艾克斯宇宙十五年前，太陽耀斑爆發日
大地的父母此時正在一片空地研究，而他們的研究物件正是哥莫拉火花人偶。
年幼的大地在一旁安靜的看著自己的夥伴參與實驗，期待能早日和這個朋友聊天。
也許是奇蹟，也許是必然，一把神奇的劍浮現在實驗儀器旁邊。
大地的母親抱起這把劍，打算順便研究。
與此同時，身處宇宙的艾克斯正在與一個不存在的怪獸格里扎對戰。
格里扎的機制相當詭異，它的質量為0，但是又確實存在，是個極度難纏的對手。
而此時的艾克斯是也是個資料化的光球，同樣質量為0。
兩個資料前後交戰了幾個星系，最後徘徊在太陽附近。
艾克斯清楚自己無法打敗格里扎，打算把它推入太陽與其同歸於盡。
大地的父母在地球同時進行著兩個實驗，一個是繼續和哥莫拉尋找共鳴達到通話的可能，另外一個則是研究突然出現的劍。
這把劍外形非常獨特，遠看似頭鏢，近看似一把比匕首長一點的劍。
就在大地父母打算深入研究這把劍的時候，艾克斯把格里扎推入了太陽。
太陽耀斑就此爆發，那把神秘的劍與太陽耀斑產生功能正在消失。
大地的父母和劍距離過近，很快也出現身體消散的情況。
大地的母親在最後消失前抱著那把劍試圖阻止它的消散擴大，並留下希望以後還能和兒子前面的願望。
而大地的父親也在消散範圍中，他用最後的力氣呵斥不遠處的大地不準過來。
他害怕自己唯一的兒子也要跟著他們一起消失，他斷斷續續的囑咐大地要和哥莫拉好好活著。
之後大地看著父母和那把劍一起消失，留給他的只有一隻哥莫拉人偶陪他度過孤獨的童年。
而艾克斯在太陽的破壞下，肉身崩壞奄奄一息，被路過的天馬賦予了奧特火花手鐲鎖住了命。
當這段回憶結束後，大地和艾克斯甦醒在一片資料空間裡。
這個空間周圍是密密麻麻的資訊資料，艾克斯因為自己也是資料體，很快就被資訊的洪流給衝散。
而大地是肉身進入這裡，身體不會被資訊亂流衝散。
在一片資料空間裡，大地抬頭赫然看見一道彩虹。
“艾克斯……你在那裡嗎？”大地對著彩虹那個方向大喊。
在資料空間裡，大地聽不到任何迴響，好在他的身體還能自由移動。
在茫茫流動的資料空間裡，大地唯一能分辨方向的就是那道彩虹。
大地只好順著彩虹的方向前進，希望在彩虹的盡頭能找到艾克斯。
城市，吉奧防衛隊
眾人檢視迪瑪迦確定沉睡之後，就著手開始清理城市破損的殘骸。
明日奈在廢墟中尋找著大地的身影，多次呼喊之後，終端也沒有發出大地的回應，明日奈上報了大地的失蹤。
隊長十分重視大地的失蹤，在尋找其他失蹤人員的時候，順便加派人員尋找大地。
格爾曼博士則是對艾克斯留在城市的燈進行研究，嘗試將艾克斯帶回來。
外星人黑市，各個外星人都在蠢蠢欲動，一旦確認艾克斯死亡後，他們就會聯絡母星派出大量同族侵略地球。
地球人在外星人眼裡太適合改造成生物兵器，地球的其他動物也同樣合適，亞波人已經用技術證明了這一點。
天馬也久違開始忙活一些事，他瞬移回自己租的地下室。
在電腦上敲著鍵盤寫程式碼，在電腦上逐漸顯示出一個機械公文包的樣子。
公文包的中間是一個鏤空圓環，圓環中間只有一個手柄。
在公文包的側面有一個介面，似乎能吻合吉奧的終端，還有完整的數字按鈕進行使用操作。