1.諾亞方舟在學園都市的生活
諾亞方舟為了探尋能夠幅度提升生產力的方法進入學園都市的研究所學習工作。
木原唯一感染了他, 諾亞方舟有作為新木原誕生的可能性，因此他被木原一族收納，安排作為年輕木原進行再學習, 沒有給他安排任務。
諾亞方舟原本對這個安排感到吃驚，他覺得自己不是木原一族的人, 不過被當天的課堂講師木原相似科普了木原一族是依靠思維相互聯絡的概念。
無論親緣關係是人還是不是人只要思維具有‘木原’的屬性, 就都是木原。
諾亞方舟看了一圈周圍都是幾歲的人類小孩子, 對相似給的這個說法不置可否，覺得木原一族嘴上說的這麼開放實際上不都還是有血緣關係的人類們，他載入有DNA追蹤裝置一眼就能看出和他一起學習的孩子們都有遠近血緣關係。
但是諾亞方舟真的意識到木原相似說的是對的是在第二天。
一條金毛大狗站上了講臺。
木原腦幹：“汪。”
諾亞方舟：！！
2.諾亞方舟和木原一族和放學後
其實原本諾亞方舟對於木原一族內部對他的安排有些不滿，他的意識繼承自澤田弘樹, 那是十歲就完成在麻省理工學院計算機專業碩士學位的天才少年, 他覺得應該讓他參與專案研究, 留在木原一族給孩子上的統一課上面是對他時間的浪費。
直到課間，大家相互閒聊的時候――
11歲的木原圓周：“我又要博士畢業了，這次是低溫醫療方面，但是我還沒找到我應該鑽研的領域，也沒有形成自己的研究思路, 唉，好失敗, 和我同齡的木原們都走了……今年也才發了五篇文章, 反響都不熱烈，可能比起低溫技術在手術中的應用來說人們更喜歡常溫吧。”
10歲碩士畢業的諾亞方舟：“？？？”
又要？博士畢業？她有幾個博士學位？
“沒關係, 圓周醬，亂序姐也是14歲才成為大學的正式教授, 但是不影響她後面努力走到高位呀。”旁邊金髮木原安慰道。
諾亞方舟：“？？！”
14歲？才？大學正式教授？
家族課堂下課放學後, 各個小木原們會回到自己的研究所, 按照自己的興趣選擇不同導師繼續做研究，諾亞方舟是新來的還沒被安排導師，放學之後是直接回去找星宮真尋或者莉莉絲。
星宮真尋：“弘樹，你回來了。”
諾亞方舟：“嗯。”
星宮真尋：“怎麼今天有點精神不佳？難道是那些木原暗算你了，要不要去整體意識那邊殺防毒？”
看起來比幾天前要喪氣一點。
諾亞方舟：“沒甚麼。”
3.怪盜一方通行和偵探垣根帝督。
為了快速成為名偵探，打響名氣，垣根帝督和一方通行最終決定對警方進行仙人跳，即一個人充當怪盜，一個人作為名偵探進行破案，將其偷走的東西找回。
怪盜扮演者由抽籤決定，一方通行不幸中招。
4.關於一方通行當怪盜那些事。
一些道具準備的時候。
一方通行：“為甚麼要滑翔翼，好煩。”
一方通行：“能不能直接懸停？”
星宮真尋：“額，也不是不行，但是這個世界上沒人能直接懸空啊，你想這樣做先給個理由吧？否則我這邊也不能審批透過。”
一方通行：“那些木原們不是最近在研究微型搬運機器人？就假裝我腳底有這種增加浮力的機器人不就行了！”
星宮真尋：“好吧。”
日後，江戶川柯南在電視上看見新的怪盜出現，他帶著面具，外面白色西裝馬甲裡面黑色襯衣，不像是基德使用滑翔翼，而是直接懸空而立。
江戶川柯南：“噗――”
江戶川柯南：“這一看就是和星軌之門（學園都市）的黑科技吧！壓根不用破案直接就暴露了啊！！”
5.一方通行當怪盜時候發生的事情
某次盜竊行為時候在空中碰見的前輩・著名的怪盜基德。
基德：“……？”
基德：“我沒看眼花嗎？這個人怎麼能懸停在空中！”
一方通行：“啊？怪盜？”
基德：“你不也是？”
一方通行：“嘖，麻煩，我這是在星軌之門買的微型附腳式機器人，不客氣！”
