不時回頭張望，確認沒人跟蹤後，拐進了一條偏僻的小巷。柯南等人躲在巷口的拐角處，看著男人走進一棟破舊的居民樓。夜一拿出手機，悄悄拍下了居民樓的地址，然後對柯南說：“我們先回去報警，等警察來了再行動，這裡太危險了。”
柯南點點頭，剛要轉身，就看到男人又從居民樓裡走了出來，手裡多了一個黑色的揹包，他快步走向巷口，似乎要去甚麼地方。柯南當機立斷：“我們跟上去，看看他要去哪裡！”
眾人跟著男人穿過幾條街道，來到一個廢棄的工廠門口。男人左右看了看，推開虛掩的大門走了進去。柯南等人躲在工廠外的草叢裡，透過窗戶看到裡面有三個男人正在整理一疊疊的紙幣，地上還放著幾臺印刷機——這裡果然是假鈔團伙的窩點！
夜一立刻用手機撥打了報警電話，向警方說明情況和地址。沒過多久，警車就呼嘯而至，警察們衝進工廠，將正在製作假鈔的團伙一網打盡。那個在便利店使用假鈔的男人也被當場抓獲，他看著突然出現的警察和少年偵探團，臉色慘白，再也沒有了之前的囂張。
解決了假鈔事件後，眾人送俊也回家。在路上，灰原突然停下腳步，對柯南說：“柯南，我有話要跟你說，關於黑衣組織的事情。”
柯南和夜一都愣住了，他們沒想到灰原會突然提起這個。三人走到路邊的公園長椅上坐下，元太、光彥和步美則在不遠處的滑梯旁玩耍。
灰原看著地面，聲音很輕，卻帶著不容置疑的認真：“柯南，你其實就是工藤新一吧？你被黑衣組織灌下的藥物，名叫APTX而研製這種藥物的人，就是我。”
柯南的身體瞬間僵住，他瞪大了眼睛看著灰原，不敢相信自己聽到的話：“你……你說甚麼？APTX4869是你研製的？”
“沒錯。”灰原抬起頭，眼底帶著一絲痛苦和愧疚，“我原本是黑衣組織的成員，代號‘雪莉’，負責藥物研發。我姐姐宮野明美因為反抗組織，被琴酒殺害，我為了替姐姐報仇，故意銷燬了部分藥物資料，結果被組織囚禁起來。後來我吞下了APTX身體縮小，才從組織裡逃了出來，被阿笠博士收留。”
夜一坐在旁邊，臉色也變得嚴肅起來：“所以，俊也提到的黑衣女人，會不會就是組織的人？他們找夏目漱石的肖像畫，是不是和藥物資料有關？”
灰原搖了搖頭：“不確定，但組織一直在尋找和藥物相關的資料，我之前銷燬的只是一部分，還有一些資料散落在外面。我記得有一位名叫廣田正巳的教授，他曾經和我一起研究過APTX手裡有一張儲存著重要資料的軟盤，說不定組織已經盯上他了。”
柯南立刻站起身：“我們必須儘快找到廣田教授，不能讓軟盤落入組織手裡！”他拿出手機，撥通了阿笠博士的電話，“博士，你知道廣田正巳教授的地址嗎？我們有很重要的事情找他！”
阿笠博士很快就發來了地址，三人立刻告別元太等人，坐上計程車往廣田教授家趕去。路上，柯南看著灰原，輕聲說：“對不起，之前一直不知道你的經歷……”
灰原搖搖頭，嘴角露出一絲淡淡的笑容：“沒關係，現在我們是同伴，不是嗎？”夜一看著兩人，輕輕點了點頭——從今天起，他們又多了一個共同的目標，那就是對抗黑衣組織，保護彼此。
計程車停在一棟白色的小樓前，這裡就是廣田教授的家。柯南按了按門鈴，卻沒有人應答。阿笠博士也趕到了，他皺著眉頭說：“我剛才給教授打電話，一直沒人接，不會出甚麼事吧？”
夜一試著推了推大門，發現門沒有鎖，他輕輕推開一條縫，小聲說：“裡面好像沒人，我們進去看看。”
四人走進客廳，一股奇怪的味道撲面而來。客廳裡一片狼藉，電話掉在地上，書散落得到處都是，一副西洋棋被打翻在茶几上，棋子滾得滿地都是。最讓人觸目驚心的是，客廳角落的櫃子倒在地上，櫃子下面似乎壓著甚麼東西。
