三方混戰最後以{暴食}被捕獲、新國皇子手下失去一條手臂、其他人不同程度輕傷結束，愛德華在火車站送別了女主，發誓以後絕不會再讓她因傷心而流淚。
{嫉妒}那邊捕獲了{人柱}備選馬爾科醫生，醫生推測出了七宗罪組織的目的。
【你們是要利用這個國家和所有國民做一個巨大的煉成陣，用來製造{賢者之石}對吧？】
【不對哦……但很接近了。】
{嫉妒}並沒有否認{煉成全體國民}這個猜測——他用馬爾科也是主角所在村子的人們威脅他入夥：【你們人類，理智總是戰勝不了感情，就像我之前殺掉的某個男人，變成老婆的樣子，他就下不了手了……】
大和敢助惱火道：“這群不把人命當一回事的{人造人}……”
“現在我倒是能猜測出之前那位中校為甚麼會被{嫉妒}滅口了，”諸伏高明摸了摸下巴：“他拿的是4大邊境發生異動的報告，那應該就是七宗罪在準備鍊金陣搞出來的事件……而{X}傷疤的男人不是真正的敵人，而是被人造人設計毀掉的國家的遺民。”
“他到處捕殺高階鍊金術師，可能是在報滅國之仇，也有可能是在破壞七宗罪的計劃。”
……
主角團本來是想從{暴食}身上找出些情報，但對方看見殺死{色慾}的羅伊上校後突然暴走，戰鬥中將新國皇子、愛德華和{嫉妒}吞入胸前裂開的巨大嘴中。
在封閉的空間中，柯南聲線的反派{嫉妒}告訴了他們此地的真相——{暴食}腹中的空間是{父親}研究{真理之門}製造出來的粗劣仿冒品，可以視為{現實的夾縫}。
在這種絕望的情境下，{嫉妒}也公開了自己的罪孽——他之前假扮成國家的高階軍官、在伊修瓦爾殺害了無辜的孩子，從而讓反對戰爭的軍官被送上軍事法庭處死……
——也就是說，他是激起那場戰爭、以及造成女主父母死亡的元兇。
憤怒中，愛德華出手攻擊{嫉妒}，而對方也化為真身——一隻從下巴到肩膀長滿了密密麻麻人臉的巨大蜥蜴形獸類。
在異空間內發生戰爭的同時，外面的阿爾說動了頭腦簡單的{暴食}，前往面見{父親}。
而愛德華被{嫉妒}吞入腹中、看見{賢者之石}周圍環繞的怨靈，回想起了曾經在{一夜之間毀滅的克賽爾克賽斯}遺蹟裡見過的人體煉成陣。
“這樣看來，那個國家應該就是上一個被{煉成}的國家了，而現在流傳在世間的{賢者之石}，估計都是那些國民的……”
柯南說不下去了：“唉，真是，為甚麼要用我的聲線配{嫉妒}這種噁心的反派啊……”
“但是，那些國民的靈魂好像還{活著}，”灰原哀看著大總統回憶裡接受實驗的場景：“他們似乎仍然在{賢者之石}中，而人造人們可能就是{能成功在實驗裡把自己血液轉變成賢者之石的人}。”
……
少年時期的大總統看著上一個人的血滴落在地、化為固態的紅色寶石，然後被綁在床上，看著鑲嵌了金色假牙的醫生將一管石榴紅的液體注入他的身體——在痛苦的煎熬過後，他成為了那唯一一個成功的實驗體。
【賢者之石是包含眾多人類靈魂的高能量體，進入人體會因排斥反應而在體內翻江倒海……其產生的破壞和修補反應會在原來的肉體死亡或者戰勝賢者之石前不斷反覆……】
“……怎麼看都是在說A藥啊喂！”黑羽快鬥虛起眼。
“只是折原凌結合兩者的特點創造出的設定罷了。”淺川和樹敷衍道。
……
【殘存的只有一個靈魂和憤怒的感情，】大總統在被扣押的羅伊上校面前感嘆道：【這靈魂是屬於被變成賢者之石的某人、還是原本的自己，完全是不清楚的了。】
羅伊上校試圖嘴遁：【既然您原本是人類，那麼可以捨棄人造人的身份、以人類的身份活下去吧？】
【你要我恢復成人類？不可能，這個身體已經超越了人類，是遠遠優於人類的種類——我們也是有作為人造人的自尊心的。】
與此同時，愛德華收集齊了異空間裡面刻畫了壁畫的石頭：【這是一個人體煉成陣。】
一直在追逐所謂長生的皇子驚喜道：【難道是死者復生……】
【不，鍊金術的本質是等價交換，所以不存在於世上的靈魂是不能用煉成來創造的……】
愛德華想到了一個奇異的主意——他要在這個空間自己煉成自己，也就是將自己分解後再重新構成。，從而透過真正的{真理之門}從虛假的空間脫身。
而在進行人體煉成之前，愛德華向{嫉妒}確認自己的猜測——他認為，克賽爾克賽斯的人民被煉成的幕後存在的黑手就是{父親}，那個人肯定透過煉成得到了甚麼。
【獲得了強大的力量、想要超越神明的……到底是誰？他是不是想要在這個國家再現那場悲劇？！】
{嫉妒}的身上，無數來自滅亡國家的人民的靈魂在悲鳴：【救救我，殺了我吧……】
{嫉妒}看著這些人臉：【他們的肉體和精神在很久之前就腐朽了，如今只是用來消費的能量，連自己曾經是甚麼樣子都記不清了。】
“太悲慘了，”柯南嘆息道：“這樣被囚禁在利用他們的人的身體中、只是作為要消耗的能量存在……”
……
{嫉妒}將一小塊{賢者之石}交給愛德華當做開門的{費用}——人體煉成特有的巨大眼睛睜開，眾人的身體開始分解……
【精神連線著靈魂與肉體，只要跟隨門後我的肉體的引導……】
——時隔多年，愛德華再次來到了{真理之門}純白的空間，看見了擁有自己一手一足的無形小人。
【欸，不是來取回手和腳的嗎？】
但他真正落地後，小人卻不在那裡——對面是另一個人的{真理之門}，門前坐著的正是阿爾的身體。
愛德華下意識向對方衝過去，但他身後自己的{真理之門}裡伸出無數黑色的小手，將其拖向黑暗。
【你不是我的靈魂。】{阿爾}站在原地沒有動彈。
【阿爾馮斯！】愛德華以意志扒住了要關閉的門的邊框：【我一定會來接你的！】
他伸出手指指向對方：【你等著啊！等著——】
緊跟著的27集是總結篇，回憶了一遍前面的劇情後，名為霍恩海姆的不老的男人從長夢中醒來，似乎下定了甚麼決心。
“真想知道這一切的真相究竟是甚麼啊，”黑羽快鬥感嘆道：“還有大總統回憶裡那個很像霍恩海姆的{父親}的人影，究竟和他本人有甚麼關係呢？”