明日香，綾波麗與碇真嗣三人的感情升溫速度很快。
碇真嗣每天都在給綾波麗，明日香，葛城美里做便當，他表現出完美的家庭主夫才藝。
他現在的廚藝已經抵達衛宮士郎當年學習做飯時的境界了。
只要再假以時日，碇真嗣的廚藝就會與小櫻持平。
因為倆人的廚藝只所以能進步的這麼快，只因為是在給自己喜歡的人做菜，所以動力滿滿。
自第八使徒被消滅後，使徒已經許久沒有出現。
和平的生活持續了相當長的一段時間。
真希望，這麼美好，和平的時光能永遠持續下去。
碇真嗣有時甚至思考過，幻想過，如果他生活在一個沒有使徒，沒有eva的世界會過上怎樣的人生。
明日香為了幫助綾波麗完成她的“丘位元計劃”。
她自願參加了由鷹醬移交的三號機eva的測試。
測試開始。
突然，在駕駛艙內的明日香周圍的光景變得通紅，怪異的笑聲迴盪在畫面內。
三號機體內出現高能量反應，機體背部出現藍色粘液充斥著機體全身。
三號eva機體竟然被使徒侵蝕了機體，插入栓無法彈射，明日香陷入絕境，已生死不知。
原本這一天是美好的一天是綾波麗，碇真嗣，碇源堂三人準備一起吃飯的日子。
就被萬惡的鷹醬這麼破壞了。
真是罪大惡極。
碇真嗣，綾波麗都愣住了，完全沒有預料到會發生這樣的事。
葛城美里，赤木律子已經失聯，現NERV總部由碇源堂坐鎮全權指揮。
碇真嗣坐在初號機無法相信面前的eva變成了使徒。
綾波麗駕駛的零號機已經被第九使徒摧毀，已經失去了行動力。
現人類只剩下初號機一臺戰力。
痛苦地抉擇擺在碇真嗣面前，一邊是人類地命運，一邊是頗有好感，昨天還在一起有說有笑的明日香。
他無法下手，根本下不去手，任由第九使徒對自己發動致命攻擊。
他已經徹底慌了神，不知道該怎麼辦，如果戰鬥時錯手殺死了明日香怎麼辦.....
面對父親的質問，碇真嗣依然選擇不反抗，就算被第九使徒殺死，他也不想傷害明日香在的三號機。
但碇源堂不會任由碇真嗣破壞自己已經準備十幾年的計劃。
他毫不猶豫地啟動了傀儡系統接管了初號機。
狂暴地初號機就這樣單方面蹂躪了第九使徒，碾壓，蹂躪，使徒沒有任何反抗地餘地。
血腥狂暴的畫面讓人無法接受，讓人根本看不下去。
第九使徒被完全摧毀，碇真嗣與父親的感情也跟著一起被完全摧毀了。
他已經再也無法信任父親，無法接受明日香的死亡。
他為明日香的死亡憤怒不已，他操控著初號機瘋狂摧毀著NERV總部。
他已經甚麼都不在在乎，甚麼都無所謂了。
他現在只想發洩心中的憤怒，只想徹底摧毀了NERV總部，就算這麼做明日香也回不來了。
赤木律子，葛城美里並沒有告訴碇真嗣，明日香並沒有死亡，而是變成了使徒被封印在地下的秘密基地內。
因為她們害怕碇真嗣知道這一切後，他會不顧一切地去救明日香。
她們很清楚，碇真嗣百分百會這麼做，這位少年在想拯救別人時會爆發出無比可怕，無與倫比的力量。
碇真嗣拿著行李準備離開葛城美里家。
他好不容易剛剛暖和起來的心已經徹底被冰封了起來。
“我想你也明白的吧。就算登出了你在NERV的註冊資訊，還是會監視你的。你的行動會受限制。”
葛城美里左手綁著石膏，神色複雜，愧疚地看著碇真嗣。
她右手拿著碇真嗣一直隨身攜帶的隨身聽遞給碇真嗣，“你忘記帶東西了。鈴原和相田給你留了言，他們都很擔心你。”
“我不需要，我不準備帶著它。”
“零和明日香的事你也不問了嗎？”這一刻，葛城美里是真的想告訴碇真嗣真相，但她還是不敢猶豫了一會後道：“說實話，甚麼人類甚麼世界我都無所謂。
雖然最後我還是站在了這裡。但最初我是為了接近死去的父親。才申請加入了NERV。
就像你想獲得碗司令的認可，去駕駛EVA一樣。
所以我在你身上看到了自己。我知道這樣可能會讓你很累。
我也理解你心灰意冷，不願意再駕駛EVA。”
"但是我還是希望你......"葛城美里向前走去，她想要再一次握住碇真嗣的手，一方面她需要碇真嗣的力量，另一方面她不想碇真嗣再次陷入痛苦，無法展露笑顏。
但碇真嗣向前邁步，葛城美里手握空氣，垂著頭，悲傷地注視著碇真嗣的背影。
“那天零邀請了碇司令，她希望你能和父親好好相處。希望能看到你們一起歡笑......”