柯南快步走過去，小心翼翼地掀開櫃子，發現廣田教授躺在地上，臉色蒼白，已經沒有了呼吸。阿笠博士立刻撥打了急救電話和報警電話，聲音帶著顫抖：“教授……他已經死了……”
灰原站在原地，看著倒在地上的廣田教授，眼底滿是震驚和悲傷——這是又一個因為APTX4869而失去生命的人，而她，就是藥物的研製者。夜一走到她身邊，輕輕拍了拍她的肩膀，無聲地安慰著她。
很快，目暮警官帶著高木涉和佐藤美和子趕到了現場。經過法醫初步檢查，廣田教授的死因是頭部受到重擊，而重擊他的正是倒下的櫃子，死亡時間大概在昨天晚上7點到9點之間。現場的門窗都沒有被破壞的痕跡，門是用鑰匙從裡面鎖上的，警方初步判斷這是一起意外——教授可能在整理櫃子時，不小心讓櫃子倒下來砸到了自己。
“這不是意外。”柯南蹲在地上，仔細觀察著散落的物品，“你們看，電話的聽筒掉在地上，電話線卻沒有被扯斷，說明是有人故意把聽筒放在地上的；還有這些書，雖然散落一地，但都是從書架上同一層掉下來的，不像是不小心打翻的；最奇怪的是西洋棋，黑棋的國王和王后都被放在了白棋的區域，這不符合下棋的規則，更像是有人刻意擺放的。”
夜一也在旁邊補充道：“我剛才檢查了櫃子，櫃子的底部有被撬動的痕跡，而且櫃子上的灰塵分佈不均勻，說明有人移動過櫃子。這絕對是一起謀殺案，兇手製造了密室的假象，讓人以為是意外。”
目暮警官皺起眉頭：“既然是謀殺案，那兇手是怎麼從裡面鎖上門，然後離開的呢？還有，兇手的動機是甚麼？”
高木涉立刻彙報了調查結果：“根據鄰居的證詞，昨天晚上7點到9點之間，有三個人來過廣田教授家，分別是教授的學生白倉陽、同事細矢和彥，還有出版社的編輯盛岡道夫。白倉陽是來向教授請教問題的，細矢和彥是來討論合作專案的，盛岡道夫則是來催教授交稿的。這三個人都有作案嫌疑。”
目暮警官立刻讓人把三人叫到現場，開始逐一詢問。白倉陽穿著一件白色的襯衫，戴著眼鏡，看起來很斯文，他說：“我昨天晚上7點左右到教授家，請教了一個關於計算機程式設計的問題，大概7點半就離開了，離開的時候教授還好好的。”
細矢和彥穿著西裝，手裡拿著公文包，他皺著眉頭說：“我是8點到的，和教授討論了一下合作研究的事情，因為意見不合，我們吵了幾句，我8點半就走了，當時教授雖然生氣，但身體沒甚麼問題。”
盛岡道夫穿著休閒裝，手裡拿著記事本，他有些緊張地說：“我是8點50分到的，敲了半天門沒人應答，還以為教授不在家，就離開了，沒想到……”
柯南在旁邊仔細觀察著三人的表情，白倉陽看起來很平靜，細矢和彥有些不耐煩，盛岡道夫則很緊張，但這並不能作為判斷兇手的依據。他又回到現場，重新檢查了一遍散落的物品，電話、書、西洋棋、櫃子……這些東西之間到底有甚麼聯絡？兇手是怎麼利用這些東西製造密室的？
就在柯南陷入瓶頸的時候，灰原走到他身邊，小聲說：“你有沒有注意到，電話旁邊的磁帶播放器裡，有一盤磁帶是倒著放的？還有，西洋棋的棋子都是空心的，裡面可以放東西。”
柯南眼前一亮，他立刻跑到電話旁邊，拿起磁帶播放器裡的磁帶，發現磁帶果然是倒著放的，而且磁帶的邊緣有一道細微的劃痕。他又拿起一顆西洋棋，開啟底部的蓋子，發現裡面是空的，但內壁上有一些細小的纖維，像是磁帶的材質。
