艾芙琳帶著主角V來到自己的朋友朱迪那邊，透過虛擬沉浸裝置{超夢}進入艾芙琳當初去到頂層套房的記憶——整段記憶裡除了房間結構就只出現過兩個人，一個是除了腦袋全身都是機械的{亞當重錘}，另一個是上來就迫不及待要進行某種運動的荒坂賴宣。
在這段回憶裡，主角確定了晶片是被低溫儲存的，進而推斷出晶片的位置應該是在房間角落的特製保險箱中。
傑克帶著{要成為夜之城的傳奇}的願望，加入了這場行動——在臨行前，他還特意在酒吧配了一杯以自己名字命名的雞尾酒。
而V這邊喝的，是上一位夜之城傳奇——{強尼·銀手}雞尾酒，叫這個名字的自然也是個死人，但是是死得特別傳奇的那種。
【夜之城沒有活著的傳奇。】調酒師這麼說道。
不久後，主角就和自己的好夥伴一起、在場外駭客的支援下成功潛入了頂層套房。
但就在他們正在開保險箱的時候，意料之外的事情發生了——窗外升起了無人機，某種動亂似乎在附近發生了。
這種意外的混亂也帶來了對原本計劃的破壞——荒坂賴宣提前回到了頂層套房，V和傑克只來得及把裝晶片的箱子提出來，卻來不及從這個房間跑出去了。
兩人躲在單向透光的投影螢幕後，很快知道了眼下這種糟糕的情況還不是最壞……根據房間裡的AI播報，荒坂三郎正在上樓。
“哇，好緊張，”柯南自言自語都小聲了起來：“會發生甚麼事呢？”
荒坂父子並沒有辜負柯南的期待——不友善的一陣交流過後，荒坂賴宣怒上心頭，抬手把自己年邁的老爹給掐死了。
柯南先是震驚、然後預感到了不妙：“這個荒坂賴宣，待會兒不會把這個殺人罪推到我的頭上吧？”
【完了，這下完蛋了……】荒坂賴宣說出了柯南的心聲。
……
冷靜下來的荒坂賴宣最後向AI宣佈自己的父親被人殺害了，要封鎖整個酒店來追捕兇手。
柯南：……我就知道！
屋漏偏逢連夜雨，對面的駭客隊友T-BUG也在此時被掐斷了訊號，V和傑克只能靠自己逃出去。
但V和傑克這兩個輕裝上陣的小卡拉米根本對付不了荒坂全副武裝的保鏢團隊，傑克很快受了重傷，而儲存晶片的箱子也出了問題，最後，傑克只能選擇將晶片插進自己的腦袋、作為活體容器來攜帶著關鍵道具。
兩人歷經千難萬險逃出來，傑克最終還是在車上嚥了氣，V只能把晶片再拔出來插進自己的腦袋——回到中間人那裡後，大金鍊子黑人也責怪他們不該殺害荒坂三郎。
【你們殺的是Tm的皇帝！是神！誰沾上這事都得死！】
V極力辯解他們是被冤枉的，但這無濟於事——黑人起了滅口的心思，對著他開了槍。
……
面前的{系統錯誤}閃過之後，遊戲的視角轉換了——柯南注意到，他現在操控的視角的角色，有一條明顯不屬於V的機械左臂：“……銀手？”
視角的主角似乎是個地下樂隊的歌手，其他人也果然叫他{強尼}——結束最後一場演出後，他坐上了直升機，周圍的建築上顯示出字樣：【2023】。
“果然是來自另一個人的記憶，”柯南感嘆道：“真是不可思議。”
強尼·銀手帶著武器衝進了荒坂塔，想要用核彈炸飛這個濫用權勢的資本家，但他最終被荒坂的特工抓捕——荒坂三郎親自到場，指定了他成為某項新技術的實驗品。
【這世上，有比死亡更悲慘的命運。】
充滿憐憫地說完了這句話後，技術人員將佈滿探針的裝置戴在了視角主人的頭上。
“說起來，荒坂三郎2023年是86歲，那他2077年死亡的時候都已經140歲了耶。”柯南算道。
旁觀的淺川和樹：其實原劇情2023年荒坂三郎是101歲來著，不過我進行了一些含有暗喻的改編。
……
【靈魂殺手已就緒，正在啟動印跡轉移……】
伴隨著螢幕上這句話閃過、黑屏，視角回到了V那邊——無數飄散的發光粒子構成了似乎不屬於現實的空間，V在那裡找到了紅色的人形。
一隻手是機戴著墨鏡的男人轉過頭：【你是誰？】
【系統重啟……系統已載入。】
V從垃圾堆裡爬了起來——他居然還活著。
“我覺得那個強尼·銀手現在八成是融合到主角的腦子裡了，”柯南對未來保持著悲觀：“然後遊戲就會說甚麼要回到荒坂塔才能把這個BUG清理出去甚麼的，最後主線就是打荒坂賴宣……”
在柯南的吐槽中，遊戲繼續推進——荒坂三郎的貼身保鏢竹村找到了V，想要將他作為{兇手}帶回去。
但身為真兇的荒坂賴宣自然不會允許真相被發現，竹村和主角很快就遭到了圍剿——一場飆車戰後，兩人活著爬到了義體醫生那裡，勉強掙下了一條命。
聽V說完那段模糊的不屬於他的記憶後，義體醫生明白了甚麼：【那個晶片上有某個人的人格意識體，而你夢到的，是他的過去。】
在V被槍擊大腦時，晶片撈了他一把，但同時晶片裡儲存的意識也和他自己的意識混為一體、無法分離——強尼·銀手會逐漸佔據上風，而且這個過程是不可逆的。
半夜，強尼·銀手第一次在V的意識中醒來，險些將V認成荒坂派來抓他的實驗體，兩人在意識中糾纏一番後，強尼·銀手主動表示自己沒有侵佔V身體的意思，並給了他一個自己認為可能會幫助他們擺脫這種危險現狀的駭客的名字……至此，遊戲的主線轉變為了如何將粘合的意識分開，完成自救。
……
柯南舒了口氣，抬起手伸了個懶腰：“不得不說駭客路線還真是爽……這種隨時隨地黑掉監控攝像頭和各個裝置裡的資料的場景，不會就是折原凌的日常吧？”
【叮鈴鈴——】
電話鈴聲響起，柯南拿過手機一看，發現是自己的高中同學打給{工藤新一}的——於是他拉下變聲蝴蝶結：【莫西莫西……是的，工藤……修學旅行？我不知道有沒有空去……清水寺？這……】
——清水寺，不是自己和小蘭告白的地方嗎？這樣的話……