話說王允和其他幾位志同道合之人謀劃好了剷除董卓的計劃，也說動了呂布來作這個內應。
可還需要解決一個問題，那便是長安城守軍的問題。
董卓手中除了一直跟隨他的那些西涼大軍外，還有戍衛皇宮的執金吾和掌控京師周邊的司隸校尉二人手中的部隊，只有卸除這三路大軍，才能安心執行計劃。
西涼大軍是董卓的親信，策反幾乎不可能，但好在這部分大軍為了應對朱儁，駐軍在外，執金吾在於鎮守皇宮，王允有把握能用自身的官職將其壓制，唯獨司隸校尉，手握大權又是京師三獨坐，不會輕易聽從號令。
所以王允將眼光放在了司隸校尉黃碗身上。
他找到黃碗，用對董卓的憎惡言語刺激，以便探明黃碗真實的態度。
黃碗本就看不慣董卓，平日裡不好說甚麼，如今看王允真情實意，便也透露了自己的態度。
二人一拍即合。
另外，王允還收到了一個好訊息，呂布不僅自己加入了反董的行列，還把同郡的老鄉李肅也帶了進來。
李肅這個人先前聊過，是他當初冒險出雒陽城前往丁原大軍中將呂布說服，加入董卓大軍。
也算是董卓能穩坐雒陽城，逍遙快活日的大功臣。
董卓曾經答應給他高官厚祿。
李肅是個官迷，也是個工作狂，一直勤勤懇懇跟隨在董卓身邊，想著董卓總有一天會兌現諾言。
可這一等等了兩年多。
董卓不是說颳風就是說下雨，其他人都安排好了，唯獨李肅還在都尉這個職位上原地踏步。
這不僅讓李肅很沒有面子，更讓他的信念產生了動搖。
他想，好你個董卓，其他金銀財寶也就算了，許諾的高官怎麼能賴掉呢？自己在長安城裡逍遙，卻忘記了曾經的大功臣，真是豈有此理。
雖然董卓不一定是這麼想，但是李肅就是這麼認為的，認為你董卓怠慢他了。
他是越想越氣，最後咬牙切齒呀！
這日，呂布神秘兮兮地找到李肅，說出其中用意。
李肅沒有絲毫猶豫，當場答應了呂布，還順便幫呂布拉來了十多名心腹。
這十幾名心腹可都是李肅的親信，而且各個都是好手。
可見李肅對董卓的怨恨。
事情到此，就算是萬事俱備只欠東風了。
甚麼東風呢？
就是一個由頭，能讓董卓放鬆警惕的由頭。
初平三年（公元192年）四月二十三日，這個東風來了。
這日天子大病初癒，朝廷百官在未央宮集合，恭祝天子龍體安康。
王允當即決定趁此機會行動，令士孫瑞書寫詔書交給呂布。
呂布懷著詔書，派同郡騎都尉李肅等人帶領十多名心腹親兵，穿上宮廷侍衛的服裝，潛伏在宮殿側門兩邊。
當董卓大搖大擺地出現在側門外時，立即遭到潛伏在門後的李肅等人的突然襲擊。
董卓急呼呂布，呂布手捧聖旨，大呼：“奉旨殺賊！”
隨後一戟將董卓刺死。
一切來得如此之快，手起刀落，人頭落地。
董卓在絕望中被呂布所殺，董卓的主簿田景等三人撲向董卓屍體，也被呂布斬殺，在場的其餘人再也不敢動了。
就呂布那架勢，高大威猛，英盔金甲，手持方天戟，怒目而視，還有誰會想不到再動？
加上董卓本就名聲不好，服氣的人寥寥無幾，更不可能再有人此刻站出來為他伸冤。
這時，王允站出來安撫眾人，並向天子上奏，由天子出面安頓朝廷。
同時，他命皇甫嵩速速領軍攻打郿塢，誅殺董卓三族，力求斬草除根。
一系列舉動下來，董卓一族再無還手之力。
朝廷上下也一片歡騰。
董卓怎麼也沒有想到，入主朝廷僅僅三年，就結束了他的一生。