“我知道了！我已經知道兇手是誰了，還有他製造密室的方法！”他讓阿笠博士坐在沙發上，然後站在阿笠博士身後，用蝴蝶結變聲器調整到阿笠博士的聲音，“目暮警官我知道兇手是誰了，兇手就是白倉陽！”
白倉陽的臉色瞬間變得蒼白，他大聲說：“你胡說！我7點半就離開了，怎麼可能是兇手？”
“你確實7點半就離開了，但你在離開之前，就已經佈置好了殺人陷阱。”柯南的聲音透過變聲器傳來，“你先把教授騙到櫃子旁邊，趁他不注意，用重物擊打他的頭部，然後把他放在櫃子下面，再移動櫃子，讓櫃子看起來像是不小心倒下的。接下來，你就開始佈置密室。”
柯南指著地上的西洋棋和電話：“你先把西洋棋的棋子倒空，然後把磁帶的一端穿過鑰匙圈，再把磁帶放進磁帶播放器裡，倒著放好。接著，你把多餘的磁帶繞在西洋棋的棋子上，把棋子放在電話旁邊，再把書堆在棋子周圍，固定住棋子的位置。最後，你走出房間，用鑰匙從外面鎖上門，然後透過公共電話撥打教授家的電話。”
“電話鈴聲響起時，磁帶播放器會自動開始播放，磁帶轉動的時候，會帶動鑰匙穿過門縫，慢慢回到房間裡。當鑰匙回到原位後，磁帶繼續轉動，會把繞在棋子上的磁帶拉下來，磁帶播放器裡的磁帶也會因為倒放而自動停止。這樣一來，就形成了一個完美的密室，讓人以為是意外。”
夜一在旁邊配合著柯南的推理，他拿起一顆西洋棋，將磁帶穿過鑰匙圈，然後演示了一遍磁帶轉動帶動鑰匙移動的過程，每一個步驟都和柯南說的一模一樣。“而且，”夜一拿出從磁帶播放器裡取出的磁帶，“這盤磁帶上有白倉陽的指紋，雖然你戴了手套，但在安裝磁帶的時候，不小心留下了指紋，警方只要檢查一下磁帶上的指紋，就能確認你的罪行。”
白倉陽看著夜一手裡的磁帶，身體開始發抖，他再也無法掩飾自己的罪行，雙腿一軟，跪倒在地上：“是我……是我殺了教授……”
他的聲音帶著哭腔：“我一直跟著教授研究計算機，可他卻把最重要的資料都給了細矢和彥，還說我沒有天賦，永遠成不了氣候。我求他把廣田教授手裡的軟盤給我，那裡面有我和他一起研究的成果，可他不僅不給，還嘲笑我……我一時衝動，就……”
高木涉拿出手銬，走到白倉陽面前：“白倉陽，你涉嫌故意殺人，現在請跟我們回警局接受調查。”白倉陽沒有反抗，任由高木涉把他帶走，臉上滿是悔恨的淚水。
警方帶走白倉陽後，柯南和夜一、灰原、阿笠博士留在現場，四處尋找那張儲存著藥物資料的軟盤。灰原在教授的書桌抽屜裡找到了一個上鎖的盒子，夜一用鐵絲輕輕撬開盒子，裡面果然放著一張軟盤。
“太好了，終於找到軟盤了！”柯南拿起軟盤，臉上露出了欣慰的笑容，“有了這張軟盤，我們就能更瞭解APTX說不定還能找到解毒劑的線索！”
灰原看著軟盤，眼底也露出了希望的光芒：“謝謝你，柯南，謝謝你幫我找到它。”夜一拍了拍兩人的肩膀：“我們是同伴，互相幫助是應該的。不過現在還不能掉以輕心，”夜一的目光掃過窗外，語氣變得謹慎，“組織的人既然能找到俊也家的肖像畫，說不定也已經盯上了廣田教授。我們得儘快把軟盤帶回博士家，做好加密和備份，絕不能讓它落入組織手裡。”
阿笠博士點點頭，立刻從口袋裡掏出一個黑色的隨身碟：“我帶了隨身碟，先把軟盤裡的資料複製一份，原件我們妥善保管起來。”四人不敢多留，收拾好軟盤後，便匆匆離開了廣田教授家。臨走前，柯南特意叮囑目暮警官，要加強對現場的保護，留意是否有可疑人員打探訊息——他總覺得，這起謀殺案背後，或許還藏著黑衣組織的影子。
