前些天，託了小蘭的好手氣，主角團拿到了海上自衛隊神盾艦穗高號的參觀券。
旁聽的淺川和樹：自~衛~隊~告訴我甚麼是自衛隊~
【如果是在軍艦上，那你聯絡不上我了，】{sei}對柯南這麼說道：【各國現在還不允許我全面接管軍事方面的裝置。】
柯南覺得這很正常——一個已經基本上接管了民生的AI，如果再讓它全面接管軍事，那無異於把自己的咽喉要害送到非人類領導者的手裡。
他們提前一天到了船隻發出的地方，不出意外地又遇到了事件——點心店裡最受歡迎的巧克力味點心全部不翼而飛。
旁聽的淺川和樹：真相居然會是做點心的師傅壓根沒做巧克力味你敢信？說甚麼前任社長是保守派、不想在他的忌日做他不喜歡的新口味……那有本事就別順著時代的風口改配方啊？真是既要又要……
他抬起手，給庫拉索打了個電話：“庫拉索前輩，我需要你幫我一個忙……放心好了，我親自來給你處理假身份，軍艦上的人不會把你當成間諜的。”
……
在上船檢查的時候，軍方扣下了參觀者們的手機，但少年偵探團的定位手錶和柯南的各種小道具是他們認知以外的東西，所以他們完全沒檢查。
接下來，航海長熱情洋溢地給眾人展示了這艘承載了來自M國的超高科技的艦船。
“為甚麼不讓AI來處理這些複雜的資料呢？”光彥發問了。
“怎麼可能讓AI來管理這種危險品啊，”航海長擺擺手：“一個國家的武力當然是要掌握在自己手裡。”
透過柯南的手錶旁聽的淺川和樹：說出這種話你不覺得心虛嗎？
這時，音感超強的柯南聽到了詭異的排水聲，直覺可能出了問題——但直到他進入控制室才確認了這一點。
——本來預計的模擬對敵，轉眼間變成了實操……一艘小船不打招呼地朝軍艦駛了過來。
艦船上的先發射炮彈將其擊沉，而後才對其詳細觀察——確認那只是一艘{無害的廢棄漁船}後，眾人才鬆了一口氣。
但柯南總覺得事情沒有這麼簡單——他注意到，有個和自己站在一起孩子，他身邊的大人失蹤了很長時間，直到意外事件結束才現身。
……
接下來，柯南好運地遇上了船上最高軍銜之一的藤井，對方還因為貌美被毛利小五郎糾纏了一陣，無奈之下和主角團拍了合照。
日常劇情拖到這裡也差不多了，柯南例行到了要找衛生間的時間，而小蘭也順著命運的指引帶著他直衝不許旅客踏足的禁入地區——他們順理成章地看見了被排水口吸進來的、屬於軍士官的手臂。
小蘭給警惕地盯著他們的工作人員遞了萬能的名偵探名片，幫毛利小五郎獲得了加入調查的機會。
而柯南……他跑到角落裡，不顧船上嚴禁對外聯絡的規定，開始給服部平次打電話。
旁聽的淺川和樹：事件發展逐漸脫離現實。
之後看見柯南跟蹤那個情報部門專門派來查間諜的女海佐藤井時，他感覺這已經沒甚麼可驚訝的了。
……
柯南很懷疑這個行動時主動避開航海長的女海佐。
“你們查到這個人的資訊了嗎？”
灰原哀疑惑：【你那邊的訊號怎麼這麼不穩？】
柯南絲毫沒有自己是在犯法的自覺：“為了防止被發現，我躲到電波偵測不到的房間了。”
阿笠博士的態度很隨意：【那我現在幫你把手錶調到軍艦電波不能偵測到的模式吧。】
旁聽的淺川和樹：6，阿笠科技，如此強勁，令人驚歎。
灰原哀告訴柯南，他們沒查到軍艦名錄上有這個女海佐的名字。
這時，被柯南召喚而來的服部平次眼睜睜看著港口的工作人員在海里撈上來了軍艦上胳膊的主人的剩餘部分——這是一名本該在艦上的海尉。
既然有案件發生，目暮警官邊乘著直升機上了軍艦來查案。
旁觀的淺川和樹：恕我孤陋寡聞，這種發生在軍艦上、可能和間諜有關的案件也在搜查課的管理範圍內嗎？
……
另一邊，對女海佐越發懷疑的柯南往正在觀看電腦上的機密資訊的她的房間裡扔了一枚發聲器進去，模仿路人的聲音引開了女海佐。
接著，他坐上了膝上型電腦前的椅子，看了一眼電腦的資料，沒看懂——於是他打算把這個傳給阿笠博士看看。
旁聽的淺川和樹：所以大家都說柯南其實是FBI派來的日本的臥底果然是有跡可循的吧。
按照原劇情，這次的間諜行動主要由3個人組成——一個軍艦上的內鬼、一個以遊客身份帶了小孩當幌子上船參觀的間諜X、一個在岸上策應並接收情報的間諜……
然而內鬼昨天就腳一滑把自己摔死了，帶小孩的間諜X馬上要被小孩賣掉，岸上的做出了{在公園垃圾桶燒自己偷來的情報}的迷惑操作並被監控拍了個正著……
——四捨五入下來，這3個被國安嚴防死守的間諜，竟然都不如此時的柯南接近機密的進度更大。
按照原劇情，柯南的竊取機密進度條跑到94%就被打斷，資料沒複製全，但淺川和樹是個見不得好友失敗的人……
——他直接進入了電腦，直接幫柯南把進度條拉到底，並順著這被柯南連了外部網路的電腦扒出過往連線內網的痕跡記錄，修復後快樂地一頭扎進了軍艦的內部系統和負責海上自衛隊情報的情報保全部的內網。
——經過這一遭教訓，想必軍事部門未來會考慮{引進AI保護機密}的……
……
“成功了！”柯南眼前一亮的同時，也聽到了那位女海佐飛奔回來的聲音。
他藉著自己瘦小的身形的便利藏進門後……看著女海佐焦急地檢視電腦上的資料並自言自語甚麼{X為甚麼又調出這些資料}，他再次產生了一個絕妙的想法。
——如果自己在這裡發出衛星電波，也許就能借此知道她的真實身份了？
片刻後，軍艦控制室。
“檢測到衛星電波！”
“立刻去艦長室！機密資料都在那裡！”
岸上的阿笠博士也在此時收到了柯南發來的資料。
“新一這次又傳了甚麼過來？”