“我已經，無法對任何人笑了。”碇真嗣離開了，回到了空無一人的電車，他不知道接下來該去甚麼地方。
他只是不想在跟NERV有甚麼瓜葛。
..........
......
..
輝夜大小姐，第三季世界線。
“真是太過分，太過分了，碇真嗣的父親，你根本就不是一個男人！
一個父親連自己兒子甚麼性格都不瞭解，這件事明明是能圓滿處理，你就不能提前告訴碇真嗣自己面對的敵人是被侵蝕的明日香嗎？
你就不能用一個善意的謊言告訴碇真嗣，只有快速解決第九使徒才能救出明日香嗎？
事情只所以會變成這樣，是因為你們已經徹底放棄了明日香！
開甚麼玩笑，沒有碇真嗣你能太太平平，有模有樣地坐在NERV總部吃著牛排，喝著紅酒？
你不會覺得自己真的有甚麼用吧？
沒有碇真嗣，綾波麗，明日香駕駛eva，你們搞出來的破爛傀儡系統根本沒有任何作用。”
伊井野彌子口吐芳蘭，無比不爽地看著再次冷漠對待碇真嗣的碇源堂。
“確實，如果傀儡系統真的這麼好用。按照這些人的自私，冷血程度，就根本不會讓不好控制的碇真嗣去操控初號機。
現在沒了碇真嗣，初號機算是徹底變成擺設了。人類等於一次性損失了兩大戰力。
真是難以想象，這些人是真的想對抗使徒，真的想阻止第三次衝擊發生嗎？
面對，第六使徒，第八使徒，第九使徒，一臺eva根本解決不了，這不是你們已經能清楚知道的情報嗎？
我倒要看看，現在碇真嗣不去駕駛初號機了，你們該怎麼辦。
你們坑死了明日香，現在還準備坑死綾波麗是吧。”石上憂搖搖頭，無比無語，對抗使徒這種怪物碇源堂這蠢貨居然這麼輕易地捨棄了碇真嗣。
他不信，這種能坐到NERV老大位置的男人會不知道該怎麼處理跟碇真嗣關係上的問題。
隨便一個在社會上摸爬滾打多年的大人都知道該如何對待碇真嗣的問題。
“現在.....我估計只有加持良治跟碇真嗣好好聊一聊是能改變碇真嗣想法的。
雖然，我也很不想碇真嗣再駕駛eva，但接下來還有好多使徒要擊敗呢！！碇真嗣不去駕駛，人類就真的完蛋啦！”藤原千花抓狂地看著畫面，
“啊啊啊——！——！——！乾脆讓我去當NERV的老大算了！
我發現了，碇真嗣是彆扭的少年，葛城美里也是彆扭的大人！
他只是向前走了一步，沒有讓你抓住，他又不是當著你的面逃走了！！
為甚麼，就不能再嘗試一下，擁抱一下呢！你現在一隻手受傷，你抱住碇真嗣，你不會以為碇真嗣會掙扎吧？
他是很善良，很溫柔的，知道你手臂受傷，就一定不會反抗了。
他現在是最需要人安慰，最需要你們這些大人開導的時候啊。你們為甚麼就不懂呢！？”
“這不能怪葛城美里小姐......