坐上車往阿笠博士家趕時，灰原一直緊緊攥著裝有軟盤的盒子，指尖因為用力而有些發白。夜一注意到她的緊張，悄悄將自己的外套披在她肩上：“別擔心，有我們在，不會讓組織得逞的。”灰原抬頭看了他一眼，輕輕“嗯”了一聲，眼底的不安稍稍褪去了一些。
回到阿笠博士家，博士立刻將軟盤插入電腦。螢幕上很快跳出一個加密介面，需要輸入複雜的密碼才能開啟。灰原皺著眉頭，盯著螢幕上的密碼框：“這是教授常用的加密方式，需要結合他研究的課題關鍵詞和個人紀念日……我記得他曾經提過，夏目漱石是他最尊敬的作家，或許密碼和夏目漱石有關？”
柯南眼前一亮，立刻拿出手機搜尋夏目漱石的作品：“教授書房裡有很多夏目漱石的書，俊也家也有夏目漱石的肖像畫，說不定密碼就是他的作品名或者出版年份！”夜一則在旁邊翻找博士家的文學詞典，很快找到了夏目漱石的代表作《我是貓》《少爺》《心》的出版資訊。
三人嘗試著輸入“吾輩は貓である”（《我是貓》日文原名），螢幕提示密碼錯誤；又輸入《心》的出版年份“1914”，依舊不對。就在大家陷入僵局時，灰原突然想起甚麼：“教授曾經說過，他和我姐姐明美是在夏目漱石的誕辰那天認識的，夏目漱石的誕辰是2月9日，加上他的研究代號‘CAT’，會不會是‘209CAT’？”
柯南立刻在鍵盤上輸入“209CAT”，隨著“叮”的一聲輕響，加密介面消失，軟盤裡的資料終於顯示在螢幕上。裡面不僅有APTX4869的早期研發資料、藥物成分分析，還有一份未完成的解毒劑實驗記錄。灰原看著螢幕上熟悉的公式和資料，眼眶微微泛紅——這是她和姐姐曾經渴望摧毀的東西，如今卻成了她尋找解毒劑、擺脫組織陰影的希望。
阿笠博士一邊快速複製資料，一邊感嘆：“這些資料太重要了！有了這些，我或許能和灰原一起，加快解毒劑的研發進度。”柯南也鬆了口氣，靠在椅背上說：“太好了，只要能研發出解毒劑，我就能變回新一，到時候就能更直接地對抗組織了！”
就在這時，柯南的手機突然響了起來，是步美打來的。電話那頭，步美的聲音帶著焦急：“柯南！不好了！俊也說他哥哥直樹回來了，但直樹好像受了傷，還說有黑衣人在追他！”
柯南的心瞬間提到了嗓子眼：“步美，你們現在在哪裡？讓俊也千萬不要亂跑，我們馬上過去！”掛了電話，他立刻拿起外套：“組織的人果然盯上了直樹！他們肯定是衝著夏目漱石的肖像畫來的，說不定畫裡還藏著其他線索！”
四人立刻驅車趕往俊也家。路上，灰原看著窗外飛速倒退的街景，輕聲說：“夏目漱石的作品裡，有很多關於‘秘密’和‘救贖’的主題，教授和直樹的父親可能是用這幅畫傳遞某種資訊，比如組織的秘密據點，或者其他資料的隱藏地點。”
夜一點點頭：“很有可能。直樹說不定知道畫裡的秘密，所以才會被組織追殺。我們得儘快找到他，保護好他和那幅畫。”
車子剛停在俊也家附近，就看到巷口圍了一群人。柯南擠進去，發現直樹靠在牆上，手臂上有一道明顯的劃傷，俊也正抱著他哭。看到柯南等人，直樹掙扎著站起身：“你們是俊也找的偵探團吧？有……有穿黑衣服的人跟蹤我，他們問我要夏目漱石的畫，我說畫在家裡，他們就想抓我……我好不容易才逃回來的。”
夜一立刻檢查了直樹的傷口，還好只是皮外傷，他從揹包裡拿出急救包，幫直樹消毒包紮：“你先別急，慢慢說，那些黑衣人長甚麼樣子？有沒有說為甚麼要找那幅畫？”
直樹皺著眉頭回憶：“他們戴著黑色的帽子和墨鏡，說話聲音很沙啞，好像故意壓低了聲音。他們說‘畫裡有他們要的東西’，還說如果我不把畫交出來，就對我和俊也不客氣。”