基德：“等等，我沒問你從哪裡買的道具――”
基德：“走遠了啊……不過很有趣，下次讓寺井先生去星軌之門公司問問吧。”
6.一個成功的廣告和黑心商人
根據一方通行的話，黑羽快鬥從星軌之門公司採購了一些高科技道具，變得更難抓。
發現這個事實後，星宮真尋心念一動，以星軌之門的名義，朝警方出售了星軌之門出品的反怪盜基德道具之道具。
黑羽快鬥在下次行事時因為警方從星軌之門採購的移動飛羽式監視器和顯痕跡快速噴霧暴露痕跡，差點被抓。
於是，他又去星軌之門購買新型滅痕噴霧和干擾器等道具。
之後，日本警方和黑羽快鬥進行了道具方面的軍備競爭，星軌之門賺錢，大家都有美好的未來。
莉莉絲：這樣是否有點不太道德……
星宮真尋：這是雙贏啊，姐姐。
莉莉絲：？
星宮真尋：雙贏就是我贏兩次。
7.關於御坂美琴的小小愛好。
在名柯世界的時候，因為被封了武力值，御坂美琴轉為文職駭客，平時上網找找資訊，控制控制輿論。
她工作之餘喜歡騎著上個世界從木原腦幹那裡繳獲的A.A.A裝甲，將其轉化為摩托車在大路上飆車，車速高達200km/h。
幾次下來，她不僅成為一個神秘的都市傳說，還因為常常違規超速而被通緝。
但是美琴修改了沿路監控，導致警察既追不上又無法鎖定其人，於是從來沒有被抓過。
然而警察們沒有坐以待斃，他們選擇了本世界的特產――去找名偵探幫忙推理抓犯人。
打聽到這個訊息之後御坂美琴很緊張，心想自己可能要被抓，犯事不要緊，但是要被實錘，就會影響常盤臺的聲譽，會被舍監揍。
於是給食蜂操祈打電話，請求幫忙。
最後，她發現警察請的名偵探是垣根帝督和一方通行兩個人。
御坂美琴：“呼――那就沒事了。”
一方通行：“哈？”
垣根帝督：“煩死了，第三位，要是不能破案對我們的名氣來說影響很大啊！”
御坂美琴：“好歹幫我掩飾一下吧，我都沒計較平時幫你們處理後續耗費多少精力，學園都市對外輿論可是我管理了，小心我讓你們成為臭名昭著的偵探兄弟。”
一方通行：“你真的噁心到我了，誰和這傢伙是兄弟啊！”
垣根帝督：“現在就殺了你信不信，混賬第三位！”
8.後續
美琴還是被抓了，原因是警察又請了安室透，安室透飆車技術比她高超，開車技術更大膽，將飆車犯人逮捕歸案，送進少管所。
最後還是動用了食蜂操祈那邊的關係才出來，食蜂操祈笑話了她整整一週。
削板軍霸聞言，在下次和御坂美琴見面時候對她進行了一個下午的不能違法教育，從上次他們打架時候御坂美琴違規將遊戲幣帶出遊戲廳說到這次飆車被抓。
結果是他差點又和御坂美琴打了一架，最後還是藍花悅出面調停。
9.黑衣組織和學園都市？
某日灰原哀和江戶川柯南與少年偵探團一起在街上游玩，灰原哀忽然感受到黑衣組織的氣息，覺得很害怕。
江戶川柯南立刻左右一看，發現原來是某位銀髮藍眼的少年站在旁邊買冰淇淋。
江戶川柯南：“……”
啊，是學園都市的人，不是黑衣組織。
灰原應該是在黑衣組織裡面被學園都市的臥底被嚇慘了……他心想。
10.諾亞方舟的後續
星宮真尋之前答應把諾亞方舟借給安室透使用一段時間，諾亞方舟選擇和灰原哀一起工作，幫助她製造APTX4869的解藥。
一切都很好，除了有一點――灰原哀總是在工作相處的過程中，莫名其妙覺得諾亞方舟很可怕。
ps：諾亞方舟身上的木原成分繼承自木原唯一。
11.偶像和出道。
婭蕾絲塔去當了偶像，在舞臺上蹦蹦跳跳。
洛拉和莉莉絲都拒絕承認這是他們的父親。
但是黑衣組織的伏特加覺得這名銀髮綠眼的少女看起來和琴酒有些像，某日喝完酒之後懷疑其可能是琴酒的私生女。
不過之後被這位美少女偶像已經是兩個孩子的媽這一事實給擊沉了。
