駐守臺灣城的荷蘭司令揆一，在得知此訊息後，妄圖憑藉其船堅炮利和城堡堅固，分三路嚮明軍實施反撲：
第一路派出當時最先進的戰艦，向停泊在臺江的中國船隻進攻。
第二路由貝德爾上尉率兵二百四十人，進攻從北線尾登陸的明軍。
第三路由阿爾多普上尉，率兵力二百名，乘船增援赤嵌城。
看到荷蘭人這些陸上佈置，朱成功簡直快要笑出聲來。
他隨即在北線和赤嵌城外分別部署了軍隊。
六月初三，兩軍率先在北路發生了北線尾陸戰。
北線尾是一個不到一平方公里的沙洲，南端與臺灣城相對，北端臨鹿耳門航道。
荷軍貝德爾上尉趁明軍剛剛登陸，立足未穩，他率領著多達二百四十名士兵，乘船沿臺江岸邊急駛北線尾，上岸後還分兩路嚮明軍反撲。
貝德爾指揮荷軍以十二人為一排，擺開戰鬥隊形一邊放著排槍，一邊逼近明軍。
面對此景，參將陳澤率大部兵力從正面放箭迎擊，另派一部分兵力迂迴到敵軍側後，夾擊荷軍。
事實證明，陳澤還是太高看這些荷蘭紅髮夷人了，僅僅一個照面，荷蘭軍隊就被箭雨給擊潰了。
後來據荷蘭文獻記載：明軍直接“箭如驟雨，連天空似乎都昏黑起來”。
貝德爾發現自己腹背受敵，頓時變得手足無措。
而且他所指揮的那些荷軍士兵，平日裡拿著槍，欺負欺負手無寸鐵的百姓尚可，這時哪見過這等大的陣仗啊！
僅僅一輪箭雨過後，這些荷蘭兵此時的傲慢，則完全被恐懼所代替，許多荷蘭士兵，手中的火繩槍，甚至還沒有開火便把槍丟掉，抱頭鼠竄，落荒而逃了。
在對面指揮的軍官陳澤也傻眼了，這些紅髮夷人平日裡叫囂的很厲害，實際上了戰場，就這？
呆愣了片刻，陳澤才猛然反應過來，隨即嘹亮的天鵝音響起，明軍乘勝猛攻，將荷軍“一鼓而殲”，“夷將拔鬼子(貝德爾)戰死陣中，餘夷被殺殆盡”。(徐鼒：《小腆紀年附考》卷20)
南路增援赤嵌城的荷軍，也被明軍戰敗。
這支二百人組成的援軍由阿爾多普上尉率領，乘船沿臺江南岸駛往赤嵌城，企圖為赤嵌城內的荷軍解圍。
朱成功發現後，立即出動“鐵人”軍還擊。
他們雙手揮舞大刀（荷蘭人稱為“豆腐刀”），爭先恐後的奮勇向荷軍砍去。
經過短暫的戰鬥，二百名荷軍士兵只有六十名荷蘭士兵逃脫，其餘人等當即被“鐵人”軍消滅。
阿爾多普上尉，屁滾尿流率著跑得快的六十人逃回臺灣城，再也不敢出來了。
在臺灣城的荷蘭海軍司令揆一·費裡第裡克，為荷蘭國王之弟，聞言暴跳如雷，為了一雪前恥，立馬派出當時最先進的荷蘭戰艦“赫克託”號戰艦和其他四艘艦船，組成艦隊，從海上對大明水師發動了攻擊。
六月十二號，荷蘭艦隊以鉅艦“赫克託號”為箭頭，構成一個鋒利的楔形陣。
赫克託號如同移動的海上堡壘，其雙層炮甲板上，二十八門火炮的炮口次第排開，在晨光中泛著冷冽的青黑色。
這艘戰艦，在當時世界上，也是最先進的一艘鉅艦。
它側翼的“格拉弗蘭號”、“白鷺號”等艦緊隨其後。
船帆鼓滿海風，槳手們隨著鼓點奮力划槳，艦隊像一柄鑲鐵的戰斧，直劈向遠處黑壓壓一片的明軍福建水師的船隊。
朱成功所在旗艦上，瞭望哨的喊聲急切：“紅夷大艦五艘，全速向我軍逼來！”
甲板上朱成功卻神色不變，他早已料到荷蘭人會依仗唯一的優勢水軍，憑藉著船堅炮利，對他進行著決戰。
他命令旗艦升起一串訊號旗，指揮大大小小的福建水師艦船進入預定位置。
朱成功舉著“千里眼”，胸有成竹的自言自語說道:“螳螂張臂，請君入釜。”
明軍前列艦隊由鎮將陳廣率領，是三十餘艘靈活的中型艍船和鳥船。
這些船隻體型遠小於荷蘭戰艦，排水量不大，但勝在但轉向靈活，吃水較淺。
他們迎著荷蘭五艘艦船而去，但並不接戰，而是呈扇形散開，看似慌亂地向臺江之內海退卻。
荷蘭赫克託號艦長貝西萊是個傲慢的弗里斯蘭老兵，他見狀大笑道：“看！他們只會像魚群一樣逃竄！追上去，把這些亂竄的黃皮猴子都送進海底去！”
“轟轟轟！”
赫克託號率先開火，重型炮彈呼嘯著砸入明軍船隊周圍的水面，激起數丈高的白色水柱，劇烈的爆炸聲在灣內迴盪，但是卻命中者寥寥無幾。
明軍水兵俯身在船舷後，聽著炮彈從頭頂掠過的尖嘯。他們嚴格遵循著將領的命令：保持距離，不斷用船首的佛郎機輕炮和碗口銃進行騷擾性射擊。
鉛彈和碎鐵在荷蘭艦的橡木船殼上“噼啪”作響，雖難以造成致命傷，卻成功激怒了對手。
荷蘭艦隊被一步步引向水情更為複雜的七鯓身沙洲附近水域，那裡暗礁密佈，水深變幻莫測。
已時三刻，海面上的風向悄然轉變，東南風驟急。
朱成功在樓船上看到旗艦桅杆頂的測風旗猛烈抖動，眼中精光一閃：“天時已至，發火船！”
早已在側後方隱蔽待命的二十艘火船，如同嗅到血腥味的鯊魚群，突然從幾座沙洲後蜂擁而出。
這些船是海戰中的致命奇兵：船體裝滿硝石、硫磺、乾草和桐油，船舷釘滿浸油的尖刺，桅杆與帆索上也遍佈引火之物。
每船僅有二三死士操舵，他們赤裸上身，以溼布蒙面，在逼近敵艦的最後時刻點燃船上的“火線總櫃”，然後縱身跳入接應的小舢板。
“上帝啊！是火攻船！”赫克託號瞭望哨的聲音變了調。
貝西萊這才驚覺中計，急忙下令道：“右滿舵！所有火炮向左舷射擊！快！”
但此時為時已晚。
東南風鼓動著火船的風帆，讓它們以不可思議的速度衝向荷蘭艦隊的心臟。