柯南和夜一對視一眼，更加確定畫裡藏著關鍵線索。他們扶著直樹走進屋裡，夜一將夏目漱石的肖像畫取下來，仔細檢查畫框和畫布。柯南則在房間裡四處檢視，突然注意到畫框背面的掛鉤處，有一道細微的裂縫，像是被人撬動過。
“灰原，你來看一下這個。”柯南招呼灰原過來，“畫框的掛鉤好像被動過手腳，說不定裡面藏著東西。”灰原拿出放大鏡，仔細觀察裂縫處，發現裂縫裡夾著一張小小的紙片。夜一用鑷子小心地將紙片夾出來，展開一看，上面是一串用暗號寫的數字和字母：“S-19，M-07，L-23，N-15”。
“這看起來像是書架的座標！”光彥突然開口，他指著直樹書架上的書，“S可能是‘夏目漱石’的首字母，M、L、N說不定是其他作者的首字母，數字可能是書的層數和位置！”
眾人立刻圍到書架前，直樹的書架上果然擺滿了不同作者的書。柯南按照暗號，先找到了夏目漱石（S）的書，在第19層的位置，抽出了一本《我是貓》；接著找到M開頭的作者“森鷗外”的書，在第7層抽出一本《舞姬》；然後是L開頭的“魯迅”的書（直樹的父親喜歡中國文學），第23層的《吶喊》；最後是N開頭的“尼采”的書，第15層的《查拉圖斯特拉如是說》。
四本書抽出來後，書架後面竟然露出了一個小小的暗格！暗格裡放著一個棕色的信封，信封上沒有署名。柯南小心翼翼地開啟信封，裡面是一張泛黃的照片和一張紙條。照片上有兩個男人，一個是直樹的父親，另一個竟然是廣田教授！兩人站在一棟老舊的建築前，手裡拿著一張圖紙，笑容很燦爛。
紙條上的字跡有些潦草，是直樹父親的筆記：“廣田君，組織的據點藏在‘黃昏館’的地下室，圖紙我藏在夏目漱石的畫框裡，若我遭遇不測，務必將此資訊交給值得信任的人，摧毀組織的陰謀。”
“黃昏館？”柯南的眼睛瞬間亮了，“我記得之前聽博士說過，黃昏館是一棟廢棄的別墅，位於市郊的山上，幾十年前因為一場火災被廢棄，後來一直沒人敢靠近。”
灰原的臉色卻變得凝重起來：“黃昏館……組織確實有一個秘密據點在市郊，我之前在組織裡的時候，聽琴酒提過一次，說那裡藏著組織的核心資料和實驗裝置。”
夜一握緊拳頭：“看來我們必須去一趟黃昏館，找到組織的據點，把他們的核心資料銷燬，絕不能讓他們再用APTX4869傷害更多人！”
柯南點點頭，轉頭對直樹說：“直樹，你和俊也先跟我們去阿笠博士家，那裡比較安全。等我們處理完黃昏館的事情，再送你們回來。”直樹感激地點點頭：“謝謝你們，如果不是你們，我和俊也可能早就被黑衣人抓走了。”
眾人收拾好照片和紙條，帶著直樹和俊也往阿笠博士家趕。路上，柯南給目暮警官打了個電話，簡單說明了黃昏館的情況，希望警方能配合行動。目暮警官雖然對“黑衣組織”的存在還有些懷疑，但考慮到廣田教授的死和直樹被追殺的事情，還是同意派警力支援。
到達阿笠博士家後，博士立刻根據照片上的圖紙，繪製出黃昏館的大致結構。灰原則在電腦上查閱黃昏館的歷史資料，發現那棟別墅曾經的主人，竟然是一位和黑衣組織有過合作的企業家，後來因為分贓不均，被組織滅口，別墅也被一把火燒了。
“看來黃昏館的地下室，就是組織在那場火災後秘密重建的。”灰原指著電腦螢幕上的資料，“地下室裡可能有通風管道和秘密出口，我們進去的時候要多加小心，琴酒和伏特加很可能也在那裡。”
夜一從揹包裡拿出一把摺疊刀和一個手電筒：“我準備了一些應急工具，等會兒我們和警方匯合後，一起進入黃昏館。柯南，你和灰原跟在我後面，注意保護好自己，不要輕易分開。”