作為誅殺國賊的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉賞和廣大人民的稱讚。
隨後，天子以王允錄尚書事，以呂布為奮威將軍、假節，儀比三司，共秉朝政。
對權力展現出渴望的王允態度開始發生改變，似乎有些飄飄然起來。
他對任何人、任何事情都無所謂，毫不在乎，甚至居功自傲，大有另一個董卓的趨勢。
在陳留、潁川一帶掠奪的李傕、郭汜得知董卓被幷州人王允、呂布謀殺，便把憎恨轉嫁到了所有幷州人身上，把軍中的數百名幷州人全部處死。
二人火速趕回陝縣，想要找牛輔殺回長安城。
可牛輔已身死，李傕等人無所依託，打算解散部隊逃歸家鄉，於是派人前往長安朝廷請求大赦。
王允認為誅殺董卓後已經大赦過了，今年不能再次赦免，因此不答應。
李傕等人感到害怕，不知如何是好。
這時，未來曹操帳下第二毒士，最牛保命大師賈詡站了出來。
他對李傕說：“聽說長安中有人打算把涼州人士趕盡殺絕，各位如果棄軍單行，則一個小小的亭長就能抓住你們了。不如破罐子破摔，率軍西進攻打長安，為董公報仇。事情如果成功了，則奉國家以正天下；如果不成功，再走也不遲。”
這句話的關鍵不在後半句，而是在前半句。
眾所周知，亂世之中，掌軍者方有話語權。
李傕、郭汜二人想要放棄軍權而安度餘生，在太平盛世或許有可能，在亂世之際絕無可能。
賈詡提出這個建議，不僅是為了讓李傕、郭汜二人能留下來，更是為了能將大軍留在身邊，好保護自己。
李傕、郭汜二人也沒有讓賈詡失望。
二人採納了賈詡的建議，對陝縣諸將說道：“朝廷不肯赦免，我們當被處死，那還不如與他們拼死一戰。如果攻打長安，事成則可以得到天下；不成，則搶奪三輔的婦女財物，西行隴上，回到故鄉作賊，起碼還能活命幾年。”
部下紛紛響應，李傕於是同郭汜、張濟等人結盟，率軍幾千人，日夜兼程，攻向長安。
也正是賈詡的這一句勸，導致了長安城中董卓之後的第二大亂。
曹操養著賈詡又不敢用賈詡，也是有一定道理。
王允聽說後，令涼州大人胡軫、楊整修前往東邊勸解。
兩人表面上領命前去做中間人，實際卻召集大軍悄悄躲了起來。
王允得知訊息氣個半死，只好命原先的董卓部將徐榮和胡軫在新豐迎擊李傕、郭汜。
畢竟長安城中其他人也打不過李郭大軍。
結果徐榮戰死，胡軫率部投降。
李傕等沿途收集部隊，到達長安時已有十餘萬人，又與樊稠、李蒙、王方等人會合，把長安城圍得水洩不通。
一連八日，都沒有任何鬆懈，嚇得長安城裡的百官不知所措。
連戰神呂布沒有任何辦法。
直到六月的一天，呂布軍中蜀兵反叛，開啟了長安城門，李傕軍趁機進城，與呂布展開巷戰。
呂布敗走，李傕等人縱兵劫掠，百姓、官員死傷不計其數，太常種拂、太僕魯旭、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎戰死。
王允帶著漢獻帝到宣平城門樓上，對著李傕等人問道：“臣子無作威作福，而放兵縱橫，這是想幹甚麼？”
李傕回道：“董卓忠於陛下，而無故被呂布殺害。臣等為董卓報仇，不敢作逆。等事情結束後，我們自會前往廷尉處受罰。”
李郭領兵進長安城，也就意味著王允的從政之路就到此為止了。