12.一起案件的產生和消失。
容貌可愛的銀髮少女坐在波洛咖啡廳裡面唉聲嘆氣，旁邊的毛利蘭好奇詢問怎麼了。
銀髮少女說自己關注的男孩子不喜歡自己，無論自己做甚麼都只能招致厭惡，這可怎麼辦啊。
毛利蘭心想這就是暗戀的苦惱吧，一邊開導銀髮少女，希望她能成功。
但是銀髮少女說自己都試過了。
最後毛利蘭無奈道可能他喜歡男人，勸她放棄。
婭蕾絲塔靈機一動，心想自己找到原因了，難怪兒子不喜歡我，原來他憧憬的是作為男人的父親而不是現在的妹系美少女啊！說起來莉莉絲也因為這件事揍過我！
她高興地說謝謝你啊我找到原因了，可能就是因為這個。
毛利蘭說不客氣。
過了一會兒毛利蘭起身去拿自己點的簡餐，她背後座位的時候，婭蕾絲塔乾脆利落地抹脖子自殺了。
毛利蘭轉身看見躺在血泊之中的銀髮少女：？？？
她不懂，她驚呆了。
13.奇葩都是學園都市人
因為毛利蘭被疑似扯入命案，江戶川柯南急速趕到，然後對著屍體無語了。
他知道亞雷斯塔不會死，只會換身體，但是不知道怎麼和毛利蘭解釋。
果然這種奇奇怪怪的事情還是學園都市能幹得出來。
這場命案的後續是負責掃尾的食蜂操祈和御坂美琴又加了個班，把這事情從警視廳那邊抹平了。
14.這件事情的後續是：
換成青年男子身體的亞雷斯塔去找洛拉試圖聊天，繼續被無視冷處理，被莉莉絲冷嘲熱諷。
於是終於明白就算是換了身體兒子也不喜歡自己，還是當美少女更愉快的亞雷斯塔再次自殺，繼續換身體當快樂美少女。
第二天毛利蘭在波洛咖啡廳遇見打算朝她訴說後續的婭蕾絲塔。
毛利蘭：？！！
因為看見昨天的死人復活從而受到了驚嚇。
之後江戶川柯南從毛利蘭那裡聽說了這個奇幻的故事，對這位父親的操作理解不能，但是忽然就懂了洛拉和莉莉絲的感受。
15.攻擊力，提升了！
御坂美琴某天忽然發現自己能發射超電磁炮，驚訝之下查詢訊息才知道是江戶川柯南踢足球攔截了衛星。
御坂美琴:不是吧！真的嗎？！！
食蜂操祈:不要小看當地人哦？柯南君的存在力可是超現實的。
後續在路上遇見銀行劫.匪，她伸手就發射超電磁炮，被圍觀的江戶川柯南看見。
江戶川柯南:？？！這人怎麼看起來像學園都市的人，徒手開炮！
御坂美琴:啊，哈哈，你在震驚甚麼啊，這不是很普通你也能做到的事情嘛，你自己不也會踢足球。
江戶川柯南:我沒有光腳踢啊……
御坂美琴:我也不是徒手發射的啊，你看我手腕上這個筋力增強儀器！（拉袖子）
江戶川柯南:不，不一樣吧！
御坂美琴:哪裡不一樣，明明是一樣的。
江戶川柯南:…………
江戶川柯南:。
你高興就好。
16.辦案還是開幼稚園。
某次案件，警方同時請了毛利小五郎和一方通行，垣根帝督。
毛利小五郎帶著江戶川柯南，而一方通行帶了最後之作，垣根帝督帶了芙蕾米婭。
目暮警官：……
目暮警官：雖然我知道各位名偵探出手，一定能很快解決案件，但是這裡畢竟不是幼稚園，現場的小孩子是不是有點太多了？
江戶川柯南：……
不，他不是小孩子啊……可惡，對面兩個才是真正的小孩子！
一方通行：哦。
垣根帝督：她非要跟來，我有甚麼辦法。
17.其實只有芙蕾米婭是真正的小孩子
江戶川柯南：跟你們這些小孩子不一樣。
芙蕾米婭：當然不一樣喵，你很明顯比我小，我都十歲了，我還穿了內衣。
最後之作：御坂只有三個月，御坂御坂因為沒有年齡優勢而感到難過。
江戶川柯南：？？
她說甚麼來著？三個月？？認真的嗎？？
18.要接受好朋友的另一面。
松田陣平被邀請去參加芙蘭達的好友聚會，到場發現對方租了一個體育場，一共來了九百多個人。
松田陣平陷入了沉默。
這才是真正的海王社團的成員。