柯南點點頭，從口袋裡掏出麻醉針手錶和足球腰帶：“我也準備好了，要是遇到組織的人，我能拖延一點時間。”
一切準備就緒後，眾人分成兩撥：阿笠博士帶著直樹和俊也留在家裡，負責遠端支援，透過電腦監控黃昏館周圍的情況；柯南、夜一、灰原則和目暮警官帶領的警力匯合，前往黃昏館。
車子行駛在通往市郊的山路上，夜色越來越濃，周圍的樹木在月光下投下詭異的影子，讓人心裡發毛。灰原靠在車窗上，看著外面的夜色，小聲對夜一說：“我總覺得，這次去黃昏館，不會那麼順利。組織的人很狡猾，說不定早就設好了陷阱。”
夜一握住她的手，輕聲安慰：“別擔心，我們有警方支援，還有柯南在，一定能應付。就算遇到陷阱，我們也會一起想辦法解決。”灰原看著夜一堅定的眼神，心裡的不安漸漸消散，她輕輕回握住夜一的手，點了點頭。
半小時後，車子到達黃昏館附近。目暮警官讓警員們在周圍布控，防止組織的人逃跑，然後帶著柯南、夜一、灰原，小心翼翼地靠近別墅。黃昏館的外牆已經被大火燒得漆黑，窗戶破碎不堪，門口雜草叢生，看起來陰森恐怖。
柯南拿出手電筒，照亮門口的地面：“大家小心，地上可能有陷阱。”夜一則仔細檢查門口的門鎖，發現門鎖已經生鏽，但上面有新鮮的劃痕，說明最近有人來過。
“門鎖是被人撬開的，組織的人肯定已經在裡面了。”夜一從口袋裡掏出一根鐵絲，輕輕插入鎖孔，很快就開啟了門。四人走進別墅，一股灰塵和黴味撲面而來，客廳裡的傢俱早已腐爛，地上散落著破碎的玻璃和木頭。
“地下室的入口應該在書房裡。”灰原根據圖紙的提示，帶領眾人往書房走去。書房裡的書架已經倒塌，地上有一個被木板蓋住的洞口，木板上有明顯的挪動痕跡。
目暮警官示意警員們做好準備，然後和夜一一起掀開木板。洞口下面是一段陡峭的樓梯，散發著一股陰冷的氣息。柯南用手電筒照了照樓梯，發現樓梯上沒有灰塵，說明經常有人上下。
“我們下去吧，注意保持安靜。”柯南帶頭走下樓梯，夜一和灰原跟在後面，目暮警官和幾名警員殿後。樓梯下面是一條長長的走廊，走廊兩側的牆壁上，每隔一段距離就有一盞應急燈，發出微弱的紅光，將周圍的影子拉得很長。
走了大概幾十米，走廊盡頭出現了一扇鐵門。鐵門上有一個密碼鎖，密碼鎖旁邊貼著一張紙條，上面寫著：“解開夏目漱石的謎題，才能開啟真相之門。”
“又是夏目漱石的謎題！”柯南皺起眉頭，開始思考。灰原則盯著密碼鎖，輕聲說：“密碼鎖是四位數，夏目漱石的作品裡，有沒有和數字相關的內容？”
夜一突然想起甚麼：“《我是貓》裡，主人公曾經說過‘我出生在明治三十八年’，明治三十八年就是1905年；還有《少爺》的出版年份是1906年，《心》是1914年……”
“不對，”柯南搖搖頭，“之前教授的軟盤密碼是結合了誕辰和代號，這次的謎題可能和畫裡的暗號有關。畫裡的暗號是‘3-15，7--9’，如果把這些數字轉換成月份和日期，3月15日是夏目漱石的忌日，7月22日是《我是貓》的首發日，12月9日是他的結婚紀念日……”
“忌日、首發日、結婚紀念日……”灰原突然眼前一亮，“這些日子對應的數字，會不會就是密碼？315、722、但密碼鎖是四位數，說不定是取每個日期的最後兩位？15、22、09，不對……”
就在這時，柯南注意到密碼鎖旁邊的牆壁上，刻著一行小字：“貓的眼睛，看到了數字的秘密。”他立刻想到《我是貓》裡，主人公經常透過窗戶看外面的世界，“貓的眼睛……窗戶！書房裡的窗戶，是不是對應著甚麼數字？”