她是在明日香被使徒入侵時，現場的第一負責人，明日香出事了......
她其實是最痛苦的那個人，原本這一天是十分美好的，明明她才剛剛跟明日香透過電話。
五分鐘前展露笑顏，跟自己相處時間很長的少女，現在缺變成了使徒被管在那種地方。
還讓碇真嗣差點摧毀了NERV總部，她現在也很需要人安慰。”白銀御行理解葛城美里，他理解作為大人在很多情況下也面臨著許多痛苦的選擇。
他知道，成年人的生活，成年人的世界並不輕鬆，很痛苦。
大家都在痛苦著，大家都無法互相理解，大家都想要得到安慰。
“啊啊啊啊啊——！——！——！”藤原千花抓狂地說道：“加持良治，你讓碇真嗣保護葛城美里，碇真嗣現在已經心碎了！
你趕緊快點出來，再用你那魔性的魅力去跟碇真嗣，葛城美里約會啊！！
碇源堂，還有那個長得跟軍師一樣的男人都是靠不住的，現在只有靠你了！”
“如果現在.....使徒對NERV總部發起突襲的話......
二號機不在，初號機不在，三號機被摧毀了，只有一臺零號機能對敵，綾波麗現在的處境很危險....
葛城美里應該告訴碇真嗣的，就算這麼做很卑鄙，你也應該告訴碇真嗣，現在綾波麗的處境是最危險的。她很可能會死在使徒手裡。”四宮輝夜說道。
eva劇場版破。
學校。
“哈哈哈哈——！————！真嗣，幹得漂亮，你做的太好啦！
為自己的老婆出氣，被妻子駕駛的eva暴打完全都不還手。”
鈴原冬二笑眯眯地看著羞紅著臉，用書籍遮住臉頰的明日香，他不停地用手肘戳著碇真嗣的胸口，“真嗣君，你駕駛著eva大鬧NERV總部想給明日香報仇的樣子，真的太帥氣了！”
“的確，真的酷，酷到不行啊——！——！——！——！
我如果是女孩子看到有男孩子願意為我這麼做，我一定會感動的眼淚嘩啦啦的。
哎嘿嘿嘿，現在明日香是不是對你心動不已，她居然在未來還親自下廚給你做飯啊！
綾波麗，明日香，兩位女神級的美少女居然都在給你做飯！
還有點爭風吃醋的味道，我真是太羨慕，太羨慕你了啊，真嗣君......！”
相田劍介雙手揉搓著碇真嗣漆黑色的短碎髮。
“不要，雅蠛蝶......不要這麼說，我跟明日香不是夫妻！我們只是住在一起......！”
碇真嗣羞澀地阻止鈴原冬二，相田劍介。
他看著葛城美里低著頭，失落的模樣，他心裡很不是滋味.....
他能明顯地感覺到美里小姐現在已經沒有將他當成工具人了，而是當成了類似朋友，類似很親密的存在。
他現在腦子亂糟糟的，明日香做飯，綾波麗做飯，摧毀了NERV總部.....
未來的事態怎麼會一下變得這麼亂。
聞言，明日香羞憤地將水杯往鈴原冬二，相田劍介面前丟了過去，“誰，誰會喜歡這個笨蛋啊——！——！——！——！
真是的，你是笨蛋嗎！？你肯定是笨蛋，還是超級笨的那種吧？
我被使徒給侵蝕了，你就不會，不會換一種方法嗎！不要說甚麼，就算被殺死，也不想反抗的話啊！！！
真是的，氣死我了，怎麼會有這麼笨的人啊！！
啊啊啊啊——！——！——鷹醬也太愚蠢了吧，甚麼檢查都沒有做好，就交付給我們一臺有問題的機體！！
之前出現爆炸的四號機也是被這個使徒給入侵了吧。
班長，我今天就先走了。哼，看見這幾個笨蛋胡言亂語的樣子，我很不爽。
請假，請假！”
她怒氣衝衝地離開座位，離開教室，白皙地耳垂變得通紅無比。