眾人立刻回到書房，柯南仔細觀察書房的窗戶。窗戶是方形的，分成了九宮格，其中有幾格玻璃上有細微的劃痕，組成了數字“1”“9”“0”“5”——正是《我是貓》主人公出生的年份1905年！
“密碼是1905！”柯南立刻跑回地下室，在密碼鎖上輸入“1905”。隨著“咔噠”一聲，鐵門緩緩開啟，裡面是一個巨大的實驗室。實驗室裡擺滿了各種實驗裝置，架子上放著很多裝著液體的試管，牆上的螢幕上顯示著APTX4869的實驗資料。
“這裡就是組織的核心實驗室！”灰原看著眼前的一切，身體微微發抖——這裡和她曾經在組織裡待過的實驗室一模一樣，充滿了冰冷的藥水味和死亡的氣息。
突然，實驗室的燈光瞬間亮起，琴酒的聲音從揚聲器裡傳來，帶著冰冷的嘲諷：“雪莉，我們就知道你會來這裡。你以為找到軟盤，找到黃昏館，就能摧毀組織嗎？太天真了。”
柯南和夜一立刻警惕起來，環顧四周：“琴酒！你出來！別躲在暗處裝神弄鬼！”
“別急，”琴酒的聲音繼續傳來，“我給你們準備了一份禮物。實驗室的通風管道里，裝滿了易燃氣體，只要我按下開關，這裡就會變成一片火海。你們只有十分鐘的時間，要麼交出軟盤和畫裡的線索，要麼和這裡一起毀滅。”
夜一立刻檢查通風管道，發現裡面果然有氣體洩漏的聲音。目暮警官趕緊讓警員們尋找出口：“大家快找出口，我們不能被困在這裡！”
柯南則盯著牆上的螢幕，突然發現螢幕上的實驗資料裡，有一串奇怪的程式碼：“E-07，S-12，W-03，N-18”。“這是經緯度！”柯南立刻拿出手機，輸入程式碼，發現對應的位置是市郊的一個廢棄工廠——和之前假鈔團伙的窩點很近！
“琴酒肯定把核心資料轉移到了那個工廠！”柯南大聲說，“我們必須儘快離開這裡，去那個工廠！”
灰原看著實驗室裡的裝置，突然想到甚麼：“通風管道里的易燃氣體，是透過管道從外面輸送進來的，只要找到輸送管道的閥門，就能關閉氣體供應！”她帶領眾人往實驗室的角落跑去，那裡果然有一個紅色的閥門，上面寫著“氣體控制閥”。
夜一立刻轉動閥門，氣體洩漏的聲音漸漸消失。琴酒的聲音再次傳來，帶著憤怒：“可惡！雪莉，你以為這樣就能逃掉嗎？我會讓你們付出代價的！”揚聲器裡傳來一陣電流聲，然後就沒了動靜。
眾人鬆了口氣，目暮警官立刻聯絡外面的警員，讓他們去柯南找到的經緯度位置埋伏。然後帶領眾人從實驗室的秘密出口離開，回到了地面。
“雖然沒能抓住琴酒，但我們毀掉了組織的核心實驗室，還找到了他們的新據點，已經算是成功了。”柯南看著遠處的夜空，輕聲說，“而且我們還有軟盤裡的資料，只要研發出解毒劑，就能徹底擺脫組織的威脅。”
夜一拍拍他的肩膀：“沒錯，接下來我們要做的，就是和博士、灰原一起，加快解毒劑的研發，同時配合警方，摧毀組織的新據點。總有一天，我們會把組織徹底消滅，讓所有被他們傷害的人，都能得到救贖。”
灰原看著兩人堅定的眼神，嘴角露出了一絲淡淡的笑容。她知道，未來的路還很長，還會有很多困難和危險，但只要和柯南、夜一、阿笠博士，還有少年偵探團的大家在一起，她就有勇氣走下去，去迎接屬於自己的光明。
車子行駛在回家的路上，月光透過車窗，灑在眾人的臉上。柯南拿出手機，給阿笠博士打了個電話，告訴他們事情的經過。電話那頭，直樹和俊也的聲音傳來，帶著感激和安心。
夜一轉頭看向灰原，發現她已經靠在椅背上睡著了。她的呼吸很輕，長長的睫毛在月光下投下淺淺的陰影，原本緊蹙的眉頭也舒展開來，看起來少了平日的清冷，多了幾分柔和。夜一放慢了呼吸，悄悄調整了座椅角度，讓她靠得更舒服些，又把外套往上拉了拉，蓋住她露在外面的手腕。
柯南從後視鏡裡看到這一幕，嘴角勾起一抹淺笑，悄悄把手機調成了靜音模式——他可不想打擾這份難得的安寧。目暮警官坐在副駕駛座上，看著窗外掠過的路燈，輕聲感嘆：“沒想到真的有這樣的組織存在，還好有你們這些孩子，不然我們還被矇在鼓裡。”
車子駛入市區時，天邊已經泛起了魚肚白。阿笠博士早已在門口等候，看到他們回來，立刻迎了上去：“怎麼樣？有沒有遇到危險？直樹和俊也一直在擔心你們。”
“放心吧博士，我們沒事。”柯南跳下車，伸了個懶腰，“雖然讓琴酒跑了，但我們毀掉了他的實驗室，還找到了新據點的線索，算是大獲全勝！”直樹和俊也也從屋裡跑出來，看到夜一和灰原平安歸來，臉上露出了開心的笑容。
灰原被門口的動靜吵醒，揉了揉眼睛，看到熟悉的環境，心裡瞬間安定下來。夜一伸手扶她下車，輕聲說：“累了吧？先去樓上休息一會兒，早餐我讓博士準備你愛吃的三明治。”灰原點點頭，跟著阿笠博士往門口走去，走了兩步，又回頭看了夜一一眼，眼底帶著一絲不易察覺的暖意。
接下來的幾天，少年偵探團暫時停下了委託任務，全力協助阿笠博士和灰原研發解毒劑。柯南把黃昏館的經緯度資訊交給了警方，目暮警官帶領警力對廢棄工廠進行了秘密監控，只等合適的時機一舉搗毀組織的新據點。
直樹和俊也的父母從外地趕回來後，特意帶著兄弟倆來到阿笠博士家道謝。直樹把夏目漱石的肖像畫送給了柯南，說：“這幅畫裡藏著爸爸的心願，現在交給你們，一定能幫爸爸完成摧毀組織的目標。”柯南鄭重地接過畫，說：“我們一定會的，絕不會讓你爸爸的努力白費。”
週末的清晨，帝丹小學的操場上，少年偵探團的五人圍坐在一起。元太啃著鰻魚飯糰，含糊不清地說：“下次我們還要一起破案！最好是能抓住那些黑衣人，讓他們再也不能欺負人！”光彥推了推眼鏡，點頭附和：“沒錯！我們還要幫博士找到解毒劑！”
步美看著柯南和灰原，笑著說：“柯南和灰原總是一起研究資料，就像小夫妻一樣呢！”灰原的臉瞬間紅了，連忙低下頭假裝看草地；柯南也有些尷尬，撓著頭說：“步美，別亂說啦！我們只是在研究解毒劑而已！”夜一坐在旁邊，看著兩人慌亂的樣子，忍不住笑了起來——他知道，這份悄悄萌發的情愫，會和他們對抗組織的決心一起，慢慢生根發芽。
夕陽西下時，夜一送灰原回家。走到阿笠博士家樓下，灰原突然停下腳步，從口袋裡掏出一個小小的玻璃瓶，遞給夜一：“這是我用軟盤裡的資料，調配出的初步解毒劑樣本，雖然還不能讓人完全變回原樣，但能暫時緩解藥物的副作用。”
夜一接過玻璃瓶，看著裡面淡藍色的液體，心裡滿是感動：“謝謝你，灰原。”
“不用謝。”灰原的臉頰微微泛紅，“其實……要謝謝你一直保護我，在我害怕的時候給我勇氣。”她頓了頓，抬頭看向夜一的眼睛，認真地說：“以後不管遇到甚麼危險，我們都要一起面對，好不好？”
夜一用力點頭，握緊了手裡的玻璃瓶：“好！不管是組織的陰謀，還是解毒劑的研發，我們都會一起面對，永遠不會分開。”
夕陽的餘暉灑在兩人身上，把他們的影子拉得很長。灰原轉身走進阿笠博士家，走到門口時，又回頭對夜一揮了揮手。夜一站在門外，看著她的身影完全進入阿笠博士家，嘴角一直保持著上揚的弧度——他知道，只要身邊有灰原，有柯南，有少年偵探團的大家，就算未來還有無數的困難和危險，他們也一定能勇敢地走下去，直到把黑衣組織徹底摧毀，迎來真正的光明。